GENOM-BTV - Génomique et biotechnologies végétales

Utilisation de la séquence génomique, de la génétique d'association et de NILs pour accélérer la caractérisation de QTL sur le chromosome 3B du blé – GAIN-SPEED

Résumé de soumission

Depuis une quinzaine d'années la sélection végétale utilise de façon croissante les outils de génétique moléculaire, et particulièrement les approches QTL (Quantitative Trait Loci) et la Sélection Assistée par Marqueurs (SAM). La difficulté rencontrée pour identifier les gènes d'intérêt et les méthodologies fastidieuses à mettre en oeuvre ont longtemps freiné la progression des travaux. Aujourd'hui le nombre de QTL clonés reste assez faible. Le projet GAIN-SPEED vise à démontrer et à mettre en application chez le blé une stratégie originale pour accélérer le clonage de QTL ; pour ce faire, nous exploiterons des données génomiques -et en particulier la première séquence (non définitive) disponible du chromosome 3B, des technologies de décomplexification par capture sur puce et de séquençage nouvelle génération , ainsi que des méthodes de génétique d'association. GAIN-SPEED est proposé aux côtés du projet compagnon "3Bseq", également soumis à l'appel à projets "Programme de recherche en génomique et biotechnologies végétales" édition 2009, dont l'objectif est de créer une séquence génomique entièrement annotée pour le plus long des chromosomes du blé tendre ancrés sur les cartes génétiques : le chromosome 3B. GAIN-SPEED développera, à partir de la séquence disponible, des marqueurs moléculaires dans des régions ciblées, de façon à accélérer le processus de SAM. La mise au point de ces marqueurs s'appuiera sur la technologie Nimblegen Sequence Capture, qui permet en une seule manip un séquençage ciblé de milliers de fragments jusqu'à 5 Mb (exons ou régions génomiques contigües). De nombreux marqueurs SNP seront ainsi développés dans des régions riches en gènes, dont certains peuvent être liés à nos caractères d'intérêt. Ces marqueurs serviront au génotypage d'un panel d'association sur une plateforme de pointe ; nous sélectionnerons ainsi de façon plus fine les marqueurs associés à nos caractères d'intérêt et pourrons préciser la zone du QTL. Les SNP les plus associés seront utilisés pour screener des lignées recombinantes, et le matériel nécessaire pour du fine mapping sera alors développé. L'objectif du project n'est pas de cloner un QTL par clonage positionnel, mais de poser les bases d'une stratégie de SAM plus rapide et plus efficace par le biais d'une cartographie fine de QTL, en associant les connaissances fondamentales issues du projet compagnon 3Bseq et les préoccupations industrielles.

Coordination du projet

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenaire

Aide de l'ANR 0 euros
Début et durée du projet scientifique : - 0 Mois

Liens utiles

Explorez notre base de projets financés

 

 

L’ANR met à disposition ses jeux de données sur les projets, cliquez ici pour en savoir plus.

Inscrivez-vous à notre newsletter
pour recevoir nos actualités
S'inscrire à notre newsletter