Projets financés
Organisation et dynamique des condensats dans la réparation de l'ADN par la voie NHEJ – XXL
Dans les cellules de mammifères, les cassures double-brin de l'ADN sont principalement réparées par la voie jonction d’extrémités non-homologues (NHEJ). La voie NHEJ est rapide et s’adapte pour réparer tout type de structures terminales de l’ADN. Une structure flexible s’assemble pour former la plat
Caractérisation à l'échelle atomique de protéines amyloïdogéniques dans des mini-cerveaux. – InOrganoids-NMR
Nous proposons d'établir la détection résidu-spécifique par RMN de l’alpha-synucléine (aSyn) dans des organoïdes cérébraux, et d'en illustrer les premières applications. L’aSyn est retrouvée agrégée chez les patients atteints de la maladie de Parkinson. Nous ne comprenons pas précisément les événeme
Plateformes synthétiques intégrées pour décoder la signalisation d'IRE1 – INSPIRE1
Le stress cellulaire induit par l'accumulation anormale de protéines mal repliées dans le réticulum endoplasmique (RE) émerge comme un acteur majeur du développement de nombreuses pathologies, et par conséquent comme une cible thérapeutique d’intérêt. Les niveaux de stress du RE sont sous surveillan
En route vers la formation amyloïde : dynamique des protéines et de l’eau sous séparation de phases liquide-liquide – DynAmyd
La séparation de phases liquide-liquide (LLPS) de macromolécules biologiques est un sujet de recherche en expansion à l'interface entre biologie, chimie physique et biophysique. La LLPS conduit à des gouttelettes denses, enrichies en macromolécules, qui coexistent avec une phase appauvrie. Les princ
Le mécanisme de motilité par gliding des Bacteroidetes – GLIDING
La motilité offre des avantages adaptatifs essentiels aux êtres vivants. Contrairement au swarming avec des flagelles ou au twitching avec des pili, le «gliding» est un mouvement unicellulaire sur surface solide ne reposant pas sur des appendices externes évidents. Les machineries de gliding de Myxo
Assemblage de la membrane externe contrôlé par la maturation du peptidoglycan chez PseudomonasMaturation – OM_Pseudo
La propagation rapide de la résistance aux antibiotiques parmi les agents pathogènes bactériens est un fardeau mondial associé à près de 5 millions de décès, et ce rien qu'en 2019. Les pathogènes à Gram négatif sont particulièrement difficiles à traiter en raison de la présence d'une membrane extern
Glycoprotéines et entrée dans les cellules hôtes – Structure et fonction du mécanisme de fusion KSHV – GOETHE
L'herpèsvirus du sarcome de Kaposi (KSHV) est l'agent étiologique du sarcome de Kaposi et de deux tumeurs malignes des cellules B. Le KSHV engage divers récepteurs cellulaires pour pénétrer dans les cellules cibles par endocytose. Le KSHV engage divers récepteurs cellulaires pour pénétrer dans les c
Machines à base d'ADN Origami pour la manipulation épigénétique de la transcription des gènes – ChromOrigami
L'étude des modifications épigénétiques et leurs conséquences sur la transcription est essentielle pour comprendre la régulation de la transcription. À l'heure actuelle, la cartographie des modifications de la chromatine ou la mesure de l'expression des gènes se font de manière indirecte. Nous avons
Roles multiples de Ku dans la stabilité des génomes – RubicKu
L'hétérodimère Ku70-Ku80 (KU) est un facteur central de la voie de réparation NHEJ (Non-homologous end joining). KU reconnaît les extrémités de l'ADN générées lors de cassures double-brin (CDB). Il maintient à proximité les deux extrémités d'ADN de la CDB et recrute les enzymes de la voie NHEJ dont
Changements de conformation et dynamique structurale du transporteur ABC BmrA – BmrAMeca
La résistance aux médicaments est un problème médical majeur qui réduit l’efficacité des médicaments et les chances des patients. La première ligne de défense des cellules, en particulier les bactéries concernant les antibiotiques, est l’efflux des médicaments par les transporteurs ABC. Ces protéine
Analyse structurale du complexe transcriptionnel plastidial et étude des régulations fonctionnelles croisées plaste-noyau lors de la mise en place de la photosynthèse chez les angiospermes – PEPPAPnetworks
L'assemblage de l'appareil photosynthétique (PS) dans les plastes nécessite la transcription spécifique des gènes du plaste associés à la photosynthèse (PhAPGs) et des gènes nucléaires associés à la photosynthèse (PhANGs). Chez les angiospermes, la perception de la lumière induit la conversion des p
Analyse de la dynamique de synthèse et de maturation de la paroi cellulaire bactérienne à l'échelle nanométrique – NanoWall
La paroi cellulaire joue un rôle majeur dans la prolifération, la survie et la virulence bactérienne. Les processus moléculaires responsables de son architecture et de sa composition finale sont toutefois encore largement incompris. Le peptidoglycane (PG) et les acides teichoïques (AT) sont les deux
Investigations biophysiques pour disséquer une pompe d'efflux de bactérie Gram-négative : MacAB TolC de E. coli. – BigMac
Les pompes d'efflux ABC sont des complexes macromoléculaires tripartites présents dans les membranes des bactéries Gram négatives. Elles contribuent au phénotype de multirésistance en exportant les antibiotiques et les facteurs de virulence hors de la bactérie, en utilisant la liaison et l'hydrolyse
Résoudre les structures fonctionnelles des nucleocapsides du Virus Respiratoire Syncytial – SofteN
Le virus respiratoire syncytial humain (VRS) est le principal agent responsable de la bronchiolite chez les jeunes enfants, et un pathogène respiratoire majeur des personnes âgées et immunodéprimées. Malgré l'impact de ces infections en santé humaine, aucun vaccin ni traitement efficace n'est actuel
Comment la dynamique multi-échelle impacte-t-elle l'activation allostérique des enzymes? – DYN-ALL
L'allostérie est le mécanisme pour moduler et contrôler l'activité enzymatique en réponse aux différents besoins de la cellule. Ce processus implique un couplage thermodynamique entre le site de liaison du ligand allostérique distal et le site actif de l'enzyme. Lors de la liaison du ligand, le sign
Contrôle de la perméabilité des bactéries aux antibiotiques par un facteur de l’enveloppe régulé par le stress – PermeaStress
Les bactéries Gram-négatives représentent un problème majeur de santé publique en raison de leur résistance élevée aux antibiotiques, qui entraîne chaque année des millions de décès dans le monde. Leur membrane externe (ME), composée de lipides et de protéines, forme une barrière de perméabilité eff
Étude de la structure et du mécanisme du transporteur d'ions de cuivre humain hCTR1 par RMN à l'état solide à rotation à l'angle magique ultrarapide – CTRbyNMR
Les ions cuivre sont essentiels à la vie mais possèdent une activité redox qui les rend potentiellement toxiques, et leur déséquilibre homéostatique est lié à plusieurs maladies neurologiques majeures. Les mécanismes détaillés du déplacement du cuivre à travers les membranes restent inconnus en rais
Contrôle de la recombinaison homologue - Dynamique des protéines associées au filament nucléoprotéique Rad51 – SafeHR
La recombinaison homologue (RH) est un mécanisme majeur de réparation des cassures double-brin (CDB) de l'ADN, conservé chez tous les organismes. Chez les eucaryotes, la RH dépend de la formation de filaments nucléoprotéiques de la recombinase Rad51 sur un ADN simple brin. Ces filaments permettent d
Processing, modification and contrôle-qualité des ARN ribosomiques de Bacillus subtilis – ARNr-PMQC
Les ribosomes sont des complexes ribonucléoprotéiques essentiels à la vie qui assurent la synthèse des protéines. Le projet ARNr-PMQC aborde de nouvelles questions liées au processing, aux modifications post-transcriptionnelles (PTMs) et au contrôle qualité (QC) de l'ARN ribosomique (ARNr) dans l'or
Un biocondensat unissant nanovésicules et gouttelettes lipidiques – LipidCondensate
Les gouttelettes lipidiques forment des organites uniques dans la cellule constitués d'un noyau de lipides neutres entouré d'une monocouche de phospholipides et de protéines. Les gouttelettes constituent la principale source de carbone de la cellule et peuvent être utilisées pour diverses voies méta
Le croisement intersystème inverse : une nouvelle méthode pour réduire le photoblanchiment et la phototoxicité en imagerie de fluorescence – IMARISC
En imagerie de fluorescence in vivo, la phototoxicité et le photoblanchiment des protéines fluorescentes (PF) obligent à limiter fortement la dose de lumière d’excitation, au détriment du contraste des images, de la résolution spatio-temporelle et de la durée des expériences. Il est généralement adm
Etude du mode d’action et de la régulation de la Cohésine et de la Condensine de complexes parasitaire simplifiés – CoheSWING
Les complexes SMC paralogues Cohésine et Condensine sont essentiels à l'organisation 3D du génome eucaryote tout au long du cycle cellulaire. La Cohésine et la Condensine partagent une architecture similaire ainsi qu'une activité ATPase commune qui régule la flexibilité conformationnelle requise de
Des outils basés sur la lumière pour sonder les nanocondensats – NanoCond
Les condensats biologiques ont attiré beaucoup d'attention ces dernières années. Ils sont formés grâce à un processus de séparation de phases liquide-liquide (LLPS) et peuvent avoir de multiples fonctions telles que l’accélération des réactions biochimiques. Plus récemment, une nouvelle classe de co
Outils fluorescents pour la caractérisation de la séparation de phase liquide-liquide – FluoLLPS
La séparation de phase liquide-liquide (LLPS) est un phénomène thermodynamique au cours duquel une solution homogène produit deux phases liquides séparées. L'une apparaît sous forme de gouttelettes denses dispersées dans une seconde phase plus diluée. Au cours de la dernière décennie, la LLPS est ap
Mécanismes de la Sécrétion de Cellulose Bactérienne dans les Interactions avec les Plantes Hôtes – CelluSec
La cellulose est le biopolymère le plus abondant sur Terre et, bien qu’elle soit le constituant de construction prédominant des plantes, elle est également un composant clé de la matrice extracellulaire dans les biofilms de nombreuses espèces bactériennes. La sécrétion de cellulose est essentielle a
Analyse du rôle des corpuscules de RNA silencing dans la réponse de la plante au stress chaud et sa récupération – HEAT-STRESS-BODIES
Incapables de se déplacer, les plantes doivent s’adapter pour survivre aux changements brusques et inattendus de leur environnement. Les épisodes de stress chaud qui deviennent de plus en plus fréquents en raison des dérèglements climatiques globaux nécessitent une attention particulière, et il devi
Déchiffrage des principes d'assemblage d'un biofilm bactérien de l'échelle de la cellule unique à celle de la matrice extracellulaire via la microspectroscopie Raman – ULTIM
ULTIM vise à une compréhension unique des principes qui sous-tendent la formation des biofilms bactériens, ces structures vivantes à fort impact sur les activités humaines et les cycles géochimiques. L’objectif est de réaliser une cartographie fonctionnelle résolue dans le temps d'un biofilm vivant
Ancienne toxine - nouveau récepteur – ToxiCeptor
Les récepteurs de la sérotonine de type 3 (5-HT3R) sont impliqués dans le syndrome du côlon irritable et les vomissements induits par la chimio/radiothérapie. Les agonistes et les antagonistes compétitifs (ou effecteurs orthosteriques) du 5-HT3R ayant une faible affinité/sélectivité et générant des
Origines moléculaires de la signaliation multiple du récepteur Fas – Dual-Fas
La diversité fonctionnelle des cellules est régie par des récepteurs membranaires qui se lient à différentes molécules chimiques et ligands extracellulaires pour déclencher des cascades de signalisation en aval. Les décisions prises par les cellules sont ainsi orchestrées à l'échelle moléculaire par
Export nucléaire des segments ARN du virus Influenza – NEPTUNE
Le virus influenza A (IAV; virus de la grippe) est un agent pathogène respiratoire hautement infectieux constituant une menace importante pour la santé à l’échelle planétaire. Les oiseaux aquatiques sauvages sont les hôtes naturels des IAV, mais ils infectent également une multitude d'espèces animal
Structures des recepteurs nicotiniques en complexe avec leurs partenaires intracellulaires – NicoContact
Les récepteurs nicotiniques à l’acétylcholine neuronaux (nAChRs) sont des canaux ioniques jouant un rôle central dans le système nerveux. Leur dysfonction est liée à des maladies neurologiques et psychiatriques sévères telles que l’addiction à la nicotine, la schizophrénie ou la maladie d’Alzheimer.
Polymérisation de l'ESCRT-III et clivage du corps central cytokinetique – ESCRTpolyMID
Le complexe de tri endosomal requis pour le transport (ESCRT) catalyse une grande variété d'événements de remodelage membranaire tropologiquement distincts, tant en condition physiologique que pathologique. Les protéines de la famille ESCRT-III et l'ATPase VPS4, conservées dans toutes les cellules v
Décrypter les interactions entre protéines endogènes dans les complexes macromoléculaires d'adhésion – EndoGraal
Les complexes d'adhésion d'intégrine (IAC) constituent un paradigme de complexes macromoléculaires régulés en permanence par les signaux mécaniques issus de l'environnement. Initialement considérés comme des structures amorphes sans stœchiométrie précise, les IAC sont organisés en nanocouches où les
Partenaires moléculaires de la cotransmission acétylcholine - glutamate dans les vésicules synaptiques des interneurones cholinergiques du striatum. – ALLEGRO
Contexte Les interneurones cholinergiques striataux (ICS) expriment les transporteurs vésiculaires de l’acétylcholine (VAChT) et du glutamate (VGLUT3) et régulent ainsi le réseau striatal par l’acétylcholine (ACh) et le glutamate (Glu). Les vésicules synaptiques (VS) des ICS peuvent stocker et libé
Compréhension globale de la reconnaissance de la séquence de Kozak sur le ribosome humain – Kozak
Dans ce projet, je souhaite caractériser davantage le mécanisme moléculaire de la reconnaissance de la séquence de Kozak. Les études précédentes n'avaient pas défini clairement le positionnement de l'ARNm dans les complexes. En outre, la qualité des cartes précédentes n'était pas suffisante pour d
Mécanismes de l'assemblage lipides-protéines en nanodomaines sur les membranes bactériennes – BACDOMAIN
Les membranes cellulaires bactériennes jouent un rôle clé dans les processus cellulaires tels que la réponse au stress, la signalisation, le trafic des protéines, la division cellulaire et le transport sélectif. Notre compréhension actuelle implique un regroupement hétérogène des composants lipidiqu
Etude structurale et fonctionnelle d’un nouveau canal impliqué dans la virulence de bactéries pathogènes – MgtCHANNEL
Les préoccupations augmentent en raison de la résistance croissante aux antibiotiques et il est urgent de découvrir de nouvelles thérapies antibactériennes. Les facteurs de virulence représentent des cibles originales, spécifiques aux pathogènes, dont l'inhibition doit limiter le processus infectieu
Structure et fonction des nouvelles sous-unités SWI/SNF dans la réponse aux dommages de l'ADN – SWING
L’accessibilité de l’ADN dans la chromatine est régulée par les complexes de remodelage de la chromatine ATP dépendants. Chez les mammifères le complexe SWI/SNF comporte en plus des sous-unités cœurs nécessaires au remodelage de la chromatine, des sous-unités auxiliaires qui régulent son activité. L
Structure et fonction de la machinerie de synthèse des ARN des mononegavirus : le virus de la stomatite vésiculaire et le virus Nipah – SAFROM
Parmi les virus de l’ordre des Mononegavirales, il y a de nombreux pathogènes humains comme le virus de la rougeole, le virus respiratoire syncytial et le virus de rage, mais aussi des virus zoonotiques comme les virus Ebola et Nipah (NiV). A partir de son hôte réservoir, des chauve-souris frugivore
