Valorisation des ressources génétiques et génomiques de la Tomate pour l'amélioration de la qualité des fruits – MAGIC-Tom

Les technologies de séquençage à haut débit offrent de nouvelles possibilités pour la recherche de SNP comme pour l’analyse de l’expression des génomes. Chez la tomate, espèce d’intérêt économique majeur et modèle pour les fruits charnus, plus de 200 000 EST ont été séquencés et la partie euchromatique du génome est en cours de séquençage. Ces données offrent une base pour l’utilisation de techniques de type Genome Analyser que nous souhaitons utiliser. Le présent projet vise à développer les ressources nécessaires aux études de génétique d’associations et à la recherche de QTL dans une population multi-allélique chez la tomate.Cinq actions sont prévues : (1) recherche de SNP dans 8 lignées très divergentes, par séquençage systématique de fragments géniques répartis sur le génome par utilisation des technologies de séquençage à haut débit de type Genome Analyser (2) Analyse des différences d’expression génomique chez les mêmes 8 lignées, parentes de la population multi-allélique, et de 4 des F1 entre ces lignées. L’analyse sera réalisée au niveau du transcriptome par DGE et du protéome du fruit. (3) Développement d’un set de puces Illumina portant 1536 SNP (4) Création et caractérisation phénotypique et moléculaire (grâce au puces précédemment citées) d’une population multi-parentale (à partir des 8 lignées ci-dessus) issue d’intercroisements avancés (MAGIC) pour l’analyse exhaustive du génome, en complément de ressources génétiques disponibles déjà caractérisées. L’analyse phénotypique portera sur les caractères liés au rendement en fruits et à leur qualité sensorielle. (5) Hybridation sur les puces Illumina des collections de ressources génétiques caractérisées à l’UR GAFL et de la population MAGIC. L’ensemble de ces ressources permettra une analyse de QTL dans la population multi-allélique et la recherche d’associations entre SNP et caractères agronomiques. Confrontées aux données d’expression, ces ressources seront particulièrement utiles dans le futur pour la découverte de gènes d’intérêt. Ce projet de développement expérimental s’inscrit dans les sous axe B : Ressources, méthodes et outils en génomique structurale et fonctionnelle et A : Recherche en génomique fonctionnelle de traits d’intérêt.