Décryptage des mécanismes de résistance (épi)génétique à la maladie HLB entre les hybrides intergénériques d'agrumes océaniens et asiatiques – EpiHLB

Le huanglongbing (HLB) est la maladie des agrumes la plus destructrice au monde et menace la durabilité l’agrumiculture. Toutes lers espèces de citrus asiatiques, y compris les variétés commerciales, sont sensibles à cette maladie, mais des tolérances et résistances ont été décrites chez certaines espèces de citrus apparentées des genres océaniens Microcitrus et Eremocitrus. Les différentes espèces de ces genres sont sexuellement compatibles avec celles du genre Citrus. Le CIRAD a généré un panel unique de diversité d'hybrides intergénériques (Citrus sp. x Microcitrus sp.) sur plusieurs générations. FUNDECITRUS, quant à elle, a généré plusieurs populations d'hybrides intergénériques (Citrus sp. x Microcitrus sp.), de premières et secondes générations issues de croisements contrôlés. De tels croisements éloignés peuvent entraîner des hérédités non-Mendéliennes des caractères phénotypiques due à un reformatage du paysage épigénétique. L'objectif global du projet EpiHLB est d'identifier les gènes et les régions génomiques liés à la résistance au HLB, ainsi que la manière dont leur expression est contrôlée. Une core collection d'hybrides sera établie à partir des populations du CIRAD et de FUNDECITRUS et leur comportement sera étudié sous la contrainte HLB. Le projet se concentrera sur le rôle des facteurs génétiques et épigénétiques dans la régulation de l'expression des gènes qui sont liés à la résistance au HLB, en développant une approche quantitative multi-omique, combinant plusieurs niveaux d'études d'association. La stratégie consiste à relier la génomique (GBS et WGS), la transcriptomique (RNA-seq et sRNAseq) et l'épigénétique (methylome) au phénotype afin de développer des modèles d'association. Dans le cadre du développement d’un système durable de gestion de la maladie, les résultats de ce projet contribueront à mettre en place des stratégies novatrices pour créer des cultivars et des porte-greffes résistants à cette maladie affectant gravement l’agrumiculture.