Projets financés
Identification et analyse des éléments répresseurs génomiques – Silencer
La régulation précise de l'expression génique soutient la différenciation cellulaire et la capacité de réagir à des stimuli externes. Elle est aussi indispensable au développement des organismes multicellulaires. Alors que l'activation génique par les activités combinées des promoteurs et des enhanc
Déterminants de la progression du réplisome en présence d’obstacles – REPLIBLOCK
La duplication du génome entier est un processus colossal qui nécessite d’être parfaitement contrôlé pour éviter la propagation de mutations ou de réarrangements aux cellules filles. Néanmoins, la route du réplisome, la machinerie protéique nécessaire pour copier l’ADN, est semée d’obstacles qui per
Déchiffrer le rôle du dysfonctionnement des centromères dans l’instabilité du génome – CenBreak
La division est une étape essentielle dans la vie de chaque cellule. Au cours de la division, la cellule mère doit distribuer uniformément ses chromosomes, constituant la base moléculaire de l'hérédité génétique, entre ses deux cellules filles. Le centromère est une petite région retrouvée sur chaq
Biologie synthétique et l'ataxie de Friedreich – FRACOL
Chez l'homme, un déficit en frataxine (FXN) conduit à l'ataxie de Friedreich (AF), la plus fréquente des ataxies héréditaires. La conséquence primaire du déficit en FXN est une diminution de la biogenèse des centres Fe-S. La biogénèse des centres Fe-S est un processus essentiel présent dans tous
Analyses transcriptomiques sur cellules uniques dont la généalogie est identifiée au cours d'un processus de différentiation – SinCity
La façon dont les cellules déchiffrent l'information de leur environnement, traitent cette information par le biais de leur réseau moléculaire interne et prennent une décision est l'une des grandes questions de la biologie moderne. Les explications classiques des mécanismes moléculaires contrôlan
Caractérisation de l’enzyme épigénétique TET: une approche intégrée. – EpiTET
Du fait de leur capacité à oxyder les méthyl-Cytosines (mC), une modification épigénétique majeure dans de nombreux génomes, les enzymes de la famille TET (Ten Eleven Translocation) sont des acteurs clés de la déméthylation de l’ADN. Ces enzymes sont impliqués dans de nombreux processus physiopathol
Rôle des mécanismes épigénétiques dans la maladie de Huntington – EpiHD
La maladie de Huntington (MH) est une maladie neurodégénérative progressive, caractérisée par des troubles cognitifs et moteurs provenant de la dégénérescence préférentielle des neurones du striatum. Elle est causée par une expansion de trinucléotides CAG dans le gène Huntingtine (HTT). Les symptôme
Interconnections génétiques, épigénétiques et protéiques au cours de la réorganisation fonctionnelle du nucléole et des réponses aux stress – RiboStress
L’activité et la structure du nucléole sont intimement associées à la biogenèse des ribosomes et par conséquent à la synthèse protéique, la croissance et la prolifération cellulaire. Ces dernières années, un rôle du nucléole beaucoup plus vaste qu'initialement anticipé dans l'organisation fonctionn
FIGL1/FLIP, un nouveau complexe anti-Crossover regulant l'étape centrale de la recombinaison – FIRE
La recombinaison homologue, qui joue un rôle crucial dans la stabilité des génomes, est le Dr Jekyll et Mr Hyde de la génétique. Du coté positif, les crossing-over générés par recombinaison homologue génèrent de nouvelles combinaisons alléliques et sont donc au cœur de l’hérédité et de l’évolution.
DNMT3C, une enzyme de méthylation de l'ADN en première ligne dans la bataille contre les transposons – SPERMethyl
La méthylation de l’ADN est prédominante dans le génome des mammifères, où elle joue un rôle crucial dans le contrôle épigénétique du développement. Des anomalies de méthylation de l’ADN sont associées à des phénotypes de létalité embryonnaire, à des syndromes neuro-développementaux, d’immunodéficie
ARN ribosomiques et petits ARN non-codants dans la dystrophie musculaire oculopharyngée – riboOPMD
La dystrophie musculaire oculopharyngée (OPMD) est une maladie rare autosomale dominante qui se caratérise un affaiblissement progressif de muscles spécifiques. L’OPMD est due à de courtes extensions du triplet GCG dans le gène codant la Poly(A) binding protein nuclear 1 (PABPN1). Ces mutations cond
Signalisation et épigénétique au cours de la différenciation musculaire : Régulation de la méthylation des histones et des protéines non histones par la voie Wnt – MuSiC
Les maladies dégénératives, telles que la Dystrophie Musculaire de Duchenne (DMD), sont souvent associées à un déclin des capacités de régénération tissulaire. De fait, l’un des buts de la médecine régénérative est la compréhension des mécanismes moléculaires contrôlant le destin des cellules souche
Modèle(s) d'Evolution de l'Epissage Alternatif et de son Impact Structural – MASSIV
L’ambition de MASSIV est d’exploiter les masses de données issues des technologies de séquençage pour élucider les mécanismes moléculaires par lesquels l’évolution d’AS favorise la diversité fonctionnelle des protéines. Nos objectifs sont les suivants: (A) Recueillir, nettoyer et intégrer divers ty
Analyse Fonctionnelle d'un Nouveau Variant d'Histone, H2A.J, en Sénescence – H2AJFUN
La sénescence cellulaire participe au vieillissement des mammifères. Afin d’identifier des nouveaux régulateurs et biomarqueurs de la sénescence cellulaire, nous avons caractérisé la chromatine des fibroblastes humains sénescents avec une méthode de profilage des histones que nous avons développée (
Modifications epigenomiques induites par l'interaction hote-bacteries – EpiBactIn
Les modifications de la chromatine, au niveau de l’ADN ou des histones, jouent un rôle fondamental dans la régulation de l’expression des gènes chez les eucaryotes, en contrôlant l’accès de la machinerie transcriptionnelle aux séquences promotrices. Des études récentes ont mis en évidence que modifi
Role des réarrangements chromosomiques dans des formes syndromiques d'autisme – CNV
Les récentes avancées technologiques ont accéléré la découverte d’anomalies chromosomiques (CNVs); ces lésions sont des contributeurs majeurs dans les maladies neurodéveloppementales. Cependant, la transition de la détection des CNVs à l’assignation de la causalité des gènes demeure difficile. Nou
(Dé)régulation génique et chromatinienne pendant la spermiogénèse: acteurs & conséquences sur la descendance – CHROMATOZOA
La spermatogenèse est le processus qui aboutit à la production des gamètes mâles. Elle est généralement divisée en 3 étapes : la prolifération des cellules souches spermatogoniales, la méiose et la spermiogenèse. Lors de cette dernière étape, les cellules germinales haploïdes, appelées spermatides,
Dynamiques Cardiogeniques du Genome – CaGeD
Les maladies cardiaques congénitales sont un problème de sante majeur ayant un impact sociétal et économique important. Malgré le progrès dans le traitement et la gestion des patients, l’incapacité du cœur a récupérer entièrement sa fonction suite à une lésion provoque des complications et l’insuffi
Fonction des facteurs de remodelage de chromatine et de CTCF dans l’organisation 3D du génome mammifère – 3D-reMODEL
Les facteurs de remodelage de chromatine ATP-dépendants (les remodeleurs) sont mutés de façon récurrente dans les cancers humains. Nous avons récemment publié une étude à l’échelle du génome de la fonction des remodeleurs en cellules souches embryonnaires (ES) (De Dieuleveult et al., Nature 2016). C
Voies de sauvetage pour les ribosomes non recyclés – Rescue_ribosome
Des ribosomes ont été observés dans la 3'UTR dans la levure Saccharomyces cerevisiae lors de la délétion de Rli1, un facteur impliqué dans le recyclage de la sous-unité ribosomale. Ils s'accumulent également en l'absence de Dom34 (nécessaire à la dissociation des sous-unités ribosomales), ce qui sug
Dialogues entre systèmes de contrôle qualité – NuclER-QC
L’homéostasie cellulaire est assurée par des voies de contrôle qualité (CQ) contrecarrant les effets potentiellement délétères de stress intra ou extracellulaires. Si les voies de signalisation contrôlant des réponses physiologiques individuelles sont bien décrites, notre compréhension de l’intégrat
Structure et fonction du coactivateur NuA4/TIP60 – NuA4
Notre objectif est de déterminer la structure et la fonction du coactivateur transcriptionnel NuA4 et de son partenaire SWR1, impliqué dans le remodellage de la chromatine, en combinant les approches de biologie moléculaire, de biologie structurale, en particulier la cryo-microscopie électronique (c
Une approche évolutive et systémique pour comprendre la fonctionnalité des longs ARNs non-codants – LncEvoSys
1) Notre premier objectif est de développer une approche intégrative pour l’annotation fonctionnelle des longs ARNs non-codants, qui fournirait, en plus de leur localisation et structure génomique, des informations sur la proximité par rapport aux autres éléments fonctionnels du génome, sur leurs st
Recherche des déterminants génétiques, épigénétiques et transcriptomiques du rythme d'émergence des larves responsables de la transmission des schistosomes à l'Homme – CHRONOGET
La compréhension des facteurs qui influent sur la transmission des parasites est d'un intérêt central pour la communauté de la santé publique et de la recherche en biologie évolutive. Le but central de cette proposition est d'identifier les fondements génétiques, épigénétiques et transcriptomiques d
Caractérisation d’un nouveau site de liaison à l’ADN dans la protéine BRCA2 – FUNBRCA2
La protéine suppresseur de tumeur BRCA2 est essentielle à la réparation des dommages de l'ADN par recombinaison homologue (RH). Elle facilite le recrutement de la recombinase RAD51 au sites de cassure double-brin. Cette fonction est exécutée par le domaine C-terminal de liaison à l'ADN (CTD), qui li
Effets épigenetiques liés aux techniques d’assistance médicale à la procréation – CARE
Des millions d’enfants sont nés de par le monde grâce aux techniques d’assistance médicale à la procréation (AMP) dont l’innocuité n’a pas été totalement démontrée à ce jour. Ces techniques concomitantes à la reprogrammation épigénétique pourraient être en lien avec certaines des complications obser
Bases moléculaires de la régulation des VSG chez les trypanosomes Africains – VSGREG
Trypanosoma brucei est un parasite qui provoque la trypanosomiase humaine Africaine. Environ 60 millions de personnes (OMS) sont à risque en Afrique subsaharienne. Non traitée, la maladie est mortelle. Les traitements actuels présentent cependant une toxicité très élevée ainsi qu’une résistance, met
DYNAMIQUE ET STRUCTURE DE LA MACHINERIE c-NHEJ: RÔLES PIVOTS DE L'ADN LIGASE 4 HUMAINE – NHEJLIG4
L'objectif du projet NHEJLIG4 est d’apporter une meilleure compréhension du mécanisme de la voie NHEJ classique (c-NHEJ) en mettant l'accent sur les interactions dynamiques impliquant l'ADN Ligase 4 (LIG4). Dans les cellules de mammifères, la c-NHEJ est la voie prédominante pour la réparation des ca
Caractérisation des substrats non-histone de la lysine méthyltransférase EZH2 à l’aide de couples enzyme-cofacteurs orthogonaux chimiquement modifiés. – AMetHist
Les modifications post-traductionnelles des protéines contribuent de façon majeure à la diversité du protéome. Bien que plusieurs chaines latérales des acides aminés soient modifiées, la lysine est la cible la plus fréquente et elle est sujette à une grande variété de modifications. La méthylation d
Caratérisation des facteurs du complexe pre-EJC et leur rôle dans la détermination du destin cellulaire – spEJCificity
Le complexe EJC (Exon-Junction Complex) joue un rôle central dans le contrôle post-transcriptionnel de l’expression génique. Ce complexe multiprotéique est deposé sur les ARNm et participe aux principales étapes de la vie des ARNm. L’EJC est organisé autour d’un cœur tétramérique assemblé par la mac
Régulation et fonction des mécanismes de compensation de dose sur le chromosome X – DoseX
L'inactivation d'un des deux chromosomes X joue un rôle central dans la compensation de dose entre femelles XX et males XY. Cet intriguant processus épigénétique est contrôlé par plusieurs éléments, dont des ARNs non-codants, regroupés au sein d'un large locus, nommé Xic. Malgré de récents progrès,
Perspective sur le G4ome ARN : caractérisation exhaustive de la traduction dépendante des G-quadruplexes contrôlée par des protéines de liaison à l'ARN – G4ome
L'objectif général de ce projet est d'apporter une vue exhaustive des fonctions régulatrices des G4s ARN dans le contrôle traductionnel et des RBPs associées à ces structures. Nos résultats ont identifiés des ARNms spécifiques régulés traductionnellement par des mécanismes dépendants des G4s et ont
Dissection des mécanismes moléculaires de la régulation traductionnelle par une nouvelle approche microfluidique – RiboFluidiX
Les processus biologiques fondamentaux nécessitent une adaptation du métabolisme principalement par la régulation de la traduction afin de répondre à divers stimuli tels que des changements environnementaux, des réponses au stress ou des infections virales. Ces processus sophistiqués sont le résulta
Déchiffrer les conséquences biologiques et pathogéniques liées à un changement majeur de mode de vie – LifeChange
Le projet LifeChange développera une ligne de recherche originale visant à révéler les conséquences biologiques des changements sociétaux qui ont accompagné la colonisation de la Yakoutie par les Russes au cours du 17ème siècle. Ce projet évaluera également en quoi le changement majeur de mode de vi
Comprendre la structure de SPO11, ses fonctions et ses interactions – ESSPOIR
La recombinaison méiotique est un élément déterminant de la reproduction sexuée : elle est indispensable non seulement à la stabilité des espèces (production de gamètes haploïdes à partir de cellules diploïdes) mais aussi à leur variabilité (réassortiment du matériel génétique d’une génération à l’a