Séquençage complet du génome hautement dupliqué et polyploïde récent du colza (Brassica napus) – SEQ-POLYNAP

Le genre Brassica regroupe de nombreuses espèces d’intérêt économique, ayant un large spectre d’utilisation alimentaire (légumes, oléagineux, condiments, etc…) et non alimentaire (biofuels, lipochimie…). Ces espèces ont évolué par des événements de polyploïdisation successifs et récurrents. Parmi les Brassicas, le colza (B. napus) est une espèce oléagineuse économiquement très importante (13% de la production mondiale d’huile) et représente la troisième grande culture en France. Après le séquençage du génome, faiblement dupliqué, de la vigne, composé d’uniquement de trois ‘génomes-ancestraux’ (Jaillon et al. 2007), nous proposons le chalenge majeur de séquencer le génome ‘hautement dupliqué’ du colza, ayant accumulé 72 génomes ancestraux au cours de son évolution.Avec l’avantage d’un génome relativement petit (1150 Mb) ayant une faible teneur en éléments transposables (moins de 15%), et la ‘révolution des ‘nouvelles techniques de séquençage’, notre projet propose simplement le séquençage complet du génome du colza, utilisant les techniques de séquençage les plus avancées et les plus adéquates (Sanger, the 454-Titanium sequencers, Solexa-Illumina pair-end sequencing. Le ‘reséquençage’ d’autres génotypes de colza, le développement des SNPs ainsi que le génotypage haut-débit (plus de 10000 marqueurs), utilisant la technologie iSelect (Illumina) devrait assurer un ancrage dense des contig des séquences et aider à résoudre l’organisation complexe du génome hautement-dupliqué du colza. Ces deux tâches importantes se feront en parallèle au développement des outils et ressources adéquates en bioinformatique, annotation, bioanalyse, cartographie génétique et surtout intégration des données. Le séquençage complet du génome devrait permettre l’amélioration de cette espèce économiquement très importante et comprendre aussi les conséquences des événements de ‘polyploïdization’ récurrentes ainsi que les processus de ‘diploïdisation’ qui ont suivi. Notre projet est intégré dans le consortium multinational des Brassica et répond à l’axe 2 de l’ANR-Génomique, sous-axe C: «Contribution française aux consortiums internationaux de séquençage des génomes». Le timing de ce projet et sa réalisation courant 2010 sont assez stratégiques et opportuns car ils permettront de redresser le positionnement français sur les recherches en génétique et génomique du colza et orienteront le consortium international sur le génome du colza, avec une position de ‘leadership’ française. Le projet rassemble des expertises complémentaires en génétique, génomique, agronomie, bioinformatique et modélisation, utilise les approches et méthodes les plus avancées, disponibles aux centres nationaux de séquençage (CNS) et du génotypage (CNG) et fédère des travaux d’équipes de différentes institutions en coordination avec des initiatives nationales et internationales.