Projets financés
Première exploration fonctionnelle holistique d'une photosymbiose marine à l'aide du nouvel organisme modèle Symsagittifera roscoffensis – Animalga
Le principal inconvénient du modèle coral-algue est que les micro-algues Symbiodinium sont réfractaires aux techniques de biologie moléculaire, ce qui restreint sérieusement toute exploration fonctionnelle. Dans ce projet, cet obstacle est contourné par l'utilisation d'un nouveau modèle émergent, le
Glyco-ingénierie des diatomées pour la production des biomédicaments – DAGENTA
Les anticorps monoclonaux (mAb) sont utilisés pour traiter des cancers, maladies infectieuses et immunitaires représentant une industrie de plusieurs milliards de dollars. Leur production dans des cellules ovariennes de hamster chinois présentent des inconvénients (coût élevé, contamination potentie
Colocataires microbiens aquatiques : Woesearchaeota et organismes photosynthétiques dans un écosystème lacustre – MARWEL
Le projet MARWEL propose d’étudier les adaptations génomiques et les interactions des Woesearchaeota permettant de mieux comprendre leur écologie. Nous bénéficions d’un cas d’étude unique au sein d’un écosystème microbien lacustre extrême dans lequel un partitionnement de niche entre un mode de vie
Robustesse des poissons: une composante clé de la vulnerabilité de leurs populations et de la durabilité en aquaculture – FISHNESS
FishNess étudiera la robustesse individuelle des poissons en tant que déterminant de la vulnérabilité des populations et de la durabilité de l’aquaculture face aux facteurs de stress majeurs du changement global que sont le réchauffement et l’hypoxie. La robustesse est une propriété essentielle à la
Des organoïdes d’oviducte pour étudier le dialogue embryo-maternel et développer des stratégies pour atténuer l'impact du changement climatique sur l'élevage bovin – ORGALOG
Mieux comprendre le dialogue embryo-maternel précoce est un enjeu majeur en élevage bovin car la mortalité embryonnaire y atteint jusqu’à 40% avant 7 jours de gestation. Cela représente des pertes économiques considérables en production de lait et viande. Face au réchauffement climatique, une augmen
Ecogénomique des interactions phytoplancton-virus en réponse aux variations des facteurs abiotiques (salinité et phosphate) – ELVIRA
Malgré leur rôle écologique majeur à la base de la chaine alimentaire des écosystèmes océaniques, les variations des interactions phytoplancton-virus en fonction des facteurs abiotiques sont peu connues. En effet, les efforts se sont concentrés sur l’estimation de la diversité interspécifique extrao
Régulation du cycle cellulaire de Sinorhizobium et efficacité de la symbiose avec les légumineuses – Sincerely
Sincerely est un projet de recherche fondamentale focalisé sur FcrX, un facteur essentiel découvert récemment régulant le cycle cellulaire et la division cellulaire chez la bactérie symbiotique modèle Sinorhizobium meliloti. Nos données préliminaires montrent que FcrX contrôle à la fois CtrA, le rég
Etude de la communication plante bactérie via des siARN au cours de la symbiose rhizobium-légumineuse. – SymbiSIL
L’interaction symbiotique entre des plantes légumineuses (Fabacées) et des bactéries du sol collectivement nommées rhizobia a une importance agro-écologique majeure. Elle implique la formation de nodosités, au sein desquelles les bactéries différenciées en bactéroïdes fixent l’azote atmosphérique. L
Petits ARNs dans les interactions plante-virus-insecte vecteur et ARN-interférence trans-règne – TransRNAi
L’ARN interférence (RNAi) induite par les petits ARNs (sRNA) joue un rôle majeur dans la régulation épi-génétique de l’expression des gènes, la défense antivirale et le dialogue moléculaire entre organimes Eucaryotes. Ce projet dissèque la biogénèse et la fonction des sRNAs dans l’interaction tripar
Une approche 4D nucleome pour identifier les activateurs contrôlant la réponse au stress thermique de la tomat – 4D-Heat
La tomate est l'une des plus importantes cultures légumières pour la production et le commerce mondial. Sa consommation devrait augmenter de 60 % d'ici 2050, mais le changement climatique est un obstacle à l'augmentation des rendements. Dans ce contexte, les scientifiques doivent identifier les fact
PHOtosymbiose Controlée par Evolution Expérimentale – PHOCEE
La plupart des organismes vivants dépendent de la photosynthèse. La photosynthèse a évolué chez les bactéries, son expansion a été favorisée par son acquisition par les eucaryotes, lors d’un événement primaire et de nombreux événements secondaires de photosymbiose. Les mécanismes moléculaires sous-t
Modulation de la dormance des semences par les ARN non codants en réponse à la température – RNASEED
Les semences sont fondamentales pour l'agriculture et elles constituent une source alimentaire majeure pour les hommes et les animaux. Le changement climatique devrait avoir un impact considérable sur leur germination car la phénologie de la germination est étroitement contrôlée par les signaux de l
Rôle des neutrophiles bovins dans le contrôle de la tuberculose bovine – Neutro-bTB
Les neutrophiles participent pleinement aux réponses adaptatives en interagissant avec les cellules T. Nous avons découvert une nouvelle population de neutrophiles régulateurs, avec une activité suppressive, circulants dans le sang de bovins sains. Leurs fonctions sont encore à découvrir. Dans le ca
Les métabolites produits par le microbiote intestinal : une nouvelle cible pour faciliter la maturation de la barrière épithéliale lors de la transition alimentaire du sevrage – MetaboWean
L’émergence de pathogènes résistants aux antibiotiques nécessite le développement de nouvelles stratégies pour préserver la santé digestive des animaux d’élevage lors du sevrage. Le but de MetaboWean est d’utiliser les métabolites produits par le microbiote intestinal en tant que substances naturell
Mobilome, adaptation et stabilité du génome chez les plantes cultivées – CropCircle
Les plantes sont sessiles and s'adaptent naturellement à de nouvelles conditions climatiques. Des études récentes ont montré que l'ADN extrachromosomique circulaire (ADNecc) pouvait conduire à une adaptation rapide chez la levure, les cellules cancéreuses mais aussi les plantes résistantes aux herbi
Mécanismes moléculaires contrôlant le transport et la perception des métaux chez les eucaryotes supérieurs : étude d'un transporteur de plante comme modèle – NUTRISENSE
Les métaux sont à la fois essentiels au développement des organismes et toxiques en concentrations trop élevées. Des travaux récents ont montré que le transporteur de métaux à large spectre IRT1 de la plante modèle Arabidopsis agit non seulement comme transporteur, mais également comme senseur de la
Diversité et modulation des structures d'oligosaccharides du lait chez les monogastriques d'élevage : vers un développement optimal des holobionts lapin et porc – HoloOLIGO
Premier prébiotique disponible pour le nouveau-né, les oligosaccharides du lait régulent la composition du microbiote intestinal et modulent la réponse immunitaire de l'hôte, jouant un rôle crucial dans l'assemblage de l’holobionte. HoloOLIGO utilisera 2 modèles d’animaux d'élevage (le porc et le l
Exploiter la variabilité épigénétique expérimentale et naturelle pour améliorer la tomate – epiTOM
La tomate est l’une des plantes les plus cultivées au monde et un modèle pour les biologistes qui étudient les fruits charnus. Son génome contient de larges régions denses en transposons cibles de la méthylation de l'ADN, une marque épigénétique participant à leur inactivation. Cette méthylation n’e
Mitochondrial DNA Damage Response – MIT2DR
Les plantes et leur capacité photosynthétique sont essentielles à la survie des animaux, tout comme les activités complémentaires de respiration qui ont lieu dans les mitochondries, qui affectent directement la productivité des cultures et l’adaptation aux changements environnementaux. La recherch
Contrôle de l'orobanche du tournesol: identification des stimulants de germination chez l'hôte et récepteur(s) chez l'orobanche – STIGO
Orobanche cumana est une plante parasite obligatoire qui infecte le tournesol, entrainant des pertes de rendement importantes. Les graines d’orobanche présentes dans le sol ne germent qu’en percevant des molécules exsudées par les racinaires du tournesol. Grâce aux ressources génétiques du genre Hel
Caractérisation fonctionnelle d'un réseau de protéines nécessaire à la différenciation cellulaire et à l’établissement de « patterns » chez la cyanobactérie Nostoc PCC 7120 – FunDate
Dans des conditions de carence en azote, la cyanobactérie multicellulaire et diazotrophe Nostoc PCC 7120 différencie ~10% de ses cellules en hétérocystes spécialisés dans la fixation de l'azote. La décision de s'engager de façon irréversible dans la différenciation intervient ~13 h après son inducti
Fonction du regulateur floral LEAFY avant les fleurs – BEFLORE
Un des objectifs de la biologie du développement et de l’évolution est d'élucider les changements génétiques qui sous-tendent les innovations morphologiques. L’architecture des plantes est déterminée par l'activité des méristèmes, des groupes de cellules en prolifération responsables de la construct
Régulation de la formation du micropyle de l'ovocyte de poisson par le mircroARN 202 via la voie hippo – MicroHippo
Chez les poissons, l’absence de miR-202 se traduit par une baisse marquée de la fécondabilité des ovocytes. Ce phénotype semble associé à un défaut de formation du micropyle (la structure qui guide le spermatozoïde vers l’ovocyte lors de la fécondation) qui provient de la différenciation de la cellu
Fonctions des nucléoïdes dans la différenciation photosynthétique en C4. – TOCCATA
Dans les plantes en C4, la séparation des fonctions photosynthétiques entre les chloroplastes du mésophylle (M) et de la gaine (BS) permet une fixation efficace de CO2. Les régulations d’expression génétique à l’origine de la différenciation en C4 restent inconnues. Toutefois, l’expression spécifiqu
Comprendre les interactions entre les densovirus et l'intestin des insectes – DECIDE
Les densovirus sont infectieux par voie orale et létaux pour les insectes de différents ordres. Ils sont considérés comme des candidats prometteurs, alternatifs aux insecticides chimiques, pour lutter contre les insectes ravageurs de cultures et vecteurs de maladies. Leur utilisation nécessite une c
Analyse d'un réseau de régulation génétique sous-jacent à la divergence des traits entre les plantes annuelles et pérennes – DAAP
Le timing de la reproduction contribue fortement à la valeur adaptative et au rendement des plantes annuelles et pérennes. Ici, nous visons à déchiffrer les mécanismes moléculaires et la logique de régulation qui contrôlent le changement d'identité des méristèmes au cours de la transition florale, e
Evolution de la résistance quantitative des plantes eudicotyledones aux champignons pathogènes nécrotrophes – ResiDEvo
La résistance quantitative (QDR) est un processus omniprésent réduisant les maladies des plantes terrestres mais dont les bases moléculaires sont méconnues. Déterminer dans quelle mesure la QDR a évolué à partir d'un ancêtre commun ou par convergence est essentiel pour comprendre l'évolution de la d
Anhydrase Carbonique iota : une réponse clé au CO2 chez les diatomées – OCEANIA
Nous avons récemment découvert une protéine chez la diatomée marine modèle, Thalassiosira pseudonana, qui appartient à une nouvelle sous-classe d’anhydrase carbonique, iota-CA. Elle est impliquée dans les mécanismes de concentration du CO2 et utilise comme cofacteur le Mn2+ au lieu du Zn2+ habituell
Déterminants de la tolérance à des températures ambiantes élevées chez la tomate (HEA2T) – HEA2T
Le stress thermique (ST) appliqué aux plantes pour étudier les effets du changement climatique correspond souvent à des T°C > à 40°C pendant 1h ou moins. Or, le réchauffement planétaire induit entre autre des vagues de chaleur longues (1 semaine ou + à 30°C de moy./24h). Afin d'identifier les déter
Caractérisation avancée des métallophores par techniques de couplage dans les systèmes environnementaux ternaires sol-microorganismes-plantes – AMETHYSTES
Améliorer le rendement et la teneur en éléments nutritifs des plantes cultivées est un sujet crucial car les carences sont très courantes dans les populations où la nutrition à base de plantes est prédominante. Une stratégie efficace suivie par les micro-organismes et les plantes consiste à libérer
Interactions entre polymorphismes de séquence et méthylation de l'ADN pour la détermination du phénotype chez le bovin – POLYPHEME
La sélection bovine a permis une amélioration considérable des performances des bovins laitiers en quelques décennies, alors qu’une grande part de la variance phénotypique reste inexpliquée. POLYPHEME explorera les interactions entre polymorphismes de séquence et méthylation de l'ADN chez le bovin,
La tolérance des plantes aux virus à ARN : déterminants moléculaires et bases génétiques – GreenTolerance
Les maladies occasionnées par les virus à ARN causent d’importantes pertes chez les plantes cultivées. En revanche, dans les écosystèmes, les plantes apparaissent souvent « tolérantes » c’est à dire sans symptôme alors que les virus peuvent y réaliser leur cycle. Contrairement à la résistance, la to
Comprendre les frontières entre la symbiose et les interactions pathogènes – PATHOSYM
Les légumineuses peuvent établir avec les rhizobia une symbiose fixatrice d’azote palliant le besoin en engrais azoté de la plante. Cette interaction aboutit à la formation de nodosités racinaires où les rhizobia fixent l'azote atmosphérique pour la plante. En plus de cette interaction classiquement
Les récepteur des acides gras libres : intégrateurs de l'état physiologique des vaches laitières – FAIR_Cow
La grande variabilité des réponses métaboliques de vaches laitières ayant un bagage génétique et un système d'élevage similaires pendant la période de transition (fin de la gestation - début de la lactation) reflète les différences individuelles en matière de capacité d'adaptation. Une adaptation in
Cellules pluripotentes de lapin: manipuler le statut épigénétique pour favoriser la reprogrammation cellulaire et la stabilité de l'auto-renouvellement – CHROMNESS
Les cellules souches pluripotentes induites (iPSC) ouvrent la voie au développement de nouvelles technologies en médecine vétérinaire et en production animale mais l'efficacité de reprogrammation des iPSC reste faible, surtout pour les espèces agronomiques. De plus, les iPSC générées sont dans un ét
Reconnaissance de ligands et activation de l’immunité par des paires de récepteurs NLRs chez les plantes – RePairs
L'objectif du projet RePairs est de générer des connaissances fondamentales et appliquées sur les récepteurs immunitaires des plantes de type NLR (Nucleotide-binding (NB) and leucine-rich repeat (LRR) domain proteins). Les NLRs forment une grande famille de récepteurs intracellulaires capables de dé
Etude de l'excrétion hétérogène de Salmonella chez le poulet et modélisation des interactions hôte-agent pathogène-microbiote intestinal – MOSSAIC
L'importance de l'excrétion hétérogènes dans le contexte des maladies infectieuses est désormais bien documentée et reconnue. Les individus infectés qui hébergent et excrètent un agent pathogène donné à des concentrations plus élevées que leurs congénères sont souvent appelés super-excréteurs, par o
Nouveaux régulateurs de la croissance des plantes dérivés des caroténoïdes et leur rôle dans la tolérance aux stress climatiques – ApoStress
Les caroténoïdes constituent une importante source de molécules bioactives chez les plantes, comme des phytohormones (acide abscissique, strigolactones). Nous avons récemment identifié de nouveaux régulateurs de croissance et des molécules signal résultant de l’oxydation du ß-carotène dans les chlor
Les paysages à haute résolution lors de la recombinaison méiotique du riz – LANDSREC
Les échanges réciproques d'ADN entre chromosomes homologues parentaux, les cross-overs (COs), sont initiés par l'induction programmée de centaines de cassures double brin (CDB) de l'ADN par méiocyte pendant la prophase de la méiose. Notamment chez les plantes à fleurs, ces échanges restent cependant
Exploitation de la diversité génétique de l'hépatique modèle Marchantia polymorpha pour découvrir de nouveaux mécanismes impliqués dans l'immunité végétale. – LEVEL-UP
La diversité des mécanismes immunitaires des plantes, façonnée par 450 millions d'années d'évolution, est largement inexplorée. Le projet "LEVEL-UP" exploitera une collection unique de 200 accessions de l'hépatique modèle Marchantia polymorpha pour réaliser la première étude de génétique d'associati
Modulation de l'épissage alternatif des ARNm de l'hôte par les nématodes à galles – MASH
Les nématodes phytoparasites ont un impact majeur sur la production alimentaire mondiale, avec un coût annuel estimé à environ 100 milliards d'euros dans le monde. Les nématodes à galles (Meloidogyne spp.) sont à eux seuls responsables de 5 % des pertes mondiales de récoltes. Ces agents pathogènes d
Régulation et impact du comportement alimentaire par les oméga-3 durant le cycle de vie des truites arc-en-ciel – FEEDOMEGA
Pour maintenir une aquaculture durable, les ingrédients traditionnels utilisés (huile/farine de poisson) doivent être remplacés par des sources alternatives comme les plantes terrestres. Pour autant, chez la truite (Oncorhynchus Mykiss), le remplacement total de ces ingrédients par des produits végé
Transport et régulation de et par l'azote dans les parties aériennes: bases moléculaires de la nutrition foliaire azotée – SNUp-Reg
La fertilisation foliaire est une pratique agricole très répandue. Malgré que l’impact positif de cette pratique sur les cultures soit largement reconnu, les mécanismes moléculaires qui pilotent la perception et le transport de nutriments minéraux et organiques au niveau de la surface foliaire sont
Les corps lipidiques végétaux dans le rétablissement post-stress – RecovOil
Bien que les changements climatiques mondiaux affectent considérablement le rendement des récoltes agricoles, notre compréhension des mécanismes cellulaires impliqués dans la tolérance des plantes aux stress environnementaux demeure encore limitée. L’accumulation transitoire de triacylglycérols (TAG
Une nouvelle voie symbiotique pour l'infection rhizobienne et la nodulation chez les légumineuses – SymWay
Une nouvelle voie symbiotique pour l'infection rhizobienne et la nodulation chez les légumineuses Les légumineuses ont un intérêt agronomique et écologique de premier ordre dû à leur capacité à développer une symbiose fixatrice d’azote avec des rhizobiums qu’elles hébergent au sein de nodules. Le
Ajustement des flux de nitrate dans les réponses des plantes à l'ombre ou à la température – NitReST
Les plantes ajustent en permanence leur développement en réponse aux variations des paramètres environnementaux, qu’ils soient aériens ou dans le sol. Comment perçoivent-elles et intègrent-elles des signaux extérieurs simultanés aux conséquences variées sur la croissance ? Cette question constitue l
Génomique des populations des éléments transposables des fruitiers cultivés – PLEASURE
Les éléments transposables (ET) sont des composants majeurs des génomes eucaryotes et supposés jouer un rôle dans l’adaptation des populations à leur environnent. Contrairement aux nombreuses informations disponibles sur les espèces cultivées annuelles, le rôle des ET dans l'adaptation des espèces c
Contrôles génétiques et chromatiniens du développement et de la maturation des graines – SEED-REG
Les graines jouent un rôle clé dans la dissémination et l'évolution des plantes, ainsi qu’en agriculture et pour la production alimentaire. Comprendre les mécanismes qui contrôlent le développement des graines, permettant de mettre en pause la croissance de l'embryon et d'accumuler des composés de r
Mécanisme moléculaire et importance physiologique de la dégradation 5'-3' co-traductionnelle des ARNm chez Arabidopsis – MATILDA
La stabilité et l’activité traductionnelle des ARN messagers sont des points importants de la régulation de l’expression des gènes. Ces processus sont massivement reprogrammés au cours du développement et en réponse au stress. Au cours des dernières années, plusieurs travaux ont mis en évidence que
Artificial Cuticule : Assemblage biomimétique de polymères chitine-protéines: Interactions de surface pour la reconnaissance microbienne sur stylets d’hémiptères – ArtiCute
La biologie vectorielle est une discipline essentielle de la santé globale. Pour les pathogènes végétaux et leurs arthropodes vecteurs, une modalité majeure de transmission passe par une interaction très précoce mais spécifique avec la surface cuticulaire du vecteur. Ces mécanismes restent néanmoins
Adaptation méiotique à l’allopolyploïdie – MeioAdapt
L'allopolyploïdie, issue de l’hybridation entre espèces apparentées, est omniprésente dans l'histoire évolutive des plantes. Dès leur formation, les organismes allopolyploïdes sont confrontés au défi de la ségrégation des chromosomes pendant la méiose en raison des deux (ou plus) jeux de chromosomes