Exploration du métatranscriptome eukaryote des sols une ressource biotechnologique – EUMETASOL

Une grande diversité de microorganismes eucaryotes (champignons, "protistes",?) colonisent les sols où ils jouent des rôles essentiels notamment en tant que décomposeurs efficaces des litières végétales. Ces microorganismes sont depuis longtemps une source importante de nombreuses enzymes utilisées dans différents secteurs industriels (agroalimentaire, textile, cosmétique, pharmacie,?). Nous proposons d'évaluer par une nouvelle approche à haut débit la diversité des enzymes produites par des communautés de microorganismes eucaryotes colonisant des sols soumis à des contraintes physico-chimiques variées (climat tempéré versus alpin versus méditéranéen). Afin de s'affranchir de la mise en culture des microorganismes dont beaucoup sont non-cultivables, leurs ARNm polyadénylés sont extraits directement des sols et convertis en ADNc. Cet ensemble d'ADNc, qui représente le métatranscriptome de la communauté microbienne sera soumis à un pyroséquençage direct en parallèle au séquençage des ADNr 18S permettant d'estimer la diversité taxonomique des communautés étudiées. Le développement d'outils bioinformatiques spécifiques adaptés à l'analyse des données de métatranscriptomique permettra d'évaluer les sols et les communautés microbiennes qui les colonisent en termes de potentiel biotechnologique. En perspective, les environnements les plus prometteurs pourront être criblés de façon plus approfondie par clonage ? séquençage des ADNc et la recherche de gènes fonctionnels par expression dans des hôtes microbiens.tempéré