Relations fonctionnelles entre le génome hôte de la drosophile et l'intégration des rétrovirus endogènes – REhostE

La plupart des génomes eucaryotes contiennent un grand nombre d’éléments transposables (ET), qui s’ils s’expriment, sont capables de se déplacer voire se multiplier dans le génome hôte, augmentant fortement les risques d’altérations génétiques. On pourrait donc penser que la sélection naturelle aurait éliminer ces parasites génomiques, mais au contraire ils abondent dans les génomes eucaryotes, suggérant une forme de coexistence entre hôte et parasite qui peut parfois prendre la forme d'une symbiose.
Etudier comment un génome hôte réagit lors d’une invasion par ces parasites génomiques en caractérisant les sites d’insertion ainsi que les niches d’expression qu’ils ont investies pour rendre leur présence compatible avec la survie de l’hôte est une question centrale en biologie. En effet, répondre à cette question est primordiale pour comprendre l'impact des insertions d'ET sur le fonctionnement du génome hôte.
En utilisant la drosophile comme outil génétique pour l’étude d’une classe d’ET, les rétrovirus endogènes (ERV), couplé à des approches massives de type "omique" ainsi que des approches biochimiques, notre projet explorera: i) quand, comment et où différentes familles d’ERV s'intègrent dans des sites spécifiques au cours du développement embryonnaire ii) si différents facteurs du génome hôte contribuent aux insertions spécifiques des différentes familles d’ERV iii) si un phénomène de sélection permet de maintenir un équilibre entre les ERV et le génome hôte et/ou si la transposition et la régulation des ERV impactent la structure (chromatine, organisation tridimensionnelle) et l’expression du génome hôte. Ce projet ambitieux et novateur ouvrira de nouvelles voies dans la compréhension des relations entre des ERV et leur génome hôte.