Rôle de la chromatine dans la régulation de la variabilité transcriptionnelle chez les plantes – ChromaVari

Une question fondamentale en biologie est comment un phénotype est obtenu à partir d’une génotype. Nous avons maintenant une bonne connaissance du rôle des régulations transcriptionelles pour obtenir un phénotype. Cependant une observation important n’est toujours pas comprise : plusieurs phénotypes peuvent dériver d’un même génotype dans un seul environnement. Cette variabilité entre individus génétiquement identiques dans le même environnement a été largement ignorée jusqu’il y a peu. De la variabilité transcriptionnelle a été observée entre cellules, mais aussi entre individus multicellulaires. Alors qu’elle peut être en partie causée par des effets micro-environnementaux, il a été montré que la variabilité transcriptionnelle est au moins en partie contrôlée génétiquement, et a une importance biologique. Il a été montré que la chromatine peut influencer le niveau de variabilité transcriptionelle entre cellules. Cependant, nous n’avons pas de preuve du rôle de la chromatine dans le contrôle de variabilité transcriptionnelle entre cellules dans une plante, et son rôle dans la variabilité entre plantes n’a pas encore été étudié. Je vais utiliser une combinaison d’approches transcriptomiques, d’imagerie et d’études fonctionnelles ciblées pour définir le rôle de la chromatine dans la variabilité transcriptionnelle entre cellules dans une plantes et entre plantes, et de ses conséquences phénotypiques en utilisant des gènes impliqués dans la nutrition azotée chez Arabidopsis. La reìponse au nitrate est un modeÌle pertinent car j’ai observeì que de nombreux geÌnes impliqueìs dans la nutrition azoteìe ont un niveau d’expression fortement variable entre plantes, mais aussi car la preìsence de nitrate dans le sol varie dans l’espace et le temps. La variabilité transcriptionnelle est un sujet d’étude récent, et le projet permettra donc de mettre en lumière son contrôle et son rôle dans la mise en place des phénotypes à partir d’un génotype.