Projets financés
Impact de l'EJC sur la localisation et l'empaquetage des ARNm – Eat_local
La localisation intracellulaire des ARNm favorise l’expression locale de protéines et est essentielle pour la polarité et la différenciation cellulaire. Nous avons identifié le premier ARNm de vertébrés dont la localisation dépend de l’EJC (exon-junction complex). Déposés par le spliceosome, l’EJC e
Naissance et Activation d'un cluster de piARN – BiopiC
Les éléments transposables (ET) constituent plus de la moitié de notre génome et induisent des dommages à l’ADN quand ils sont actifs. Un système immunitaire adaptatif qui protège le génome contre ces menaces agit dans la lignée germinale en mettant en action de petits ARN non-codants, les piRNAs, q
Elimination programmée d'ADN chez un unicellulaire modèle : coordination entre coupure de l'ADN et réparation des cassures double-brin – CURE
Les cassures double brin (CDB) de l'ADN sont réparées soit par recombinaison homologue, soit par jonction directe des extrémités (NHEJ). Bien que potentiellement toxiques, des CDB programmées contribuent à des processus physiologiques essentiels (recombinaison méiotique, assemblage des gènes d'immun
Rôle d'une ribonucléase orpheline dans le développement de la spore chez B. subtilis – BSpoRNase
Face à une carence sévère, la bactéie modèle Bacillus subtilis forme des spores ultra-résistantes, l’un des programmes de développement les mieux étudiés chez les bactéries. Nous avons identifié une nouvelle exoribonucléase KapD exprimée dans la cellule mère lors de la sporulation et requise pour l’
Elucider la perception du Phosphate chez les plantes grâce au développement de l'imagerie en temps réelle de la transcription – ULTIM
Le contrôle de la transcription est essentiel pour l'adaptation des plantes aux fluctuations ambiantes. En mettant en œuvre un système d'imagerie ARN MS2 optimisé combiné à la microfluidique, nous avons obtenu des mesures quantitatives en temps réel et en live de l'activité transcriptionnelle de sim
Exploration du lien entre structure-composition-fonction au sein du génome compartimenté de Streptomyces – STREPTOMICS
Les Streptomyces sont des producteurs de composés bioactifs intéressant en médecine et agriculture. Ces bactéries possèdent un grand génome linéaire compartimenté d’un point de vue génétique : sa partie centrale est riche en gènes conservés, et ses extrémités contiennent des gènes peu conservés, dir
Rôle de Snord123 dans la régulation traductionnelle de l’expression génique dans les vaisseaux HEV – SNORD123-HEV
Les vaisseaux HEV sont des vaisseaux sanguins spécialisés dans le recrutement des lymphocytes que l'on retrouve dans les ganglions lymphatiques et les autres organes lymphoïdes. Les vaisseaux HEV jouent un rôle essentiel dans le système immunitaire car ils sont indispensables à la surveillance immun
Role de la méthylation d'ADN pour le succes reproductive chez les plantes – ReproMeth
La méthylation de l’ADN est une marque épigénétique majeure pour la stabilité du génome et l’expression des gènes chez de nombreux d’eucaryotes. Chez les plantes, un remaniement important du méthylome est observé dans les cellules compagnes des gamètes mâles et femelles. Nos données récentes indique
Principes de régulation des ARNm par les piRNAs dans les cellules souches: fonctions biologiques et mécanismes moléculaires – piRNAstem
Les piRNAs, des petits ARNs non-codants impliqués dans la répression des transposons, ont émergé comme régulateurs de la surveillance des ARNm dans différents lignages de cellules souches. Ces données augmentent de façon significative les fonctions connues des piRNAs dans la régulation des éléments
Caractérisation mécanistique et détaillé des frontières de Domaines Topologiquement Associés (« TAD ») en utilisant des approches complémentaires de séquençage à molécule unique et d'imagerie à super-résolution – TADwalker
Les « Domaines Topologiquement Associés » (TAD) séparent les génomes des vertébrés en compartiments fonctionnels pour la régulation transcriptionelle des gènes et la réplication, la recombinaison et la réparation de l'ADN (les « 3R »). La variation structurelle du génome peut provoquer la réorganisa
Exploration de la régulation dynamique des ARN – Kinebiotics
L'adaptation rapide aux changements environnementaux est une nécessité de tous les organismes vivants. Ces dernières décennies, les ARN régulateurs sont apparus comme de puissants acteurs de ces réponses adaptatives en contrôlant l'expression des gènes. Chez Escherichia coli et d'autres bactéries, l
Régulation dynamique de la transcription et de la réplication en quiescence et lors de la reprise du cycle cellulaire – ExQui
La quiescence est un état réversible de non-division dans lequel les cellules restent métaboliquement actives et conservent la capacité de reprendre leur prolifération. Les cellules quiescentes, ou G0, sont présentes dans tout le corps humain et jouent des rôles essentiels dans le développement et l
Mécanismes biophysiques et conséquences fonctionnelles de la condensation de TopBP1 – BioTop
La signalisation du stress réplicatif par la kinase ATR permet aux cellules de surmonter les obstacles à la réplication de l’ADN. Elle assure la survie des organismes. TopBP1 est l'activateur de ATR. Nous avons découvert que TopBP1 active ATR en formant des condensats biomoléculaires de stœchiométri
Etude des mouvements des chromosomes pendant la prophase I de méiose. – MeioMove
La méiose est une étape cruciale de la reproduction au cours de laquelle la recombinaison homologue assure non seulement la stabilité des génomes (réparation, formation des gamètes haploïdes) mais aussi leur diversité (nouvelles combinaisons d’allèles). L’extrême mobilité des chromosomes au cours de
Distanciation Génomique chez la levure – GenoDist
Dans les génomes bactériens et eucaryotes, la transcription par l'ARN polymérase II (ARNPII) conduit à la production de myriades d'ARN non codants dérivés de nombreuses régions non annotées, un phénomène connu sous le nom de transcription pervasive. La présence généralisée d’ARN polymérases sur le g
Rôle des pores nucléaires dans l'organisation de la chromatine et la régulation des gènes au cours de la sénescence – NPCOS
Dans les cellules somatiques, l’hétérochromatine est généralement accumulée à la périphérie du noyau et des nucléoles. Les mécanismes à l’origine de cette organisation ainsi que ses conséquences sur l’expression des gènes ne sont pas totalement connus. En utilisant la sénescence induite par les onco
VARIATION GENETIQUE NATURELLE CHEZ LA DROSOPHILE : UN POINT D’ENTREE POUR ETUDIER LE DEVELOPPEMENT ET LES FONCTIONS COMPORTEMENTALES DU SYSTEME VISUEL – WILD_EYES
La variation génétique naturelle affectant le système nerveux a une influence majeure pour nous façonner en tant qu'individus. Cependant, les mécanismes par lesquels de petits changements dans le génome provoquent des changements importants dans la perception sensorielle et le comportement sont mal
Exploration des fonctions de la chromatine dans les spores de levure – EpiSpores
CONTEXTE. Les organismes unicellulaires doivent s'adapter aux changements rapides et imprévus de leur environnement. Les spores assurent la survie de ces espèces en encapsulant le génome dans une structure protectrice et en attendant des conditions de croissance optimales. En effet, les spores de le
Role de ADAR1 et de l'editing des ARN au cours du developpement du système nerveux périphérique et de son maintien dans des conditions normales et pathologiques – RNAediting-inPNS
Notre consortium de 3 partenaires combine expertise en biologie du développement, biologie cellulaire, et génétique moléculaire. Notre but est de décrypter le rôle d’ADAR1 et d’une forme d’editing de l’ARN (modification d’adénosine en inosine (A to I)) au cours du développement des cellules de Schwa
La régénération cellulaire articulée avec la dynamique de la chromatine – CRACK
Contexte : La régénération permet de reconstruire à l’identique des parties du corps entières suite à la blessure ou la perte d’un tissu. Tandis que les mammifères possèdent une capacité limitée pour régénérer, le contraste est saisissant en comparaison à des cas spectaculaires de régénération du c
Drécrypter le mécanisme de biogenèse de la Particule de Reconnaissance du Signal et ses liens avec la biogenèse du ribosome et la structure du nucléole. – BioRiboSRP
Les particules ribonucléoprotéiques non codantes (RNPnc) jouent de multiples rôles fondamentaux dans les cellules. Comprendre comment elles sont synthétisées et comment les cellules régulent leur taux et leur intégrité sont des questions fondamentales. Leur formation nécessite de nombreux facteurs d
Architecture du système traductionnel mitochondrial d'algues en lien avec la maturation des ARNm – ARAMIS
Il y a environ deux milliards d'années, l'acquisition de la mitochondrie, un organite endosymbiotique pourvu d’une double membrane, a considérablement influencé l'évolution des cellules eucaryotes. Les mitochondries sont au cœur de la bioénergétique des eucaryotes, avec leur fonction principale dans
Etude de la mobilité nucléaire des pôles cis-régulateurs dans le contrôle transcriptionnel – HUBDYN
Les gènes des eucaryotes sont souvent contrôlés à distance par des modules de cis-régulation (CRM) tel que les activateurs. Jusqu’à peu, il a été assumé que les CRM entre physiquement en contact avec leurs gènes cibles pour conférer cette régulation, ce qui est contesté par de récentes études au mic
Analyse en molécule unique des évènements de recombinaison homologue – SMART
Les cassures double brin (CDBs) de l’ADN peuvent être accidentelles ou programmées, comme lors de la méiose pour la production des crossingover et la ségrégation égale des chromosomes homologues. Les CDBs sont une menace pour l’intégrité du génome et doivent donc être fidèlement réparées, pour évite
Appariement et ségrégation des chromosomes bactériens – SISTERS
La ségrégation des chromosomes est un processus fondamental mais mal compris du cycle cellulaire qui permet aux cellules de transmettre le matériel génétique à leur progéniture. Dans tous les organismes, elle est étroitement régulée et précise pour éviter la perte d'information génétique (aneuploïdi
Règles et mécanismes de la dégradation des microARN dirigées par leurs cibles – SCOuBiDou
Les microARN (« miARN ») sont d'importants régulateurs de l'expression des gènes : ils reconnaissent des ARNm-cibles spécifiques, par complémentarité de séquence. Leur niveau d'expression dépend de leur transcription, de leur maturation (qui sont bien connues), mais aussi de leur stabilité. Or plusi
Modifications de l'ARN chez Staphylococcus aureus pendant les réponses aux stresses, traitements antibiotiques et infections : impact sur la traduction et sa régulation – SaRNAmod
Les modifications de l'ARN sont impliquées dans de nombreux processus biologiques et sont présentes dans toutes les classes d'ARN. Celles-ci sont constitutives ou régulées et peuvent avoir un impact sur les interactions entre ARN, la reconnaissance des protéines, la structure et la stabilité des ARN
Longs ARNs non-codants dans le destin cellulaire – RNAFATE
Les longs ARNs non-codants (lncRNAs) participent à l’identité cellulaire en modulant l’expression et l’intégrité des génomes. Cependant, notre connaissance des mécanismes impliquant des lncRNAs dans le destin cellulaire reste encore limitée. Hautement conservée chez les eucaryotes, la transition mit
Etude de l’impact de la traduction des mRNAs Tau pendant la maladie d’Alzheimer – RiboTAUxic
La traduction des protéines est un processus multi-étapes complexe et hautement régulé, à la fois par la nature de la séquence et de la structure de l’ARNm, et par plus d’une trentaine de facteurs protéiques. Il est connu que la traduction se trouve dérégulée dans des conditions qui génèrent certain
Mécanismes physiologiques et pathologiques de la modification de l'adenosine en inosine à la position wobble 34 dans les ARNt – InotRNA
Notre compréhension du monde de l'ARN et de sa complexité s'est récemment fortement élargie avec la caractérisation de nombreux ARN non codants qui participent avec les ARNm et les ARNt au développement des cellules et des organismes. Notamment, de nombreuses modifications post-transcriptionnelles
Identification et caractérisation de facteurs hôtes interagissant avec les régions terminales non traduites (UTR) de l'ARN génomique des virus de la Dengue et de Zika – DeZincRNA
Les virus de la Dengue (DENV) et de Zika (ZIKV) sont transmis par certains moustiques et provoquent des maladies émergentes en forte progression. Circulant entre l’homme et le moustique, leur génome ARN contient des régions non traduites multifonctionnelles de l’ARN viral en 5’ et en 3’ (UTR) dont l
Apollo, au à l'intersection de la réparation de l'ADN, de la protection des télomères et du vieillissement – APOthesis
Le vieillissement est un processus biologique complexe qui est devenu un sujet important de la science moderne. La recherche sur le vieillissement en biologie passe par l'étude des maladies caractérisées par un vieillissement prématuré, l'analyse du vieillissement physiologique chez plusieurs espèce
Étiologie moléculaire et paysage épigénétique du syndrome de Rahman – RAHMAN
Des mutations germinales dans l'un des allèles de l'histone H1E ont été liées à un syndrome encore mal défini, appelé syndrome de Rahman. Les personnes touchées présentent des caractéristiques craniofaciales, une hypothyroïdie, une cryptorchidie, des anomalies squelettiques et cardiaques. Les donnée
Régulation des enhancers par la méthylation de l'ADN chez les mammifères – REMEDY
La fonction des cellules dépend de leur profil d'expression génique, et son altération sont liées à de nombreuses maladies humaines. Ce profil est déterminé par les interactions entre régulateurs transcriptionnels, éléments régulateurs (promoteurs et enhancers), et paysage épigénétique de la cellule
Régulation de l'épissage alternatif par citrullination à l'arginine. – ACT
La citrullination de l'arginine est la modification post-traductionnelle de l'arginine en citrulline catalysée par une famille d'enzymes appelées peptidyl arginine déiminases (PADI). Parmi les cinq membres de la famille PADI, PADI2 est le plus conservé et le plus largement exprimé. Un niveau élevé d
La conversation secrète entre le cholestérol et la stabilité du génome – GenomeSterolity
L’entretien du matériel génétique est essentiel pour garantir l'homéostasie des organismes. Un réseau dédié de surveillance et de réparation, que l’on croit majoritairement composé de protéines, accomplit cette tâche dans le noyau. Récemment, l'idée que les signaux métaboliques, nutritionnels et env
Gamètes et Dégradation des ARN – GaRDe
La régulation des différentes étapes de l'expression des gènes chez les mammifères contribue au développement et à la différenciation cellulaire. Ainsi, il a été montré que la régulation de la stabilité des ARNm, résultant principalement de la modulation du taux de raccourcissement de leur queue pol
Etude de l'impact des intégrons chromosiques sur l'évolution des bactéries – Chromintevol
Les bactéries échangent constamment du matériel génétique favorisant leur adaptation à de nouveaux stress. L’apparition rapide de bactéries multi-résistantes suite à l’utilisation massive d’antibiotiques en est un exemple criant. Les intégrons sont largement impliqués dans ce phénomène. Ce sont des
Activités et diversité des rétrotransposons L1 naturels dans les génomes humains – ActiveLINE
La mobilisation des rétrotransposons L1 humains produit des mutations germinales et somatiques lors du développement, du vieillissement et dans certaines pathologies. Une seule sous-famille de L1 (L1HS) est fonctionnelle chez l'Homme, et seules quelques copies sont actives pour un type cellulaire do
Etudes des interactions protéines-ADNr en lien avec les dommages à l'ADN et le vieillissement réplicatif – rDNAproxi
L’ADN ribosomique (ADNr) est une région fortement répétitive du génome et essentielle pour la biogenèse des ribosomes. Dans la levure Saccharomyces cerevisiae, des dommages fréquents au sein de l’ADNr induisent la formation de cercles d’ADNr extra-chromosomiques (ERCs) qui sont impliqués dans le vie
La biogenèse des ribosomes: le ying et le yang de l'homeostasie protéique. – RASTR
L'homéostasie protéique est l’ensemble des processus cellulaires qui régulent la synthèse, le repliement, la dégradation et la solubilité des protéines dans la cellule pour maintenir la santé du protéome cellulaire. La perte de la capacité homéostatique a des conséquences grave sur la durée de vie d
Analyse paléogénomique des populations humaines du Bassin parisien entre le Néolithique et le 17e siècle – ParisAncientDNA
Le développement récent de la paléogénétique a significativement contribué à une meilleure compréhension des origines et de l’histoire évolutive des populations humaines modernes, en particulier en Eurasie. De ce point de vue, le territoire actuel de la France, notamment le Bassin parisien, présente
Toxines sauvant la vie – LST
La réponse SOS d'E. coli est l’archétype du régulon de réponse aux lésions d'ADN ayant contribué à la compréhension comment différentes fonctions de réparation sont coordonnées en fonction de la nature, quantité et persistance des lésions d'ADN. Ce régulon ayant été identifié comme une réponse aux l
Répression de l’Hétérochromatine Facultative (H3K27me3) Par Dégradation d'ARNs – Epigenetic-State_RNA-Fate
Nous avons récemment découvert que chez les animaux, l'hétérochromatine facultative peut être réprimée par une dégradation spécifique de l'ARN, et non uniquement par une répression transcriptionnelle. En particulier, nous avons montré que le complexe LSM2-8 intervient dans la dégradation des transcr