Projets financés
Compréhension cellulaire et moléculaire de la voie de dissociation des télomères: Un moteur mitotique de la ségrégation des chromosomes – TeloMito
De la levure à l'homme, la ségrégation fidèle des chromosomes est assurée par la séparation des centromères frères vers les pôles opposés du fuseau en anaphase, après le clivage de la cohésine. Avec la levure à fission S. pombe comme système modèle (P. Nurse, prix Nobel 2001), nous avons révélé l’ex
Génétiques directes basée sur le tri cellulaire pour comprendre le mécanisme moléculaire de l'élimination programmée de l'ADN chez Tetrahymena – SortFwdPDE
Les éléments transposables (ET) ont un impact sur l'organisation et l'intégrité du génome. Les recherches sur le processus d'élimination programmée de l'ADN (PDE) du cilié unicellulaire Tetrahymena ont fourni des informations importantes sur la manière dont les eucaryotes régulent les ET par des méc
Rôle de la vitesse de la transcription par l'ARN polymérase II – SPEEDREG
La réponse des cellules à des stimuli intra- ou extra-cellulaires est associée à des changements significatifs dans la composition du transcriptome qui contribuent à la réponse et à l'adaptation des cellules à ces stimuli. La vitesse de transcription par l'ARN polymérase (Pol) II peut contrôler les
Variation naturelle de la mémoire épigénétique transgénérationnelle chez C. elegans – EpiCE
L'hérédité épigénétique est généralement moins stable dans le temps que l'hérédité portée par la séquence d'ADN, ce qui soulève des questions quant à son importance et sa variation évolutive. Une forme d'hérédité épigénétique, trouvée en particulier chez le nématode C. elegans, est la mémoire transg
Une approche Evo-Devo du rôle de l'interaction ARN-RBP dans l'épissage alternatif – EvoRNAs
L'épissage alternatif (AS) est l'une des principales sources de diversité du transcriptome et du protéome chez les organismes supérieurs et influence fortement la diversité phénotypique. Les éléments cis-régulateurs situés dans les exons ou les introns influencent la SA par interaction avec des prot
Réorganisation dynamique nucléolaire en action lors de la réparation de l'ADN – Nu-DyRection
Bien que les effets des agents génotoxiques sur l’ADN et les processus impliqués dans leur élimination aient été étudiés de manière approfondie, on sait très peu de choses sur les mécanismes moléculaires qui gouvernent la reprise des activités cellulaires, telles que la transcription, une fois la ré
Caractérisation de la terminaison transcriptionnelle Rho-dépendante, un mécanisme essentiel à la biogenèse de l'ARN chez le pathogène humain Helicobacter pylori – PYLORHO
L'infection à Helicobacter pylori (Hp) est l'une des infections bactériennes chroniques les plus répandues dans le monde. Cette Epsilon-protéobactérie colonise l’estomac d’environ la moitié de la population humaine et peut induire des maladies gastriques sévères comme le cancer de l’estomac. L'adapt
Reconstruction molécule-unique de la réparation des cassures simple-brin d'ADN – REPONE
L’ADN de nos cellules est constamment en train d’être endommagé, et nos cellules travaillent sans cesse à réparer ces dégâts. Les cassures simple-brin d’ADN sont fréquentes et sembleraient simple à réparer avec juste une réaction de ligation, cependant leur réparation est si urgente que la cellule
Régulation de la transcription inter-TAD à longue distance par les enhancers dévelopmentaux – DevLoop
Les enhancer développementaux sont essentiels à l'expression des gènes, car ils déterminent des patrons d'expression spatio-temporels des gènes très précis. Lorsqu'ils sont situés à de grandes distances génomiques, les enhancers forment une boucle de chromatine avec le promoteur de leur gène cible.
Dynamiques nucléaires en réponse à la signalisation lumière chez les plantes – ChromatinPhotoDynamics
Les remaniements de l’architecture nucléaire et du paysage chromatinien sont des thèmes orchestrés dans la plupart des transitions développementales. Les plantes possèdent d'extraordinaires capacités à ajuster ces transitions aux signaux externes, en particulier la lumière. Pour aborder les mécanism
Résoudre la complexité génomique des polyploïdes naturels pour découvrir leurs potentiels phénotypiques et adaptatifs – PolyPhase
Des événements de polyploïdisation sont visibles chez diverses espèces de champignons, de plantes et d’animaux. La polyploïdie est clé pour l’adaptation, la spéciation et la tumorigenèse. Cependant, l’origine, la structure et l’évolution des populations polyploïdes ne sont pas toujours claires, et l
Caractérisation moléculaire de l'assimilation génétique dans la rétention des œufs de nématodes – MolAssim
L'assimilation génétique décrit le processus évolutif au cours duquel un phénotype induit par l'environnement (conditionnel) devient un phénotype génétiquement contrôlé (constitutif). Ce concept important reste controversé car les mécanismes moléculaires de l'assimilation génétique sont rarement com
Analyse systématique et haut-débit de la fonction des petits gènes viraux – SHINE
Au cours de l’évolution, les conflits génétiques ont constitué un facteur majeur d’innovation. La longue coévolution entre les bactéries et leurs virus (appelés phages) a conduit à l’émergence d’un répertoire varié de systèmes de défense protégeant les bactéries contre l’infection. En réponse à ces
Les complexes cBAF, PBAF et ncBAF en action : Comprendre leur rôle dans la réparation par excision de nucléotides – BAF-NER
La réparation par excision des nucléotides (NER) est un mécanisme vital de réparation de l'ADN, qui défend l'intégrité génomique contre diverses lésions causées par des facteurs tels que les rayons UV et les agents génotoxiques. Un dysfonctionnement du NER peut entraîner des mutations, potentielleme
Impact de l'organisation de la chromatine du spermatozoïde sur la protection et l'identité épigénétique des chromosomes paternels dans l'œuf – SHADE-OF-PAL
Chez de nombreuses espèces, au cours de la différenciation des spermatozoïdes, les histones sont progressivement remplacées par des protéines de transition puis par des protamines. Ce processus global de réorganisation de la chromatine spermatique, appelé transition histone-protamine, reste mystérie
Mecansimes de régulation controlant l'expression des ARN non-referencés encodant des Antigenes – DARK-Ag
Seulement 2 % du génome humain code pour des protéines, le reste étant communément décrit comme la face sombre du génome, incluant pseudogènes, éléments répétés et gènes non codants. La majeure partie du génome caché est exprimée spécifiquement au type de cellule, au tissu ou à la pathologie. De plu
Liens fonctionnels entre SLX4 et la voie de réparation des mésappariemments – SLX4MMR
Le suppresseur de tumeur SLX4 contribue au maintien de la stabilité du génome en coordonnant l’activité d’une panoplie de partenaires impliqués dans le contrôle du cycle cellulaire et la réparation de l’ADN. Nous avons récemment identifié une nouvelle fonction inattendue de SLX4 qui inhibe via son i
Instabilité du génome déclenchée par l'érosion des télomères – GITTE
L'instabilité génomique liée au vieillissement peut causer des maladies graves. Les télomères, en se raccourcissant, déclenchent cette instabilité en provoquant la sénescence cellulaire. Les mécanismes de cette instabilité génomique, que nous appelons GITTE, restent à définir. Notre principal obj
Quels sont les nouveaux facteurs impliqués dans la résolution finale des intermédiaires de recombinaison en méiose? – ResoFIN
Les cassures double brin de l'ADN (CDBs) peuvent survenir accidentellement ou faire partie comme en méiose d’un processus de développement programmés. La réparation fidèle des CDBs passe par la recombinaison homologue et aboutit à la formation de crossing over (CO) suite au clivage (résolution) de l
Révéler les mechanismes de la coordination de la dynamique de la fourche de réplication de l'ADN et du maintien de l'épigénome – Metafork
A chaque division des cellules eucaryotes, les chromosomes doivent être correctement copiés et intégralement transmis de la cellule mère aux cellules filles ; cela inclut la copie à la fois de l'ADN génomique et des composants chromatiniens. Les travaux de nombreux laboratoires ont établi que la ré
Étude sur le rôle de la dérégulation de la terminaison de la transcription et du métabolisme des R-loops dans la maladie des motoneurones – deterRmind
Si la transcription est essentielle à l’expression des gènes, elle peut également interférer avec des processus fondamentaux comme la réplication et la réparation de l'ADN, notamment lorsque la terminaison de la transcription est altérée. Dans certains cas, l'ARN naissant peut s'hybrider anormalemen
Base moléculaire des effets des modifications épitranscriptomiques sur la tolérance aux antibiotiques – EpiRNA
Le but de ce projet est de caractériser les mécanismes moléculaires sous-jacents aux phénotypes de susceptibilité/tolérance aux antibiotiques conférés par la présence de modifications sur l'ARN ribosomique (ARNr) et l'ARN de transfert (ARNt). Récemment, nous avons montré que les modifications de l'A
Dissection de l'isolation génomique à travers le prisme de la grammaire de liaison de la protéine CTCF – InsulatorGrammar
Les génomes des mammifères sont segmentés en Domaines Topologiquement Associés (TAD) qui limitent la formation de boucles Enhancer-Promoteur (E-P) et d’autres processus biologiques. Les TAD sont formés par extrusion de boucles médiée par la Cohésine, qui est ensuite bloquée aux frontières des TAD. L
Contrôle transcriptionnel et traductionnel par des protéines de type prion pendant l'acquisition de mémoire cellulaire et le vieillissement. – PrionControl
Les protéines de type prion possèdent des domaines qui favorisent leur changement autoréplicatif de conformation et la formation de condensats. Cette condensation conduit à un changement fonctionnel qui peut encoder une mémoire cellulaire. C’est le cas de la protéine de levure liant des ARNm Whi3, q
Rôle de la RNase J2 et des ARN régulateurs dans le choix du mode de vie de Bacillus subtilis et de Staphylococcus aureus – BaSaLS
La bactérie du sol Bacillus subtilis (B.s) et la bactérie pathogène Staphylococcus aureus (S.a) sont apparentées et peuvent changer de mode de vie (cellules motiles, biofilms et spores) pour s'adapter à leur environnement. De plus, elles peuvent coexister en milieu hospitalier dans un biofilm mixte,
Perturbation du trafic des ARNm centrosomaux pour examiner le rôle fonctionnel de la traduction locale – CenRNALoc
La localisation des ARNm dans les compartiments subcellulaires est un processus essentiel qui permet à une protéine d'être synthétisée localement. Ce processus est très répandu chez les eucaryotes et se produit dans de nombreux types de cellules à travers le spectre de différenciation, des cellules
Diversité naturelle des télomères chez Saccharomyces cerevisiae – DONATELO
Les télomères, les séquences répétées aux extrémités des chromosomes, sont essentiels à l'intégrité du génome et au contrôle de la prolifération cellulaire. La longueur des télomères (LT) à une extrémité de chromosome est un paramètre dynamique sujet à la fois au raccourcissement et à l'allongement,
Les systèmes de défense dans les intégrons : des armes bactériennes dans une banque ? – DEFINBANK
Les intégrons sont des systèmes génétiques bactériens comprenant une intégrase et une matrice de cassettes de gènes dont l'expression diminue avec l’éloignement des cassettes du début de la matrice. Le stress active l'intégrase, entraînant la capture et le mélange de ces cassettes. Les modifications
Relations fonctionnelles entre le génome hôte de la drosophile et l'intégration des rétrovirus endogènes – REhostE
La plupart des génomes eucaryotes contiennent un grand nombre d’éléments transposables (ET), qui s’ils s’expriment, sont capables de se déplacer voire se multiplier dans le génome hôte, augmentant fortement les risques d’altérations génétiques. On pourrait donc penser que la sélection naturelle aura
Analyses structurales et fonctionnelles des machineries NHEJ bactériennes – BacNHEJ
Les cassures double-brin (DSBs) sont parmi les lésions de l'ADN les plus délétères pour les cellules vivante, et sont réparées soit par Recombinaison Homologue (RH), soit par Non Homologous End Joining (NHEJ). Chez les bactéries, le modèle actuel de NHEJ implique deux protéines : Ku, qui se fixe au
Structure moléculaire et rôle du complexe synaptonémal chez Arabidopsis thaliana – MOROSCO
La ségrégation des chromosomes au cours de la méiose dépend de la formation de crossovers (CO) entre les chromosomes homologues. La désignation progressive et la maturation des précurseurs de COs se produisent au sein d'une structure protéique appelée complexe synaptonémal (CS). L'objectif du projet
Contradiction entre le nom et la fonction : Implication de la protéine Mfd (diminution de la fréquence des mutations) dans l'augmentation de la mutagenèse spontanée – IMfdmut
L'objectif de ce projet est d'élucider les mécanismes responsables de l'augmentation de la mutagenèse spontanée, qui dépend de la protéine Mfd dans les cellules d'Escherichia coli en croissance sans stress exogène. Notre hypothèse postule que la plupart des mutations dépendantes de Mfd résultent de
L'impact des organisations territoriales et sous-chromosomiques uniques sur la fonction et l'évolution du génome chez les lépidoptères – EVOS
L'organisation spatiale du génome régit un large éventail de processus cellulaires. Alors que son rôle fonctionnel est désormais bien établi, son impact sur l'évolution de l'organisation linéaire du génome est une question intrigante, non résolue à ce jour. Afin de répondre à cette question, nous ét
Recombinaison de chromosomes sans sexe : le mécanisme de la recombinaison interhomologue mitotique chez les diatomées – REMIX
La survie des espèces nécessite un équilibre délicat entre la stabilité du génome des individus et la variabilité génétique au sein de la population. La recombinaison homologue (RH) au cours de la méiose utilise des chromosomes homologues comme modèle et constitue une source majeure de diversité gén
Blessures transcriptionnelles et rétablissement en réponse au stress oxidatif – Tirox
Les dommages oxydatifs de l'ADN (OxDD) sont les dommages les plus courants de l'ADN. Ils comprennent l'oxydation des bases, avec par exemple la production de 8-oxoG par l'oxydation de la guanine, mais aussi des cassures de l'ADN par oxydation directe du squelette phophodiester de l'ADN. L'oxydation
De la structure du chromosome à la recombinaison homologue en méiose : un nouveau rôle des condensines ? – CoMoRe
Chez les organismes à reproduction sexuée, la transmission d’un patrimoine génétique complet et intègre dépend de la division de méiose, qui permet la formation des gamètes haploïdes. Lors de cette division, le processus de réparation de l’ADN de Recombinaison Homologue est essentiel à la ségrégatio
Ségrégation de l'ADN bacterien – BaDS
Chez les bactéries, la ségrégation de l'ADN repose principalement sur les systèmes ParABS pour partitionner fidèlement les molécules d'ADN lors de la division cellulaire. Le mécanisme de partition médié par ces systèmes n'est pas entièrement compris au niveau moléculaire car tous les processus impli