Un cadre pour tirer parti des résultats de génomique comparée issus du séquençage de populations expérimentales afin d'améliorer la durabilité de l'élevage – FeedSeq

La diminution des coûts de la génomique haut-débit rend possible leur utilisation pour l’amélioration de caractères complexes et coûteux à enregistrer comme l’efficacité alimentaire, levier majeur de la durabilité des élevages. Pour ces caractères, les données sont surtout obtenues dans des dispositifs expérimentaux. L’objectif de FeedSeq est de proposer un cadre pour exploiter les résultats de génomique comparée issues du séquençage de populations expérimentales et améliorer la durabilité de l'élevage. Les données génomiques de populations expérimentales et commerciales seront complétées par des approches de séquençage tout génome. FeedSeq est organisé en 5 tâches scientifiques (WP) et 2 organisationnelles, avec une approche de science ouverte. Au-delà de l’acquisition des données (WP1), FeedSeq propose de 1. combiner des résultats de détections d’association entre variants génomiques et caractères avec des estimation d’effets adaptatifs des variants génomiques dans des expériences de sélection dirigées (WP2, développement des méthodes ; WP3, application aux données générées dans le WP1), 2. combiner les résultats intra-espèce (génétique des systèmes) et entre espèces (génétique translationnelle) pour gagner en puissance sur l’ensemble des dispositifs (WP4). Les gains de précision de prédiction génomique dans les populations commerciales grâce aux effets consolidés des variants seront évalués, et de nouvelles mesures prédictrices de l’efficacité alimentaire seront proposées pour consolider la sélection actuellement menée sur ce caractère (WP5). Les espèces support de FeedSeq sont le porc et le lapin, dans lesquelles des lignées expérimentales originales et complémentaires sont disponibles. Ce projet PRCE est une collaboration entre un laboratoire INRAE (génétique quantitative, génétique des populations et génétique moléculaire), les sélectionneurs français en porc et lapin et l’IFIP-Institut du Porc, pour répondre à l’axe A.3 de l’AAP ANR 2022.