Projets financés
Exploration du métatranscriptome eukaryote des sols une ressource biotechnologique – EUMETASOL
Une grande diversité de microorganismes eucaryotes (champignons, "protistes",?) colonisent les sols où ils jouent des rôles essentiels notamment en tant que décomposeurs efficaces des litières végétales. Ces microorganismes sont depuis longtemps une source importante de nombreuses enzymes utilisées
Inventaire et ressources génétiques de virus géants à ADN dans les milieux marins sur Tara-Oceans – TARA-GIRUS
Tara-Girus est une composante importante du projet Tara-Oceans, une expédition scientifique de 3 ans autour du globe sur le schooner Tara, qui a pour but d?évaluer l?impact des changements climatiques actuels sur la vie et la société humaine par l?étude de la composition des océans et des mers du mo
Approches génomiques pour l?analyse de la biodiversité fonctionnelle des protistes océaniques de l?expédition Tara-Oceans. – PROMETHEUS
Tara-Oceans est la prochaine expédition scientifique de grande-envergure du voilier Tara : une navigation sur les eaux du globe unique en son genre, visant à mesurer les relations entre les changements climatiques et la biodiversité planctonique, et leur impact potentiel sur les sociétés humaines. C
Compétition pour la lumière dans l?océan: une approche génomique intégrée de la diversité, l'écologie et l'évolution des types pigmentaires de cyanobactéries dans le milieu marin – PELICAN
La compétition des organismes photosynthétiques pour la lumière a induit le développement d'une remarquable diversité de pigments et de protéines chromophorylées au cours de l'Evolution. Cette diversité est particulièrement étonnante chez les cyanobactéries marines du genre Synechococcus, l'un des d
Génomique Evolutive de Magnaporthe oryzae – GEMO
Augmenter la production agricole en réduisant l'utilisation d'intrants nuisibles à l'environnement et/ou à l'Homme est un challenge pour notre agriculture. Développer des méthodes de lutte intégrée contre les bioagresseurs des plantes cultivées peut contribuer significativement à cet objectif. L'évo
Isochores et effecteurs : remodelage du génome et évolution vers des espèces très agressives chez les champignons phytopathogènes – FungIsochores
Le champignon phytopathogène Leptosphaeria maculans présente la particularité d?être organisé en iscochores: il présente des alternances marquées entre grandes régions au taux de GC homogène. Les isochores riches en AT représentent 36% du génome et sont constitués d?éléments transposables (ET) tronq
Utilisation de la séquence génomique, de la génétique d'association et de NILs pour accélérer la caractérisation de QTL sur le chromosome 3B du blé – GAIN-SPEED
Depuis une quinzaine d'années la sélection végétale utilise de façon croissante les outils de génétique moléculaire, et particulièrement les approches QTL (Quantitative Trait Loci) et la Sélection Assistée par Marqueurs (SAM). La difficulté rencontrée pour identifier les gènes d'intérêt et les métho
Génomique comparative du cycle de l'azote entre M. truncatula et le pois : étude des potentialités de transfert des connaissances entre espèces modèles et cultivées – GENOPEA
Parmi les légumineuses adaptées aux régions tempérées, le pois (Pisum sativum L.) est l’espèce la plus cultivée en Europe. C’est une source de protéines sure et traçable pour l’alimentation animale, qui pourrait remplacer en partie les tourteaux de soja importés. C’est aussi une source de protéine d
Séquençage, annotation et caractérisation du chromosome 3B de blé tendre – 3BSEQ
Le blé tendre (Triticum aestivum L.) nourrit un tiers de l’humanité et son amélioration représente un enjeu majeur de l’agriculture du XXième siècle. Une seconde révolution verte est nécessaire pour répondre aux nouveaux enjeux qui sont d’assurer une production suffisante en quantité et en qualité,
Triple approche pour optimiser le ciblage génique chez les plantes – GENETOP
Des exigences d’ordre à la fois agronomiques, économiques, de santé humaine et environnementales, poussent l’agriculture vers une perpétuelle amélioration des plantes cultivées. La transgénèse constitue une technique performante pour la création de nouvelles variétés végétales. Complémentaire des te
Etude du rôle de l'endoréduplication et des phénomènes épigénétiques dans la régulation de la croissance et du développement du fruit – ENDOREPIGEN
La croissance des plantes et leur développement dépendent de processus cellulaires fondamentaux comme la division cellulaire, l’expansion cellulaire et la différenciation cellulaire. Dans certaines conditions, le cycle cellulaire classique conduisant à la division cellulaire peut être remplacé par u
Séquençage du génome du caféier (Coffea canephora) – COFFEASEQ
L'objectif principal de ce projet est l'établissement d'une séquence de référence pour le caféier. Nous proposons de séquencer l'espèce Coffea canephora, qui produit le café Robusta, car c'est une espèce diploïde contrairement à C. arabica qui est un allopolyploîde récent.Nous avons choisi la souche
Transgénèse et génomique pour une meilleure compréhension et utilisation de la résistance aux pathogènes chez le riz et le blé – CerealDefense
Chez le riz et le blé, les maladies ont longtemps été un problème et deviennent un enjeu majeur. La résistance aux stress biotiques est un caractère majeur qui nécessite des améliorations dans l’objectif de réduire les intrants dans différents agro-systèmes majeurs. Bien que de nombreux gènes impliq
Epigénétique des animaux de rente : contribution de l'épigénétique dans l'expression phénotypique de caractères d'intérêt agronomique relevant de régulations polygéniques – EpigRAni
Le projet EpigRAni vise à caractériser la contribution de l'épigénétique à la variabilité phénotypique de caractères d’intérêt économique chez un mammifère d’élevage déjà hautement sélectionné, le bovin. L'épigénétique décrit la transmission des variations de structure de la chromatine qui régulent
Analyse à grande échelle des polymorphismes bovins affectant la régulation de gènes : un pas vers l'annotation fonctionnelle du génome bovin – Regulomix
La disponibilité de la séquence génomique de plusieurs espèces ainsi que d'un très grand nombre de polymorphismes, rend désormais des études pan-génomiques possibles. Les bases de données publiques renferment plusieurs millions de polymorphismes, qui dans leur majorité n'ont aucune conséquence phéno
Analyse transcriptomique et caractérisation fonctionnelle de cellules souches pluripotentes de lapin pour la fabrication de nouveaux modèles animaux – PLURABBIT
Le projet PLURABBIT a pour objectif principal de développer de nouveaux outils moléculaires et cellulaires permettant d'explorer les mécanismes de la régulation de la pluripotence chez les mammifères. Les objectifs spécifiques sont: (i) la création de lignées de cellules souches pluripotentes chez l
Réseaux géniques impliqués dans la différenciation ovarienne chez la chèvre et la souris – GENIDOV
Le projet GENIDOV est la suite du projet TEGOD. Au cours du contrat TEGOD, nous avons montré que la différentiation ovarienne est gouvernée par 2 gènes clés, FOXL2 et RSPO1, impliqués dans 2 voies moléculaires distinctes. En effet, la perte de fonction d'un de ces 2 gènes entraîne la différentiation
Recherche de QTL par marquage SNP pour des caractères de comportement social et de production chez l’oiseau – SNP-BB
Prendre en compte le bien-être des animaux en élevage avicole implique d’améliorer les méthodes de production, mais également de choisir des individus capables de s’adapter au mieux aux conditions de production. Ainsi, l’origine génétique des animaux peut influencer leur comportement social, or celu
RECHERCHE DES GENES EN CAUSE DANS LA CAPACITE DE DIGESTION ET LA PRODUCTION DE REJETS DES POULETS DE CHAIR – CHIEF
La production avicole a été très largement critique pour son impact négatif sur l’environnement, en partie à cause de la forte concentration des exploitations avicoles dans quelques régions. Cela a amené l’Europe à voter des directives limitant les quantités d’azote ou de phosphore à épandre. Les so
Mécanismes moléculaires impliqués dans la maturation du cartilage et la prédisposition à l'ostéochondrose chez le cheval – BIOCART 2
Le squelette est un composant essentiel de la conformation, caractère pris en compte depuis longtemps dans les schémas de sélection. Par ailleurs, plusieurs pathologies squelettiques affectent les principales espèces d'élevage. Nous proposons un programme de recherche novateur afin d'identifier les
Approche intégrée de la maturité des porcelets – PORCINET
-Le second modèle s’adresse à la production de foie gras chez le canard mulard, pour lequel l’exploitation de tels phénomènes, s’ils sont démontrés, pourrait conduire à la réduction du temps de gavage, intéressante dans un contexte qui vise à améliorer le bien-être animal.
Analyse Epigénétique chez les Oiseaux – EpiBird
Des études chez l'homme et l'animal révèlent qu'en plus de l'information génétique portée par l'ADN, l'information épigénétique peut être transmise entre générations et influencer l'expression des gènes chez les descendants de parents ayant acquis des marques épigénétiques particulières. Ces dernièr
Polymorphismes de régulation et déterminisme d'expression génique différentielle chez Dicentrarchus labrax, téléostéen marin d'interêt aquicole – RegulBASS
Le loup (ou bar; Dicentrarchus labrax) est une des principales espèces cibles de l'aquaculture et de la pêche en Europe. Il est désormais possible de s'intéresser à cette espèce d'intérêt économique à travers des études génomiques, ceci afin d'identifier les mécanismes génétiques et physiologiques q
Méthodes statistiques pour la dissection de la variabilité des caractères à l’aide de puces SNP – Rules&Tools
Le projet Rules&Tools a pour objectif l’amélioration des méthodes statistiques et des outils informatiques pour la dissection de la variabilité génétique des caractères quantitatifs chez les animaux de ferme à l’aide de puces SNP. Les questions qui seront traitées sont relatives (i) aux modèles de
Séquençage du génome de la truite arc-en-ciel par l’utilisation des nouvelles techniques de séquençage à ultra haut débit. – GENOTROUT
De part son importance majeure pour l’aquaculture et la pêche sportive et récréative, la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss est très répandue dans le monde. Elle est également l’un des modèles poissons les mieux étudiés dans des disciplines biomédicales aussi diverses que la recherche sur le can
Génomique fonctionnelle de la biosynthèse des arômes dans la baie de raisin – VITAROMA
Les arômes constituent un caractère déterminant de la qualité du vin et jouent un rôle majeur dans les impressions ressenties lors de la dégustation. Les arômes du vin sont dus à un mélange complexe de nombreuses molécules volatiles, dont certaines sont présentes dans la baie de raisin et d'autres s
Identification de l'ensemble des évènements méiotiques au cours d'une méiose d'Arabidopsis thaliana – SingleMeiosis
Le but de ce projet est d'améliorer notre compréhension des contraintes sur la localisation des évènements de recombinaison méiotique, en utilisant la plante modèle Arabidopsis thaliana. La méiose à une place particulière en biologie car elle conduit à la formation de cellules haploïdes indispensabl
Séquençage complet du génome hautement dupliqué et polyploïde récent du colza (Brassica napus) – SEQ-POLYNAP
Le genre Brassica regroupe de nombreuses espèces d’intérêt économique, ayant un large spectre d’utilisation alimentaire (légumes, oléagineux, condiments, etc…) et non alimentaire (biofuels, lipochimie…). Ces espèces ont évolué par des événements de polyploïdisation successifs et récurrents. Parmi le
Phénotypage et TILLinG de Mutants EMS de Lin – PT-Flax
Le lin est une espèce annuelle cultivée en conditions de climat tempéré pour la production de fibres riches en cellulose et de graines à huile. L’utilisation des fibres, traditionnellement destinées à l’industrie textile est en constante augmentation dans la fabrication d’agrocomposites pour les sec
Amélioration de l'efficacité d'utilisation de l'azote chez le maïs par validation fonctionnelle de gènes candidats – NUE-MAIZE
Le concept du projet NUE MAIS est de relier relie la fonction de gènes à haut potentiel agronomique en vue de sélectionner des variétés de maïs adaptées à une fertilisation azotée réduite. Améliorer l'efficacité de l'utilisation d'azote chez le maïs, l'une des principales plantes cultivées en France
Valorisation des ressources génétiques et génomiques de la Tomate pour l'amélioration de la qualité des fruits – MAGIC-Tom
Les technologies de séquençage à haut débit offrent de nouvelles possibilités pour la recherche de SNP comme pour l’analyse de l’expression des génomes. Chez la tomate, espèce d’intérêt économique majeur et modèle pour les fruits charnus, plus de 200 000 EST ont été séquencés et la partie euchromati
Génomique et transcriptomique des populations pour l'identification de gènes contrôlant la variation du mode reproducteur chez le puceron du pois – GW-Aphid
Les plantes sont soumises à des stress biotiques dus à des attaques par des pathogènes et parasites. Des stratégies durables de protection des plantes doivent être mises en œuvre pour contrôler les populations des ravageurs des cultures, tout en protégeant l’environnement. Un des points essentiels à
Interactions plantes / virus : identification des facteurs de l'hôte impliqués dans la réplication virale – Vit-Sec
Comme d'autres cultures importantes, la vigne est et sera de plus en plus confrontée aux effets du changement climatique. Les vignobles n'étant pour la plupart pas irrigués en France et en Europe, le risque majeur est représenté par la répétition et la succession d'épisodes de sécheresse. En raison