Génétiques directes basée sur le tri cellulaire pour comprendre le mécanisme moléculaire de l'élimination programmée de l'ADN chez Tetrahymena – SortFwdPDE

Les éléments transposables (ET) ont un impact sur l'organisation et l'intégrité du génome. Les recherches sur le processus d'élimination programmée de l'ADN (PDE) du cilié unicellulaire Tetrahymena ont fourni des informations importantes sur la manière dont les eucaryotes régulent les ET par des mécanismes impliquant de petits ARN non codants. Malgré deux décennies d'efforts pour clarifier le mécanisme d'élimination programmée de l'ADN dirigé par des petits ARN en utilisant la génétique inverse par knock-out de gènes et la purification des complexes protéiques, la plupart des facteurs moléculaires impliqués dans ce processus n’ont pas été identifiés. Pour mieux comprendre le mécanisme moléculaire de la PDE dirigée par les petits ARN, nous optimiserons la méthode de knock-down des gènes basée sur CRISPR-Cas13 chez Tetrahymena. Ensuite, nous effectuerons des cribles génétiques directs à l'échelle du génome afin d'identifier et de caractériser des gènes non encore décrits impliqués dans la PDE. Pour cela, nous utiliserons des méthodes de tri pour isoler les cellules et les noyaux défectueux dans les différentes étapes de la PDE. En parallèle, nous visons également à utiliser le marquage de proximité pour identifier et caractériser les nouvelles protéines associées à des facteurs connus pour être impliqués dans la PDE. Nous pensons que l'étude proposée fournira des informations importantes sur l'évolution du mécanisme de silençage des ET dirigé par les petits ARN, ainsi que des connaissances avancées sur les principes moléculaires de la régulation épigénétique de la chromatine par les petits ARN. En outre, nous pensons que l'établissement d'un protocole de génétique à haut débit basé sur le tri cellulaire révolutionnera la génétique de Tetrahymena dans le but de comprendre les divers processus fondamentaux des eucaryotes.