Génomique et transcriptomique des populations pour l'identification de gènes contrôlant la variation du mode reproducteur chez le puceron du pois – GW-Aphid

Les plantes sont soumises à des stress biotiques dus à des attaques par des pathogènes et parasites. Des stratégies durables de protection des plantes doivent être mises en œuvre pour contrôler les populations des ravageurs des cultures, tout en protégeant l’environnement. Un des points essentiels à la réussite du contrôle des ravageurs et de comprendre les mécanismes impliqués dans leurs processus adaptatifs aux pressions anthropiques et environnementales. Les pucerons représentent les insectes ravageurs les plus importants dans les régions tempérées et continentales. Ces insectes se nourrissent de la sève phloémienne et provoquent des dégâts en prélevant les ressources nutritives des plantes et en provoquant des blessures sur les tissus aériens (feuilles, tiges…). En se nourrissant de plante en plante, les pucerons sont également des transmetteurs de virus qui circulent dans le phloème et qui sont responsables de maladies virales. Ces dégâts indirects sont responsables de fortes baisses de rendements. Le succès des pucerons comme ravageurs est directement lié, à leur capacité d’alterner de mode reproducteur entre une parthénogenèse asexuée vivipare et une reproduction sexuée ovipares. Ce projet vise à intégrer des approches de génomique des populations, de génétique quantitative (QTL) et de transcriptomique pour augmenter nos connaissances et notre vision intégrative de la variation du mode reproducteur chez le puceron du pois. Ce projet permettra de combler le vide de connaissance entre la plasticité phénotypique de ce trait d’histoire de vie (identification de programmes génétiques régulés lors du changement de phase) et le polymorphisme des populations (coexistence de lignées sexuées et asexuées au sein d’une même espèce). Ce projet se centre sur une espèce modèle – le puceron du pois- pour laquelle des données de génomique sont disponibles. Ce projet permettra également d’améliorer les analyses des approches de balayage de génome appliquées aux populations parthénogénétiques, et mettre en œuvre des techniques d’analyses transcriptomiques par RNA-seq.