Base moléculaire des effets des modifications épitranscriptomiques sur la tolérance aux antibiotiques – EpiRNA

Le but de ce projet est de caractériser les mécanismes moléculaires sous-jacents aux phénotypes de susceptibilité/tolérance aux antibiotiques conférés par la présence de modifications sur l'ARN ribosomique (ARNr) et l'ARN de transfert (ARNt). Récemment, nous avons montré que les modifications de l'ARN jouent un rôle central dans la réponse au stress antibiotique, en particulier pour les aminoglycosides (tobramycine, gentamicine). Nous sommes sur le point d'établir le paysage des modifications de l'ARN de Vibrio cholerae, en associant les positions des modifications aux enzymes modifiantes. Nos résultats indiquent que E. coli et V. cholerae présentent parfois des différences dans leurs schémas de modifications de l'ARNr et de l'ARNt. Nos données identifient également des sites de modification précédemment non décrits. Il est donc important d'explorer davantage ces modifications chez V. cholerae et leur lien avec les réponses au stress antibiotique. D’après nos données préliminaires, la composition du ribosome et l’interaction avec les partenaires semblent être altérées en l'absence de certaines modifications de l'ARNr. De plus, plusieurs modifications de l'ARNt semblent moduler les niveaux d'autres modifications, conduisant ainsi à la tolérance aux antibiotiques. Nous proposons une approche interdisciplinaire combinant la génétique classique et la caractérisation phénotypique avec des études structurales (RMN, cryo-EM) afin de (i) caractériser une nouvelle modification de l'ARNr effectuée par une méthyltransférase bactérienne nouvellement découverte et son impact sur la résistance aux antibiotiques ; (ii) comprendre comment la modulation des de modification de l'ARNr en réponse aux antibiotiques peut influencer l'assemblage/la stabilité, la structure et les partenaires du ribosome; et (iii) comment la présence ou l'absence d’une modification donnée de l'ARNt peut influencer les voies de maturation des ARNt chez V. cholerae, en particulier en présence d'antibiotiques