Méthodes statistiques pour la dissection de la variabilité des caractères à l’aide de puces SNP – Rules&Tools

Le projet Rules&Tools a pour objectif l’amélioration des méthodes statistiques et des outils informatiques pour la dissection de la variabilité génétique des caractères quantitatifs chez les animaux de ferme à l’aide de puces SNP. Les questions qui seront traitées sont relatives (i) aux modèles de description des performances (e.g. intégration des informations pedigree dans la description du DL, prise en compte des effets d’epistasie) (ii) à des difficultés statistiques non résolues (e.g. distribution des statistiques de test dans des conditions asymptotiques ou non, élimination du bruit dans la recherche des signaux de présence de QTL) (iii) à l’efficacité relative des méthodes disponibles (i.e. puissance, robustesse, qualités des estimations des localisation et effets des QTL, rapidité de calcul) (iv) à la planification expérimentale (e.g. équilibre entre taille et nombre des familles dans les démarches LDLA). Le programme de travail comprend plusieurs tâches : Tâche 1 : Perfectionnement d’un logiciel de simulation de populations dans lesquelles un déséquilibre de liaison est créé par une histoire de mutation, sélection, dérive et croisement, et dont les dernières générations suivent un pedigree réel. Tâche 2 : Recherche d’alternative aux approches existantes (et complexes) du déséquilibre de liaison et du calcul des probabilités d’IBD ; prise en compte des informations pedigree sur les fondateurs du protocole expérimental quand elles sont disponibles. Tâche 3 : Contribution à la modélisation des effets d’épistasie dans le cas des cartes denses. Tâche 4 : Etablissement de règles de décision asymptotiques ou à distance finie pour le rejet de l’hypothèse d’absence de QTL dans l’analyse d’association. Tâche 5 : Actualisation de la comparaison des méthodes d’analyses de type association ou association liaison (LDLA) sur leur propriétés statistiques et calculatoires à l’aide de simulations et sur données réelles. Tâche 6 : Analyse des besoins, création d’outils et établissement de règles pour la planification des expériences visant à disséquer les caractères à l’aide de puces SNP. Tâche 7 : Valorisation des résultats du projet par l’enrichissement d’une plateforme logicielle et la tenue d’une école chercheur. Le travail combinera développements statistiques, simulations et analyses de données. Il sera fondé sur la mise à disposition de logiciels disponibles et de bases de données qui sont le fruit d’expérimentations passées ou en court dans les espèces majeures d’animaux de ferme. Outre la valorisation académique des résultats, une place importante sera donnée au développement logiciel pour faciliter le transfert technologique ainsi qu’à l’émergence d’une expertise collective qui sera au service des nombreux programmes de génomique structurale à venir en France. Vingt et une personnes seront impliqués dans ce programme, dont 15 permanents, pour un total de 186 « homme – mois ». Les groupes impliqués sont essentiellement des laboratoires INRA mais aussi ses partenaires de l’UNCEIA et de l’Institut de l’Elevage.