Projets financés

Le projet PaterLeg s’interesse à la question émergente de l'héritage des petits ARN non codant sncRNAs du sperme et de leur potentiel à façonner le développement de l'embryon et à transmettre d’éventuels phénotypes acquis par le père. Le décryptage du "code de l'ARN du sperme" et de ses conséquences

Les céréales jouent un rôle central pour la sécurité alimentaire mondiale et leur production est fortement impactée par le changement climatique. L’augmentation de la fréquence des épisodes de sécheresse sévère est l’une des causes majeures de cet impact. Le sorgho est l’une des céréales les plus to

Contrairement aux eucaryotes multicellulaires qui ont développé des types cellulaires particuliers pour réaliser des fonctions biologiques distinctes, les organismes unicellulaires dépendent des échanges métaboliques avec leur environnement. Des phénomènes d’interdépendances métaboliques peuvent se

Le maintien de l'intégrité du génome est essentiel au sein des méristèmes qui génèrent de nouveaux organes et tissus tout au long de la vie de la plante. Plusieurs facteurs de transcription contrôlant la réponse aux lésions de l'ADN (DDR pour DNA Damage Response) ont été identifiés. Cependant, comme

Les récifs coralliens constituent des hot-spots de biodiversité et des réserves écologiques majeures. Ils sont d'une importance capitale pour les nombreux pays qui vivent à proximité. Avec le réchauffement climatique, les phénomènes thermiques extrêmes, appelés vagues de chaleur marine, ont des effe

La jaunisse de la betterave à sucre (Beta vulgaris) est provoquée par un complexe des différents virus transmis par pucerons, en particulier par Myzus persicae. En Europe, les virus beet yellows, beet mild yellowing, beet chlorosis et le beet mosaic virus sont les auteurs principaux et endommagent l

Les éléments transposables (ET) apportés par des vagues successives d'invasions au cours de l'évolution, constituent un composant majeur des génomes eucaryotes. Les ET contribuent à la variabilité et l’évolution des génomes et jouent un rôle important dans l’adaptation des organismes à de nouvelles

La capacité d'intégrer de multiples paramètres environnementaux est essentielle pour la survie des plantes. Le fer (Fe) est un micronutriment essentiel pour tous les organismes vivants. Cependant, une faible biodisponibilité du Fe dans les sols limite souvent la croissance des plantes. Les plantes s

Les algues brunes (Phaeophyceae), sont des macroalgues multicellulaires qui appartiennent au supergroupe eucaryote Stramenopile, qui comprend également des microalgues (i.e., les diatomées) ainsi que des protistes hétérotrophes (i.e., les oomycètes). Comme les plantes et les animaux, les algues brun

Une meilleure compréhension des événements précoces de la reproduction est un enjeu majeur en élevage bovin, où les taux d’échecs restent élevés, avec typiquement 40% avant 7 jours de gestation. Les spermatozoïdes (spz) en route vers l’ovocyte subissent une sélection drastique, doivent acquérir leur

En raison de l'interdiction récente des pesticides en Europe, les plantes cultivées souffrent des maladies causées par des virus transmis par insectes. En particulier, le Pea Enation Mosaic Virus (PEMV), transmis par les pucerons, provoque de pertes de rendement dans les cultures de pois (Pisum sati

Les nématodes à galles (RKN) sont des vers microscopiques qui parasitent les racines des plantes et constituent l'un des principaux ravageurs des cultures dans le monde. La large gamme d'hôtes de ces ravageurs comprend plus de 5000 espèces de plantes, dont la plupart des plantes cultivées. Chaque an

Le huanglongbing (HLB) est la maladie des agrumes la plus destructrice au monde et menace la durabilité l’agrumiculture. Toutes lers espèces de citrus asiatiques, y compris les variétés commerciales, sont sensibles à cette maladie, mais des tolérances et résistances ont été décrites chez certaines e

Les progrès des techniques de séquençage et des pipelines d'assemblage de génomes ont permis le développement de projets à grande échelle axés sur la production de génomes de référence de haute qualité qui contribueront à une meilleure compréhension de la diversité et de l'évolution des espèces. Les

La composition et l'évolution des communautés microbiennes dépendent de l'interaction entre les bactéries et leurs nombreux éléments génétiques mobiles. Ces derniers ont leurs propres intérêts, qui ne sont que parfois alignés avec leurs hôtes bactériens. Comme les éléments génétiques mobiles interag

Le rôle potentiel de l’épigénétique dans l’évolution des espèces est une question centrale de la biologie évolutive de nos jours. Ce projet propose d’explorer l’importance de l’épigénétique dans l’évolution des sexes séparés. Chez les hermaphrodites, un compromis doit se faire entre la fonction mâle

Les ‘effecteurs secrétés’ (ES) de parasites sont des protéines sécrétées par les parasites pour faciliter l’infection de leurs hôtes. Chez les oomycètes parasitant des plantes ou des animaux, de nombreuses études démontrent que les ES peuvent physiquement interagir avec des protéines intracellulaire

Les cellules de garde (CG) sont des cellules spécialisées situées à la surface des feuilles et délimitent les pores qui contrôlent les échanges gazeux entre la plante et l'atmosphère. Afin d'optimiser l'absorption du CO2 pour la photosynthèse et de minimiser les pertes d'eau, les CGs intègrent les s

L'adaptation des bactéries aux changements environnementaux nécessite une réorganisation rapide de l’expression du génome. Cette réponse adaptative est médiée par des facteurs de transcription spécifiques, la topologie de l'ADN et des régulateurs globaux représentés par les protéines associées aux n

De nombreux métabolites spécialisés de plantes (MSPs) agissent comme défenses chimiques. L’interruption génétique d'étapes de leur biosynthèse peut conduire à des symptômes d’autotoxicité et de retard de développement, indiquant que la mise en place de mécanismes biochimiques de protection est une p

La reproduction sexuée chez les plantes comprend une succession de phases de développement qui génèrent d'abord des spores haploïdes génétiquement distinctes au cours de la méïose. Après plusieurs cycles de division, les spores mâles et femelles finissent par se différencier respectivement en deux g

Les endophytes septés foncés (dark septate endophytes - DSE) sont un assemblage polyphylétique d'ascomycètes qui colonisent les racines des plantes et sont caractérisés par une accumulation prononcée de mélanine au niveau de leurs hyphes. De nombreux auteurs ont émis l’hypothèse que ce trait pourrai

Les tarses situés à l'extrémité des pattes de l'insecte sont le site de contact et d'absorption des xénobiotiques (métabolites secondaires de plantes et insecticides). Le projet est basé sur notre nouvelle hypothèse que les tarses contrôlent l'absorption et le métabolisme des xénobiotiques. Le tar

L'azote (N) et le phosphore (P) sont deux nutriments majeurs qui soutiennent la production alimentaire et donc le développement de la population humaine. Cependant, l'apport de N et de P dans les systèmes agricoles a des effets néfastes sur les écosystèmes, principalement parce que ces nutriments on

Les fruits sont un composant essentiel de l'alimentation humaine. La compréhension de la transition menant à la maturation des fruits est essentielle à la conception de nouvelles stratégies visant à maintenir des qualités organoleptiques et nutritionnelles élevées tout en réduisant les pertes après

Un nombre croissant d’études a démontré qu’une communication émotionnelle existe entre les humains et les animaux, mais ce sont les modalités visuelles et acoustiques qui ont surtout été étudiées, alors que la communication olfactive, malgré son caractère primitif et répandu, a été négligée. Pourtan

La protection écologique des cultures nécessite une utilisation raisonnée des résistances génétiques des plantes. Cependant, il n’y a pas de consensus sur la stratégie optimale d’utilisation de ces résistances. L'amélioration de la durabilité des résistances variétales nécessite l'intégration des co

De nombreuses bactéries sécrètent des peptides antimicrobiens appelés bactériocines qui contribuent à leur compétitivité dans l'environnement. Le spectre d'action des bactériocines est étroit et ne cible généralement que des souches de la même espèce. De ce fait, les bactériocines sont utilisées dan

Ces vingt dernières années, l’importance pour la santé du microbiote a été mise en évidence. Des interactions inappropriées entre l'hôte et le microbiote favorisent nombre de maladies inflammatoires chroniques. Le rôle des E. coli invasifs adhérents (AIEC) dans la promotion de l'inflammation et l'ex

Nous avons identifié que la coordination de la floraison et du métabolisme secondaire, chez le Rosier, est médiée via certains facteurs de transcription SPL. Cette coordination est importante pour la qualité de la fleur tant sur le plan de sa couleur que des fragrances qu’elle pourra dégager, et a d

La lignocellulose est un réservoir important de carbone, ainsi qu’une source de matière brute renouvelable utilisable par l’homme. Elle se compose de cellulose, d’hemicellulose et de lignine, un polymère phénolique complexe, et est observée au niveau de la paroi secondaire des cellules végétales (SC

Au sein des organismes vivant l'expression des gènes est régulée de manière fine grâce à l'action conjointe de protéines régulatrices. Parmi ces protéines, les facteurs de transcription (facteurs ci-après) ont un rôle primordial puisqu'ils lient des séquences spécifiques dans les promoteurs des gène

Les gouttelettes lipidiques (GL) sont des organites composés d’un cœur de lipides neutres entourés d’une monocouche de phospholipides sur lesquelles s’ancrent des protéines. En plus d’être impliquées dans le métabolisme lipidique cellulaire et la réponse aux stress environnementaux, il a été démontr

L'immunité des plantes est d'une importance critique dans un contexte de changement climatique qui favorise l'émergence de nouvelles maladies des plantes en supprimant leurs défenses et en modifiant la répartition géographique des phytopathogènes. Ces processus menacent la qualité des aliments, la s

Le glutathion (gammaGlu-Cys-Gly, GSH) est un métabolite essentiel chez les eucaryotes et de nombreuses bactéries. Chez les plantes, la carence en glutathion entraîne de graves défauts de développement. Le GSH se lie de manière covalente à diverses classes de molécules endogènes ou exogènes. Il peut

Le changement climatique est responsable de pertes massives de rendements agricoles au niveau mondial. Il est donc urgent d’adapter les variétés cultivées au futur climat. Cependant, les modèles utilisés en amélioration variétale ne sont pas assez puissants pour identifier les génotypes les mieux ad

Les plantes appartenant à la famille des légumineuses sont capables d'interagir avec des bactéries du sol fixatrices d'azote, collectivement appelées rhizobia. Cette interaction symbiotique, appelée symbiose légumineuse-rhizobium (SLR), conduit à la formation d'un organe facultatif appelé nodule rac

Le phytoplancton est l'un des plus importants groupes écologiques sur Terre. Il est à la base du réseau trophique marin, est impliqué dans plusieurs cycles biogéochimiques et produit la moitié du dioxygène. Le phytoplancton est cependant soumis au changement global et en déclin, posant la question d

Tous les organismes multicellulaires hébergent un microbiote qui joue un rôle encore parfois mal défini mais crucial pour de nombreuses fonctions de leurs hôtes, notamment en lien avec leurs pathogènes. Nous avons récemment montré que la communauté bactérienne du mucus externe des téléostéens était

L’utilisation intensive et la dépendance aux pesticides synthétiques, associée à l’apparition d’espèces résistantes et à la persistance et l’accumulation de ces molécules dans l’environnement ont eu des impacts négatifs sur la biodiversité et sur la santé environnementale et humaine. La recherche de

L'interaction entre les éléments transposables (ET) et leur hôte est l'un des processus co-évolutifs les plus fascinants trouvés dans la nature. La quantification de l'impact des ETs sur la valeur sélective de leur hôte (fitness) est pertinente sur le plan concret, afin d’identifier les bases molécu

Les chloroplastes (cps) sont le siège de la photosynthèse et de fonctions métaboliques essentielles au développement, la reproduction et l'adaptation des plantes au stress. Les génomes des cps contiennent ~100 gènes dont l'expression est contrôlée par des protéines de liaison aux acides nucléiques e

Cultivées dans des conditions de carence en azote, les légumineuses établissent une association symbiotique avec des bactéries du sol fixatrices d'azote atmosphérique appelées collectivement rhizobia. Cette symbiose conduit à la formation de nouveaux organes sur les racines de la légumineuse, appelé

Le développement des organes reproducteurs est important pour la fertilité des plantes et le rendement en grains. Chez les plantes à fleurs, le développement reproducteur mâle se produit dans les quatre lobes des anthères et nécessite la différenciation à la fois des cellules reproductrices qui rent

La production in vitro d'embryons (PIV), d’une importance croissante pour la reproduction animale, est largement utilisée en élevage bovin. Cependant, le développement d'embryons fécondés in vitro reste inefficace, puisqu’un tiers seulement des embryons bovins in vitro donnent des blastocystes. L'un

L'adaptation des plantes aux conditions fluctuantes de l’environnement est généralement associée à un compromis dynamique entre croissance et défense. Cet équilibre est finement contrôlé par les phytohormones, qui induisent des réponses adaptées par le biais de régulations transcriptionnelles influa

Chez les eucaryotes multicellulaires, la répression de la transcription des gènes par les protéines du groupe Polycomb (PcG) est fondamentale pour la détermination du destin cellulaire et les transitions développementales. Des motifs d'ADN en cis, appelés PRE, permettent le recrutement des protéines

Les plantes sont considérées comme des holobiontes comprenant la plante hôte et son microbiote associé. Ce microbiote contribue aux phénotypes étendus des plantes, lui permettant de s'adapter aux stress biotiques et abiotiques. La théorie de l'holobionte propose que certains taxons microbiens sont f

Chez les plantes, la croissance cellulaire est sous le contrôle de la matrice extracellulaire : la paroi cellulaire végétale. Les interactions entre les divers glucides et protéines composant la paroi sont à la base de ses propriétés. En effet, la paroi cellulaire permet à la cellule de grandir, tou

Les cyanobactéries, les premiers organismes à évoluer la photosynthèse oxygénique, sont des organismes attractifs pour les stratégies de biotechnologie verte visées à rediriger la photosynthèse vers produits à haut valeur ajouté. Ils sont aussi des systèmes bioénergétiques très intéressants, en étan

Les duplications du génome (DdG) sont récurrentes au cours de l’évolution des eucaryotes, initiant, selon qu’elles sont accompagnées ou non avec d’une hybridation interspécifique, des phases d’allo- ou d’auto-polyploïdie. Chez les plantes où les DdG sont particulièrement fréquentes, la polyploïdie e

Les métazoaires établissent des interactions complexes avec leurs microorganismes résidents, qui contribuent à différents aspects de la physiologie de l'hôte. L'un de ces aspects importants est la croissance juvénile, en particulier en cas de sous-nutrition chronique. Des conditions environnementale

Le cuivre (Cu) est nécessaire à différents métabolismes clés mais il est aussi cytotoxique même à de faibles concentrations. Les propriétés antimicrobiennes du Cu sont utilisées par le système immunitaire et pour les activités anthropiques en santé humaine et en agriculture. L’accumulation de Cu dan