Approches génomiques pour l?analyse de la biodiversité fonctionnelle des protistes océaniques de l?expédition Tara-Oceans. – PROMETHEUS

Tara-Oceans est la prochaine expédition scientifique de grande-envergure du voilier Tara : une navigation sur les eaux du globe unique en son genre, visant à mesurer les relations entre les changements climatiques et la biodiversité planctonique, et leur impact potentiel sur les sociétés humaines. Ce projet ambitieux est dirigé par une équipe internationale d?experts en océanographie, écologie, physique, microbiologie, génomique, et bioinformatique, qui s?engagent dans une exploration systémique de la complexité biologique du compartiment le plus réactif et proactif en terme de climat : le plancton de la zone photique de l?océan mondial. Le GENOSCOPE s?apprête à coordonner le volet « Genomics » de Tara-Oceans, le projet PROMETHEUS, ce projet pilote vise a (i) établir des nouveaux protocoles standards et robustes pour une exploration quantitative et profonde de la biodiversité des espèces et gènes présents dans les communautés planctoniques s ; (ii) construire une nouvelle base de données de référence pour les études en génomique des eucaryotes unicellulaires (protistes), ce qui permettra d’ancrer les metagénomes et metatranscriptomes séquencés dans Tara-Oceans. Les principaux résultats de PROMETHEUS seront (a) une suite de méthodes publiées pour l’extraction, les protocoles moléculaires, et le séquençage massif de l’ADN et ARN eucaryotique marin, (b) une stratégie bioinformatique robuste pour l’annotation et le traitement statistique des données metatranscriptomiques et metagénomiques, ainsi que des « Tags » génétiques marqueurs de biodiversité, (c) des séquences génomiques d’une vingtaine de nouveaux protistes marins appartenant à des taxons peu étudiés mais cruciaux pour l’écologie globale. Cette première phase de mise au point des protocoles sera basée sur des échantillons en provenance d’une station-pilote de Tara-Oceans en mer Méditerranée, ainsi que sur des cultures de protistes nano- et pico-planctoniques, uniques, et maintenus au sein de la Roscoff Culture Collection. Les protocoles optimaux seront finalement validés sur des échantillons en provenance de la station pilote Tara-Oceans, afin de démontrer leur efficacité tout en mesurant l’importance de la variabilité des mesures de biodiversité génétique et spécifique des protistes océaniques en fonction des variables physico-chimique de l’océan.