Diversité naturelle des télomères chez Saccharomyces cerevisiae – DONATELO

Les télomères, les séquences répétées aux extrémités des chromosomes, sont essentiels à l'intégrité du génome et au contrôle de la prolifération cellulaire. La longueur des télomères (LT) à une extrémité de chromosome est un paramètre dynamique sujet à la fois au raccourcissement et à l'allongement, et est donc représentée par une distribution. Elle peut être différente à chaque extrémité et la distribution agrégée de toutes les LT dans une population isogénique de cellules est donc une propriété génomique complexe. Comment la distribution des LT aux extrémités individuelles et la distribution agrégée sont-elles régulées ? Quels sont les déterminants génétiques contrôlant la diversité naturelle et comment interagissent-ils avec l’environnement ? La LT est-elle un trait sélectionné au cours de l'évolution ? Pour répondre à ces questions, le projet DONATELO exploitera la diversité naturelle des souches de Saccharomyces cerevisiae et le séquençage à lecture longue qui permettent de mesurer la distribution des LT à chaque extrémité de chromosome. Nous avons récemment établi un large panel de génomes assemblés pour 142 souches représentant la diversité phylogénétique et écologique de l'espèce, appelé S. cerevisiae Reference Assembly Panel (ScRAP) (O'Donnell et al., 2023). DONATELO (i) caractérisera la distribution des LT et sa stabilité dans les souches ScRAP ainsi que sur un panel plus étendu, génétiquement diverses et dans divers environnements, (ii) découvrira de nouveaux déterminants génétiques de la distribution des LT en exploitant les variants trouvés dans ce panel élargi, et (iii) mesurera les phénotypes résultant des variations de LT. En termes d'approches, notre projet tirera le meilleur parti de la génétique des levures, de l'ingénierie du génome, du séquençage Nanopore, de la bioinformatique et de la modélisation mathématique. Dans l’ensemble, DONATELO fera progresser notre compréhension de la régulation des télomères et étudiera la question fondamentale de savoir si cette régulation est adaptative.