Projets financés
Les champignons mycorhiziens arbusculaires comme régulateurs potentiels de l'impact du changement climatique sur le métabolome des plantes médicinales et aromatiques. – ACliMAP
Le changement climatique va menacer les écosystèmes dont les humains dépendent pour se soigner. Ce phénomène sera fortement prononcé pour les populations des pays en développement qui utilisent en première intention les plantes médicinales et aromatiques (PAM). Au cours de la dernière décennie, plus
Construction de châssis bactériens pour la production hétérologue de lipopeptides – HETEROCLIPS
Les lipopeptides cycliques (CLiPs) sont des métabolites secondaires microbiens présentant une large biodiversité structurale qui leur confère une multitude d’activités biologiques exploitables dans divers secteurs tels que la santé humaine et animale (antibiotiques, antiviraux) ou la santé des plant
Elucider le rôle de l'heme ci dans les complexes cytochrome b6f photosynthétiques: un élément clé à l'intersection entre transfert d'électrons et processus de régulation – HemeMotion
Faire avancer les connaissances en bioénergétique est la clé pour identifier les possibilités d'amélioration des enzymes impliquées dans la photosynthèse. Nous proposons ici d'élucider le rôle d'un cofacteur présent dans le complexe chloroplastique cytochrome b6f qui est absent dans le complexe mito
Un cadre pour tirer parti des résultats de génomique comparée issus du séquençage de populations expérimentales afin d'améliorer la durabilité de l'élevage – FeedSeq
La diminution des coûts de la génomique haut-débit rend possible leur utilisation pour l’amélioration de caractères complexes et coûteux à enregistrer comme l’efficacité alimentaire, levier majeur de la durabilité des élevages. Pour ces caractères, les données sont surtout obtenues dans des disposit
Les échanges entre homéologues comme moteur d'innovation chez le colza – EDIn
Les variations structurales sont une source majeure de diversité génétique et un matériau important pour la sélection, notamment pour l’adaptation des espèces. Comprendre les relations entre variants structuraux et innovations fonctionnelles représente ainsi une question majeure en biologie évolutiv
Libération de la répression médiée par Polycomb à la chromatine : Etude structure-fonction d'un commutateur essentiel des gènes développementaux chez les plantes – ChromSwitch
Le port sessile des plantes contraint leur développement et leur croissance à l'environnement. Cela nécessite une grande adaptabilité des réseaux de gènes qui construisent l'architecture des plantes selon une organogenèse continue. La régulation spatio-temporelle précise des gènes du développement i
Écologique Chimique des scarabées Cyclocephalini – CHEMOCYCLO
Écologie Chimique des scarabées Cyclocephalini [CHEMOCYCLO] Les scarabées Cyclocephalini (Melolonthidae, Dynastinae) représentent un groupe majeur de pollinisateurs néotropicaux (> 500 spp.) pour environ 900 espèces d’Angiospermes appartenant à au moins 7 familles. Malgré leur rôle primordial de
Programmation gestationnelle des comportements médiés par l’olfaction suite à un enrichissement olfactif – HAPPYSMELLING
Chez les animaux en captivité, de production ou pas, les conditions d'hébergement sont souvent appauvries et monotones, elles limitent l'expression des comportements naturels, altèrent divers indicateurs de bien-être et marqueurs de santé et accroissent la préoccupation du public pour le bien-être a
Décortiquer le role des CRK dans la résistance du blé à Zymoseptoria tritici – WITT
Les récepteurs à activité kinase représentent la plus grande famille de gènes impliquée dans la résistance des plantes aux bio-agresseurs. Nous avons récemment cloné Stb16q, le premier récepteur à activité kinase riche en cystéines qui confère, chez les monocotylédones, une résistance à un champigno
Identification des cibles et de la régulation de la voie ppGpp chez les plantes. – TARGET_G4P
Les chloroplastes sont au centre de la perception et de la régulation du stress chez les plantes. Grâce aux travaux récents de notre laboratoire et d'autres laboratoires, les nucléotides guanosine pentaphosphate et tétraphosphate hyperphosphorylés (ppGpp ou G4P) apparaissent comme une voie de signal
Photosynthèse versus lumière : Structure-fonction du photosystème II endommagé – PSIIvsLight
La lumière est le substrat de la photosynthèse, permettant la fixation du CO2 de l'atmosphère, mais elle endommage également l'appareil photosynthétique. Le photosystème II (PSII) est la principale victime de cet endommagement dans un processus appelé la photoinhibition. Bien qu'étant un facteur lim
Reponse des plantes à des stress thermiques récurrents – RICOCHETS
Les données de production agricole combinées aux projections climatiques futures permettent d'estimer comment la production, y compris le rendement et la qualité de la récolte, sera affectée par les changements globaux. Cependant, ces tendances sont établies à partir de relations entre les condition
Mécanismes moléculaires de l'assemblage et du transfert de clusters fer-soufre par la machinerie SUF – MASTIC
Les centres fer-soufre (Fe-S) sont présents dans de nombreuses protéines essentielles. Ils sont synthétisés sur des complexes d'échafaudage par apport de fer, de soufre et d'électrons, avant transfert vers des protéines acceptrices. Le projet MASTIC vise à définir les mécanismes moléculaires et stru
Décrypter les rôles du métabolisme Halogéné dans une algue brune modèle par des approches de génomique fonctionnelle – HaloGene
Le métabolisme halogéné jouerait un rôle essentiel dans la biologie des macroalgues, mais les voies de biosynthèse spécifiques, la biochimie des enzymes impliquées et les fonctions in vivo sont mal connues. Le projet HaloGene vise à étudier les fonctions biologiques des enzymes clés de l’halogénatio
Décryptage du CODE de régulation de l'expression des gènes lors de l'ENDoréduplication chez la TOMate – TomENDCODE
La polyploïdie somatique est un processus commun aux eucaryotes multicellulaires entraînant la multiplication du génome qui est souvent associé à l’expansion cellulaire dans les organes en croissance, comme le fruit de tomate. Pendant l’endoréduplication, la conformation et l’état de la chromatine,
Dynamique de l'architecture du génome de Sinorhizobium meliloti au cours de la différenciation symbiotique – SymGeAr
Le projet Sym-GeAr s’appuie sur nos recherches actuelles sur la symbiose des plantes légumineuses avec des bactéries Rhizobium. Celles-ci ont démontré que les bactéries endosymbiotiques (bactéroïdes) sont soumises chez certaines légumineuses à un programme de différentiation terminale consistant en
Etude de l'embryogenèse somatique, un effort clé pour accélérer la biotech verte – SomaGreen
Au cours de l'embryogenèse somatique (ES), des cellules différenciées se divisent et forment des structures embryonnaires, sans fécondation. Des fonctions impliquées ont été identifiées dans des cultures de tissus végétaux, mais elles sont mal caractérisées au niveau moléculaire, et la chaîne causal
Rôle des variants d'histones et de leurs modifications dans la réorganisation de la chromatine et la reprogrammation transcriptionnelle lors de la germination – SeedChrom
Les graines sont essentielles pour l'alimentation humaine, la dispersion des plantes et la conservation des espèces. Métaboliquement inerte, la graine sèche subit une reprogrammation importante de l'expression génique et de l'organisation chromatinienne au cours de la germination. Les nucléosomes co
L'holobionte intestinal : la clé pour optimiser l'utilisation des glucides chez les truites nourries avec des régimes 100% végétaux – HOLOFISH
Afin d’améliorer la durabilité de l'aquaculture, les poissons carnivores tels que la truite arc-en-ciel doivent changer leur « menu » et passer d'un régime à base de poisson à un régime sans poisson notamment à base de régimes végétaux. Cependant, les performances de croissance des truites nourries
Déchiffrage de la structure atomique et des fonctions des protéines HCF101 par une approche biologique intégrative ciblant deux orthologues divergents sur le plan évolutif – HCFforLIFE
Les centres fer-soufre (Fe-S) sont des cofacteurs universels au sien de protéines de diverses familles, la plupart assurant des fonctions biologiques essentielles. La livraison de Fe-S aux apoprotéines clientes est assurée par des machineries complexes impliquant quelques dizaines de protéines trans
Dynamique de l'épitranscriptome des tRNA: Conséquences phénotypiques et moléculaires sur le développement des plantes et leur réponse aux stress – Epi-tRNA
Le changement climatique est une réalité, impactant dès aujourd'hui notre capacité à assurer la sécurité alimentaire mondiale. Une reprogrammation efficace de l'expression des gènes en réponse à des signaux internes ou externes est essentielle au bon développement des plantes et à leur acclimatation
Caractériser le dialogue précoce entre les plantes hôtes et les OOmycètes pathogènes: approches biologiques et physiques – COOL
Réduire l’impact environnemental des traitements chimiques et maitriser les épidémies constituent un double impératif de l’agriculture moderne. Dans le sol, la maladie d’une plante débute par l’interaction entre les cellules racinaires et un agent pathogène. Un dialogue moléculaire s’établit et cond
Efflorescences de microalgues toxiques (HAB) : une menace pour la durabilité des bivalves commercialement exploités? – HABIS
Les proliférations de microalgues nuisibles et toxiques ou HAB (Harmful algal blooms) sont de plus en plus fréquentes et intenses à l’échelle du globe. Ces HAB sont désormais considérés comme une préoccupation environnementale, sociétale et économique majeure pour la durabilité des écosystèmes marin
TRACER L'EVOLUTION D'UNE COURSE AUX ARMEMENTS ENTRE PATHOGÈNE ET HÔTE POUR PRÉDIRE LA DURABILITÉ DE LA RÉSISTANCE SUR LE RIZ – PHRACE
Les bactéries de l’espèce Xanthomonas oryzae causent des maladies sur le riz grâce à des protéines type TAL (Transcription Activator-Like) qui induisent l’expression de gènes de sensibilité de la plante. En empêchant la bactérie de manipuler ces gènes de sensibilité, il a été possible de développer
Prospérer à la lumière du soleil : une approche de biologie structurale pour évaluer la dynamique de l'intéractome du photosystème II. – PHOTO_DYN
Le photosystème II (PSII), un complexe photosynthétique membranaire, est l'élément clé de la conversion de l'énergie solaire en composés organiques. Dans un contexte où les conditions environnementales évoluent constamment pour envisager des applications biotechnologiques via des organismes photosyn
Déchiffrer les mécanismes génétiques et épigénétiques de l’adaptation bactérienne à des changements de mode de vie le long du continuum pathogénicité-mutualisme – LIFEPATH
Parallèlement à l'évolution des animaux et des plantes, les bactéries ont acquis la capacité d'interagir intimement avec les cellules eucaryotes. Ces associations forment un continuum dynamique allant de la pathogénicité au mutualisme, le long duquel les bactéries peuvent rapidement évoluer et chang
Exploiter la diversité génomique pour l'amélioration de la résistance aux maladies chez les légumineuses – EGERI
Les gènes de résistance aux maladies de type NLR forment l’une des plus grandes et diversifiées familles multigéniques chez les plantes. Malgré son importance pour une agriculture durable, la diversité intra-spécifique des NLR reste très mal connue. Les « receptor-like proteins » (RLP) et les « rece
Rôle de la chromatine dans la régulation de la variabilité transcriptionnelle chez les plantes – ChromaVari
Une question fondamentale en biologie est comment un phénotype est obtenu à partir d’une génotype. Nous avons maintenant une bonne connaissance du rôle des régulations transcriptionelles pour obtenir un phénotype. Cependant une observation important n’est toujours pas comprise : plusieurs phénotypes
BIOstimulants et GlycoMOLECULEs: role et outils pour la biostimulation des plantes. – BIOMOLECULE
Dans le contexte actuel de changements climatiques, sachant que plus de 50% des pertes de la production agricole sont dues aux stress abiotiques et que les produits phytosanitaires sont de plus en plus décriés, il y a un besoin crucial de trouver des solutions pour une agriculture raisonnée et produ
Conséquences fonctionnelles et évolutives de l'hétérogénéité phénotypique dans la production de capsule – BETinCAP
Les capsules polysaccharidiques extracellulaires sont un facteur de virulence de nombreuses bactéries, qui façonne également le flux génétique et, par conséquent, l'évolution des espèces. Ce projet découle de notre observation inédite que les bactéries d'une population clonale ne produisent pas la m
Exploration des capacités de priming immunitaire chez l'huître pour prévenir le syndrome de mortalité de l'huître du Pacifique – PRIMOYSTER
L’utilisation de méthode d’immunisation à long terme a longtemps été considérée comme impossible chez les invertébrés en raison de l'absence d'un système immunitaire adaptatif semblable à celui des vertébrés. Cependant, ces 10 dernières années, les recherches ont montré que l’immunité innée pouvait
Hétérogénéité phénotypique et adaptation à l'hôte pendant la phase stationnaire chez les Firmicutes pathogènes sporulants – PHHASt
Les bactéries pathogènes doivent constamment s'adapter à des changements environnementaux lors de l'infection. Nos résultats montrent que la bactérie entomopathogène Bacillus thuringiensis a développé une alternative à la sporulation pour survivre dans le cadavre de l'hôte. Cette étude, centrée sur
Mécanismes moléculaires de l’acclimatation et de l’adaptation du phytoplancton Pelagomonas calceolata aux changements environnementaux – PelagoAdapt
Le phytoplancton marin représente plus de 45% de la production primaire nette totale et joue un rôle essentiel dans l'apport de matière organique aux réseaux trophiques marins. Un déclin mondial de la biomasse de phytoplancton a été signalé au cours du siècle dernier (1% de concentration de chloroph
Coordination entre l'endoderme racinaire et les endosymbioses. – ENDOSYMB
Les racines des plantes sont vitales pour la survie et la croissance car elles régulent le transport d'eau et de nutriments du sol vers les parties aériennes. Les racines développent des barrières spécifiques dans une couche cellulaire appelée l'endoderme, séparant les parties internes des parties e
Composés allélopathiques chez la mousse – MALCOM-X
MALCOM-X déterminera des composés allélopathiques de la mousse Physcomitrium patens. Ces composés régulent les interactions plante-plante mais aussi contrôlent le développement de la mousse. En particulier, deux types de composés vont être ciblés, sur la base de leur participation en tant que molécu
Le Coup de Foudre Cnidaire-Dinoflagellé : Compréhension des Mécanismes d'Entrée en Symbiose – COUP-DE-FOUDRE
L'association cnidaire-dinoflagellé représente l'une des plus importantes symbioses marines entre un animal et un eucaryote unicellulaire (Symbiodiniaceae). Cette association, très répandue dans les écosystèmes côtiers tempérés et subtropicaux, constitue le fondement même de l'écosystème corallien.
Analyse du devenir des introgressions d'espèces sauvages dans le génome de blé – DeFI-Wheat
L’augmentation démographique prévue pour les 50 prochaines années va induire un accroissement de la demande en céréales pour l’alimentation et les besoins industriels. De plus, il va y avoir une diminution des surfaces cultivables, et l’agriculture devra faire face à de nouvelles contraintes écologi
Comprendre les stratégies de maintien de la stabilité du génome des coraux constructeurs de récifs face aux changements environnementaux – CoralForce
Les récifs coralliens, qui présentent une importance écologique, économique et sociale, sont actuellement impactés par le réchauffement climatique qui fragilise les coraux symbiotiques et provoque notamment des épisodes de blanchissement massifs. Néanmoins, toutes les espèces de corail (ni même tous
Dynamique de l'absorption des coumarines par les racines des plantes pour améliorer la nutrition en fer – DYNAFER
Le Fer (Fe) est un micronutriment essentiel pour la croissance des plantes, leur productiviteì et la qualiteì de leurs produits deìriveìs. Cependant, le Fe est geìneìralement peu disponible pour les plantes car il est principalement preìsent dans le sol sous forme d’(hydr)oxides insolubles. Nous avo
Cohabitation génomique insecte-virus: qui régule qui? – ENDOVIRE
L'intégration de séquences virales dans les génomes eucaryotes représente une source majeure de diversification et d'acquisition de nouvelles fonctions. Ceci est remarquablement illustré chez certaines guêpes parasitoïdes. En effet, les chromosomes de ces espèces renferment des dizaines de loci vira
Interaction plante – plante médiée par l'activité microbienne dans la rhizosphère – Plant2Mi
Les interactions plantes - plantes ont lieu continuellement dans la rhizosphère et sont susceptibles d'être modulées par le microbiote rhizosphérique. Notamment, le modèle plante hôte - plante parasite racinaire est un exemple de communication très précise dans la rhizosphère qui peut être largement
Considérer les espèces de Fusarium comme un "méta-pathogène": changer d'échelle d'analyse pour réduire les contaminations en mycotoxines. – TEAMTOX
Le but du projet TEAMTOX est de comprendre les mécanismes de régulation de la production de mycotoxines par un « méta-pathogène » : un « Méta-Fusarium sp. ». Une analyse écophysiologique du Méta-Fusarium sp. , qui regroupe les espèces fongiques du genre Fusarium majoritairement responsables de la f
Adaptation du ravageur polyphage Drosophila suzukii: rôle des interactions entre génotype, microbiote et plante hôte – ADAGIO
La plasticité phénotypique adaptative et l'adaptation locale sont deux processus évolutifs pouvant aider les insectes polyphages à alterner entre leurs plantes hôtes. Ces deux processus peuvent se traduire par une préférence d’oviposition et meilleure performance sur les plantes hôtes dont les popul
Interactions fonctionnelles entre protéines de liaison et impact sur l'organisation de l'épigénome – EpiLinks
La découverte de l'influence des mécanismes chromatiniens sur l'organisation fonctionnelle du génome a révolutionné l'étude de la biologie du développement et de l'évolution des eucaryotes. Ces régulations impliquent une fine balance entre compaction et accessibilité des gènes, d'éléments transposab