Projets financés

RADIO-AIDE est un projet multidisciplinaire qui vise à développer des modèles spatio-temporels avancés et de nouveaux outils d'intelligence artificielle pour traiter des données d’IRM du cerveau afin de : a) générer de nouvelles connaissances concernant les mécanismes neurotoxiques impliqués dans l'

L'évolution dirigée est aujourd'hui l'approche la plus efficace pour concevoir des enzymes aux propriétés nouvelles ou améliorées. Cette méthode expérimentale soumet une séquence candidate à des cycles de diversification et de sélection qui imitent le processus d'évolution naturel. En pratique, cepe

FFAST propose une stratégie innovante de phénotypage assistée par modèle pour caractériser le fonctionnement des génotypes de blé. La plupart des travaux existants autour du phénotypage sont orientés vers l’utilisation des observations des traits structuraux (surface foliaire, hauteur, etc.) pour ét

Les photogranules oxygénés (OPGs) peuvent permettre d’intégrer le traitement des eaux usées dans la bioéconomie circulaire en captant une grande partie de leur valeur énergétique et chimique. Mais des connaissances essentielles sur leur cycle de vie manquent encore. Les omiques (en particulier la mé

Plusieurs traitements des maladies cardiovasculaires impliquent des valves cardiaques artificielles, des dispositifs d’assistance ventriculaire, des grafts ou des stents, qui sont tous des dispositifs médicaux en contact avec le sang. L’hémocompatibilité des dispositifs médicaux est actuellement le

La structures des molécules d'ARN et ses complexes sont essentiels pour comprendre leur biologie. Leur centralité est frappante chez les virus à ARN simple-brin (Influenza, HIV, Chikungunya, SARS-CoV2...), où l'ARN constitue le matériel génomique. De grande taille, ces ARN sortent du champs d'applic

L’ablation par radiofréquence des tumeurs hépatiques est devenue la procédure privilégiée pour de nombreux patients. Toutefois, malgré leur nombreux avantage, ces procédures percutanées nécessitent des compétences avancées de la part du praticien, en particulier pour les interventions impliquant des

Les organoides sont une technologie récente très prometteuse pour de nombreuses applications médicales (caractérisation de l'effet de certaines molécules, choix d'un traitement). Des outils numériques d'analyse d'images et de modélisation sont maintenant nécessaires pour tirer pleinement parti de ce

Renouvelé constamment à grande échelle, l’épithélium intestinal est l’un des tissus les plus sollicités et sensibles. L’homéostasie de ce tissu repose sur un contrôle fin de la prolifération et de la migration cellulaire qui se produisent surtout dans les cryptes intestinales. Par manque d’accessibi

La tomographie par émission monophotonique (TEMP) est une technique d’imagerie 3D d’un traceur radioactif administré au patient pour suivre certaines fonctions biologiques. La TEMP reste principalement un outil de diagnostique mais son utilisation est croissante pour les procédures thérapeutiques pa

La modélisation mathématique et numérique nous permet d'intégrer des processus biologiques à différentes échelles: cellulaire, assemblage cellulaire, et tissulaire. Le projet S-keloid vise à modéliser le rôle de facteurs mécaniques et inflammatoires environnant les cellules, et les interfaces entre

Les études d'association pangénomique (GWAS) n'expliquent qu'une partie de la variation phénotypique héritable. Une des raisons clés en est que les GWAS ont largement négligé jusqu’à ce jour les séquences d'éléments transposables (ET), malgré leur prévalence et leurs effets souvent considérables sur

Nous proposons une étude combinée computationnelle et expérimentale des mécanismes moléculaires par lesquels les protéines de réparation identifient les dommages à l'ADN dans la chromatine. Les processus de réparation de l'ADN (DDR) sont étroitement réglementés parmi plusieurs voies adaptées pour ch

Dans les maladies chroniques telles que les maladies cardiométaboliques (CMD), l'utilisation du microbiote intestinal comme biomarqueur ou nouvelle source de traitement potentiel est suggérée. En tant que "super intégrateur" de l'état du patient, la métagénomique est appelée à jouer un rôle clé dans

Les avancées récentes en matière d'algorithmes d'apprentissage par renforcement profond (DRL) ont permis l'essor des réseaux de neurones profonds (DNN), des outils puissants, capables d'extraire du volume toujours croissant de données générées à des fins de recherche et d'ingénierie des informations

L'auto-assemblage d'organismes biologiques est fascinant car, sans force extérieure au système, il produit des systèmes vivants robustes, résilients et adaptatifs. Ceci est particulièrement vrai pour le cnidaire Hydra vulgaris, un petit polype transparent avec des propriétés régénératrices uniques.

Il y a aujourd’hui une prise de conscience croissante des problèmes de reproductibilité dans de nombreux domaines scientifiques. Dans une étude récente, l'analyse d'un même jeu de données en neuro-imagerie par 70 équipes indépendantes révèle une variabilité substantielle entre les résultats rapporté

Bien que la pléiotropie, qui se produit lorsqu'un élément génétique a un effet causal sur au moins deux traits, est suspectée de jouer un rôle central dans l’architecture génétique des caractères et maladies complexes, c’est un phénomène mal compris. Ici, nous réexaminons des concepts connus de géné

Les maladies des petits vaisseaux (MPV) sont responsables de 25% des accidents vasculaires cérébraux (AVC) et sont la seconde cause de démence après la maladie d’Alzheimer. Contrairement aux autres causes d'AVC, les MPV se manifestent des années avant l'AVC par l'accumulation de lésions tissulaires.

Alors que le rôle premier du métabolisme est la conversion chimique, peut-il aussi servir de dispositif de traitement de l'information ? Pour répondre à cette question, nous proposons d’encoder divers modèles métaboliques microbiens en réseaux métaboliques artificiels (AMNs), qui peuvent être entrai

Les interactions protéine-sucre (PS) jouent un rôle clé dans divers processus biologiques. En particulier, le paludisme placentaire (PP) est lié à l'adhésion pathologique des érythrocytes infectés (EI) aux cellules placentaires par des interactions PS. Les approches expérimentales pour l’analyse de

Le diabète de type 2 (DT2) est la principale épidémie de ce siècle. Une hypothèse récente de la recherche médicale est qu'une cause importante du diabète de type 2 pourrait être liée la régulation anormale de l'absorption du glucose dans l'intestin grêle. L'objectif de ce projet est d'étudier la

Le système digestif met en jeu de nombreux phénomènes biologiques, chimiques et physiques afin d’assurer l’absorption des nutriments venant de notre alimentation. Grâce à certains sites de la muqueuse intestinale, c’est aussi une porte d’entrée vers notre système immunitaire. Cette spécificité perme

La géométrie du cortex cérébral est liée à son organisation cellulaire, connective et fonctionnelle. Cette relation s'établit au cours du développement, quand le cortex se plie selon des patterns stéréotypés. Ces patterns sont supposés refléter des patterns d'expression génétique. Mais comment disti

Les médicaments agissent principalement en interagissant avec une biomolécule cible. La découverte de médicaments peut bénéficier du criblage virtuel qui évalue des millions de molécules, notamment grâce à l'utilisation d'un pharmacophore 3D. Celui-ci reprend les propriétés physicochimiques nécessai

NEMO propose de développer des méthodes numériques pour contrôler un micro-nageur dans les artères du corps humain. Ces robots pourraient délivrer des doses ciblées de médicaments agissant sur les cellules cancéreuses avant qu'elles ne forment de nouvelles tumeurs, évitant ainsi les métastases et

Les données de séquençage de troisième génération ont radicalement changé la bioinformatique des séquences. Grâce à leur longueur, la plupart des répétitions génomiques ne sont plus un problème et nous sommes aujourd'hui capables d'obtenir des fragments de génomes proches de l'échelle chromosomique.

L'ADN génomique des eucaryotes est fortement condensé au sein d'un complexe nucleo-protéique, la chromatine. L'activité des génomes est en partie contrôlée par différents types d'états chromatiniens caractérisés par des propriétés biochimiques spécifiques comme les modifications covalentes des histo

L'objectif du projet est de caractériser expérimentalement, analyser, modéliser et simuler la dynamique multi-échelle de réseaux aléatoires branchants complexes et en croissance. Seront utilisés et développés à la fois des moyens analytiques et numériques et des réalisations expérimentales. Dans un

Malgré la grande quantité de données disponibles, les principes biophysiques régissant l'interdépendance entre la croissance cellulaire, l'expression génique et l'allocation des ressources cellulaires restent encore inexpliqués. Ce projet vise à comprendre la régulation de la complexe économie ce

La thrombose de valves est un phénomène de découverte récente dont on peut suspecter que les modifications de l’hémodynamique locale après TAVR soient un facteur favorisant. Aucune étude indépendante n’est actuellement publiée sur cette question en fonction de l’anatomie du patient, et du type et de

L’intelligence artificielle et son succès actuel dans une variété de domaines apporte également une influence considérable dans le domaine médical. De nos jours, de nombreux algorithmes introduisent des solutions performantes, aidant les médecins dans leur pratique quotidienne. L’objectif de ce proj

Le cancer du foie est le sixième cancer le plus répandu mais le deuxième le plus mortel chez l'homme. Certains peuvent être traités par radiothérapie interne sélective (SIRT) qui consiste à injecter de manière sélective dans l'arbre artériel hépatique des billes marquées à l'yttrium 90. Le projet vi

Les pathologies cardiaques sont souvent caractérisées par une variation de raideur du myocarde. Cette raideur est une propriété intrinsèque des tissus mous qui reflète donc l'état pathologique. Cependant, les outils d'imagerie clinique actuels tels que l'échocardiographie ou l'IRM ne peuvent pas l'é

Le mouvement collectif dans le vivant est un phénomène d’auto-organisation d’un grand nombre d’individus observé dans la nature de l’échelle micrométrique (bactéries, plancton) aux mètres (oiseaux) voire kilomètres (banc de sardines). Cette organisation à une échelle bien plus grande que chaque indi

Face aux capacités multiples d’évolution des agents pathogènes, l’efficacité à long terme des antimicrobiens est un problème majeur de santé publique. Définir des stratégies durables de gestion de cette efficacité, en temps et en espace, doit: (i) intégrer le caractère continue du niveau de résistan

La quiescence des cellules souches est un état dynamique, composé de sous-états transitoires. En utilisant les cellules souches neurales (CSNs) du cerveau adulte du poisson zébré, nous combinerons scRNAseq, analyses « molécule unique » d’expression de gènes et mesures temporelles pour identifier le

Les technologies à haut-débit génèrent une quantité phénoménale de données biologiques. Ces données offrent des opportunités sans précédent pour mieux comprendre les systèmes biologiques ainsi que leurs dérégulations pathologiques, mais suscitent également des défis informatiques considérables. Un d