Bactériocines de bactéries phytopathogènes et leur potentiel comme agents de biocontrôle – BAOBAB

De nombreuses bactéries sécrètent des peptides antimicrobiens appelés bactériocines qui contribuent à leur compétitivité dans l'environnement. Le spectre d'action des bactériocines est étroit et ne cible généralement que des souches de la même espèce. De ce fait, les bactériocines sont utilisées dans l'industrie alimentaire comme conservateurs naturels, dans la production animale comme probiotiques et elles seraient une alternative crédible aux antibiotiques ainsi qu’une solution sérieuse aux bactéries multirésistantes. En agriculture, bien que de nombreuses maladies soient causées par des bactéries, les études sur les bactériocines restent limitées.
Le complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (RSSC) est l'agent causal du flétrissement bactérien, l'une des maladies les plus dévastatrices des plantes cultivées dans le monde et figure sur la liste des organismes de quarantaine à risque élevé en Europe. Nous avons récemment montré que les deux lignées du RSSC, I-18 et I-31, qui prédominent dans le sud-ouest de l'océan Indien (SOOI), ont une activité de type bactériocine contre les lignées moins prévalentes, suggérant un rôle dans le succès épidémique. De plus, les activités bactériocines de certaines souches I-18 ciblent la lignée I-31 qui représente une menace considérable pour les cultures solanacées dans les petites îles du SOOI et en Afrique.
Les objectifs du projet BAOBAB sont : (i) de cribler la diversité des souches du RSSC pour leur capacité à produire des bactériocines (ii) de caractériser pour la première fois des bactériocines du RSSC en utilisant à la fois un pipeline de purification biochimique et des méthodes génomiques pour identifier les gènes codant les bactériocines, (iii) d'estimer leur rôle dans le succès des souches épidémiques en réalisant des essais de compétition entre des souches actives et sensibles ou mutées pour les gènes bactériocines (iv) de fournir une preuve de concept pour l'utilisation des bactériocines comme agent de biocontrôle.