Séquençage du génome du caféier (Coffea canephora) – COFFEASEQ

L'objectif principal de ce projet est l'établissement d'une séquence de référence pour le caféier. Nous proposons de séquencer l'espèce Coffea canephora, qui produit le café Robusta, car c'est une espèce diploïde contrairement à C. arabica qui est un allopolyploîde récent.Nous avons choisi la souche DH200-94, un génotype haploïde doublé disponible à l'IRD. Ceci permettra de simplifier le séquençage en évitant les problèmes liés aux polymorphismes alléliques. La séquence sera établie à l'aide des Nouvelles technologies de Séquençage, avec un apport minimum de données provenant de la méthode de Sanger. Nous proposons également de séquencer massivement des ADN complémentaires pour aider l'annotation. Le génome annoté sera utilisé pour caratériser des gènes d'intérêt agronomique potentiel, ainsi qu'en génomique comparative des plantes.