Analyse Epigénétique chez les Oiseaux – EpiBird

Des études chez l'homme et l'animal révèlent qu'en plus de l'information génétique portée par l'ADN, l'information épigénétique peut être transmise entre générations et influencer l'expression des gènes chez les descendants de parents ayant acquis des marques épigénétiques particulières. Ces dernières peuvent entraîner une expression allèle-spécifique, comme c'est le cas dans le phénomène d'empreinte. Elles peuvent également être induites par des facteurs environnementaux, en réponse à un régime alimentaire particulier par exemple. Or, ces différentes marques peuvent intervenir sur l'expression de gènes impliqués dans de nombreux métabolismes et être responsables d'une part de la variabilité de caractères d'importance économique chez les animaux de rente. Aussi, mieux comprendre la régulation de l'expression des gènes par des modifications épigénétiques apporterait un nouvel éclairage dans le domaine de la sélection animale, là même où la plupart des caractères sont soumis à des variations phénotypiques continues, dont l'origine multifactorielle réduit la capacité à identifier les gènes sous-jacents. Ce projet s'intéresse aux manifestations épigénétiques observées dans trois espèces avicoles majeures (la poule, la caille et le canard), avec l'objectif de recueillir des données essentielles sur ces phénomènes chez l'oiseau, grâce à trois approches différentes: 1) l'identification des acteurs clés de ces phénomènes dans des cellules aviaires et leur caractérisation sur les plans moléculaire et fonctionnel. Cette première approche s'attache à décrire les acteurs épigénétiques présents chez le poulet, mais aussi à fournir l'identification fonctionnelle de certains de ces acteurs au cours du développement et de la croissance chez les oiseaux. En particulier, les modifications de profils d'expression et les effets physiologiques induits par des variations de niveau d'expression de ces acteurs seront étudiés en détails. 2) la caractérisation par séquençage du transcriptome embryonnaire pour étudier le profil d'expression des gènes à l'échelle du génome, observer l'expression allèle-spécifique, voire mettre en évidence un phénomène d'empreinte, s'il existe, chez le poulet. Cette deuxième approche vise à caractériser le transcriptome embryonnaire dans des croisements réciproques entre lignées génétiquement éloignées. Ces données devraient répondre à la question brûlante de l'existence controversée du phénomène d'empreinte chez la poule. Cette étude, permettant d'identifier l'origine allélique de chaque transcrit, va surtout fournir la première analyse globale du transcriptome à l'échelle du génome en fonction du sexe de l'embryon ou de la position chromosomique du gène. De nouvelles perspectives devraient ainsi être ouvertes dans le domaine de l'étude de la régulation de l'expression génique chez les oiseaux. 3) l'observation phénotypique de la transmission éventuelle de marques épigénétiques induites par des régimes alimentaires spécifiques. Cette troisième approche utilise deux modèles aviaires pour étudier la transmission au cours des générations de caractères phénotypiques induits par des régimes alimentaires spécifiques. aires pour étudier la transmission au cours des générations de caractères phénotypiques induits par des régimes alimentaires spécifiques. -L'un des modèles concerne le gène Agouti chez la caille beige qui semble être l'homologue aviaire du modèle Avy murin, très utilisé dans l'étude des phénomènes épigénétiques chez les mammifères. Chez ces derniers, des changements dans la nutrition d'une génération peuvent induire chez ses descendants des variations phénotypiques touchant divers métabolismes, liées à des modifications - transmissibles à la génération suivante - dans l'expression de certains gènes. -Le second modèle s'adresse à la production de foie gras chez le canard mulard, pour lequel l'exploitation de tels phénomènes, s'ils sont démontrés, pourrait conduire à la réduction du temps de gavage, intéressante dans un contexte qui vise à améliorer le bien-être animal. La complémentarité de ces trois approches permettra de proposer un schéma global de régulation épigénétique de l'expression des gènes chez les oiseaux, à ce jour trop peu étudiée.