Décrypter les interactions entre protéines et sucres à l'aide d'approches d'apprentissage automatique: application à la protéine clé de la maladie du paludisme placentaire – SugarPred

Les interactions protéine-sucre (PS) jouent un rôle clé dans divers processus biologiques. En particulier, le paludisme placentaire (PP) est lié à l'adhésion pathologique des érythrocytes infectés (EI) aux cellules placentaires par des interactions PS. Les approches expérimentales pour l’analyse des interfaces PS restent aujourd’hui complexes. Le projet SugarPred permettrait de prédire les sites de liaison des sucres à partir de la structure et/ou de la séquence protéique en utilisant les plus récentes approches d'apprentissage automatique en se basant sur les données structurales disponibles. Nous appliquerons les outils développés à la protéine clé VAR2CSA qui est responsable de l'adhésion pathologique des EI pendant le PP, et validerons nos prédictions expérimentalement. Cette approche interdisciplinaire permettra d'identifier les résidus clé de VAR2CSA et contribuera à l'amélioration des vaccins anti-PP. L'ensemble des méthodes d'apprentissage automatique pour la prédiction des sites de liaison des sucres sera mis à la disposition de la communauté scientifique.