TRACER L'EVOLUTION D'UNE COURSE AUX ARMEMENTS ENTRE PATHOGÈNE ET HÔTE POUR PRÉDIRE LA DURABILITÉ DE LA RÉSISTANCE SUR LE RIZ – PHRACE

Les bactéries de l’espèce Xanthomonas oryzae causent des maladies sur le riz grâce à des protéines type TAL (Transcription Activator-Like) qui induisent l’expression de gènes de sensibilité de la plante. En empêchant la bactérie de manipuler ces gènes de sensibilité, il a été possible de développer des stratégies de lutte à large spectre contre ces redoutables pathogènes. Cependant la coévolution entre les plantes et les bactéries sous la forme d’une course aux armements est un processus rapide pouvant aboutir à l’effondrement de la résistance sur le terrain. Afin de prédire la durabilité des résistances du riz à Xanthomonas nous proposons de suivre la progression de cette course aux armements au niveau des génomes de riz ainsi que des TALEs bactériens. 1. Des données phénotypiques, génomiques et transcriptomiques seront collectées pour une large gamme d’interactions Oryza/gXanthomonas. Les couples testés couvriront la diversité du riz (sauvage et cultivé) comme de X. oryzae et des interactions résultantes : de susceptible à résistante. Les données ‘omiques’ seront combinées pour produire, pour chaque gène de riz, une classification fonctionnelle selon leur type d’interaction avec X. oryzae et ses TALEs. Ainsi, en suivant comment cette classification évolue lors de la transition de la sensibilité vers la résistance nous évaluerons comment les génomes de riz évoluent en réponse à l’action des TALEs, y compris comment la résistance émerge et comment elle est contournée. 2. Nous combinerons des analyses phylogénétiques et des modélisations évolutives in silico afin de déterminer la vitesse d’évolution des TALEs et d’identifier les processus par lesquels ils acquièrent la capacité de cibler les gènes de sensibilité du riz. Ce projet permettra de mieux comprendre comment les génomes de plantes répondent à l’infection bactérienne, et inversement, ce qui permettra d’orienter de façon durable les stratégies de déploiement de résistances dans les plantes cultivées.