Projets financés

En s’appuyant sur les bases d’images de lésions mélanocytaires et certains développements méthodologiques réalisés pour les projets ANR SKINAN et DIAMELA, il est proposé de construire une aide au diagnostic du mélanome fondée sur la présentation en temps réel d’images similaires au cas étudié par le

Les simulations Monte Carlo (MC) sont largement utilisées en physique médicale pour le développement des systèmes d'imagerie et de planification de traitement en radiothérapie. Cependant, le besoin croissant de simulations détaillées et précises entraîne toujours des temps de calcul très importants.

Le grand défi de la biologie cellulaire et du développement est de proposer un modèle multi-échelle reliant l'action des macromolécules à la fonction cellulaire puis au remodelage du tissu biologique. Une application majeure est de comprendre comment le stress induit par des forces mécaniques ou de

Comprendre la façon dont les facteurs de transcription explorent le noyau pour trouver leurs sites de liaison est une des principales étapes pour notre compréhension de l'expression génétique. Pour y parvenir, nous proposons de combiner des simulations informatiques et du calcul Bayésien approximati

MIMOSA concerne l’arthrose du genou (gonarthrose) considérée comme priorité de santé publique. our la gonarthrose, le diagnostic est principalement évalué par classement visuel de la largeur de l'interligne articulaire et des ostéophytes sur des radiographies X. Cette évaluation est souvent inexacte

L'objectif du projet MucoReaDy est d'étudier l'altération du mécanisme de clairance mucolilicaire pour la pathologie de la mucoviscidose et de l'aspergillose bronchopulmonaire allergique (ABPA), dans une perspective de dynamique du mucus. Dans ces pathologies, le dysfonctionnement pulmonaire s'aggra

Le comportement et la prise de décision sont déterminés par des processus physiques qui se déroulent dans l'environnement complexe du système nerveux. Au cours des dernières années, des avancées techniques ont permis de cartographier la matrice de connexion (le connectome des neurons biologiques) de

La biologie est par nature dépendante de l’observation. Les 50 dernières années ont été témoins d’une explosion des techniques permettant l’observation et la quantification du vivant. Les espèces sont actuellement séquencées à un rythme toujours croissant, le criblage à haut contenu permet de produi

La magnéto et l'électroencéphalographie (M / EEG) sont des modalités d'imagerie cérébrale utilisées pour mesurer l'activité électrique du cerveau. Grâce à leurs résolutions temporelles très élevées, ce sont les seules techniques qui permettent un suivi direct de l'activité neuronale dans le temps. L

Les variations génétiques ont des conséquences sur des phénotypes divers impliquant notamment le santé humaine et les résistances bactériennes. Elucider le lien entre génotypes et phénotypes est donc un enjeu majeur en recherche fondamentale et appliquée. Les génomes ont été historiquement repré

L'ingénierie des protéines vise à créer des protéines artificielles utiles dans les domaines de la santé, chimie verte, ou environnement. La conception de protéines artificielles est un processus long et coûteux faisant intervenir simulations et prédictions par ordinateur, suivies de validations exp

Le séquençage de l'ARN en cellule-unique (scRNA-seq) est en train de révolutionner la biologie et la médecine. La possibilité d'évaluer l'hétérogénéité cellulaire à une résolution auparavant inaccessible, a profondément influencé notre compréhension du développement, du fonctionnement du système imm

Des microalgues cultivées en présence d’autres micro-organismes présentent des dynamiques d'interaction complexes et donnent lieu à des processus biochimiques que, seules, elles ne peuvent pas réaliser. Les consortiums algues-bactéries présentent donc un gros potentiel, notamment pour des applicatio

L’agriculture est actuellement confrontée à de nouveaux défis pour répondre à la demande croissante d’approvisionnement mondial en nourriture dans un contexte de changement climatique fort et de déclin des ressources naturelles en eau et en sol. Elle doit faire face à des bouleversements majeurs et

Les accidents vasculaires cérébraux (AVC) ischémiques sont une des causes majeures de mortalité et morbidité dans le monde. Le déficit sévère qu’ils entraînent n’est réversible qu’à la condition d’une prise en charge thérapeutique rapide. Des essais cliniques récents ont démontré la grande efficacit

Les progrès technologiques de séquençage ont démultiplié la quantité de données génomiques. En extraire efficacement l'information demeure un problème ouvert pour lequel les méthodes d'apprentissage profond sont prometteuses. Cela suppose que concepteurs et utilisateurs sachent quand, pourquoi et co

La recherche académique réalise avec succès de la découverte des cibles prometteuses. Néanmoins, la conception des nouveaux médicaments pour une cible reste compliquée, chère, et coûteuse en temps. Elle est traditionellement achévée par des entreprises pharmaceutiques dont les ressources sont vastes

Le projet vise à développer et à utiliser des simulations numériques tridimensionnelles pour étudier la corrélation entre la contraction de la paroi du vaisseau lymphatique induite biochimiquement et l'ouverture-fermeture des valves, ainsi que ses conséquences sur le contrôle du pompage du liquide l

Ce projet a pour objectif la construction et l’utilisation d’un système en boucle fermée de réalité virtuelle pour mesurer et analyser en temps réel les interactions entre poissons au sein d’un banc et leurs effets sur les comportements individuels et collectifs. Le dispositif expérimental consister

Enregistrer à large échelle le cerveau est essentiel pour comprendre la dynamique des populations neuronales et mettre au point des interfaces cerveau-machine pour la réhabilitation. Une limitation forte reste la difficulté à traiter en temps réel ces signaux massifs à faible coût énergétique pour e

Identifier les paramètres de modèles dynamiques à partir des variables d'état est une entreprise importante mais difficile, en particulier pour les systèmes biologiques interagissants, comme les systèmes multi-espèces. Les fonctions nonlinéaires, l'aléatoire des processus biologiques ainsi que l'err

Ces dernières années, les maladies liées à l’obésité sont devenues un enjeu majeur de santé public. Le tissu adipeux (gras) joue un rôle central dans la pathophysiologie de ces maladies : les cellules adipeuses peuvent croître, et leur nombre peut aussi augmenter. Il est donc crucial de comprendre l

L’objectif de ma recherche est de comprendre les mécanismes par lesquels les machines macromoléculaires remplissent leurs fonctions grâce à une caractérisation complète de leurs structures, thermodynamique et dynamique. Ces informations peuvent être fournies de manière efficace en termes d'ensembles

En reliant les systèmes dynamiques et leurs observations partielles, les modèles informatiques des processus biologiques visent à découvrir des mécanismes clés gouvernant les dynamiques cellulaires, et in fine prédire leur comportement dans de nouvelles conditions. Les modèles de réseaux d'interact

L'imagerie médicale multimodale (ex : TEP/TDM ou TEP/TRM) joue un rôle important pour les diagnostiques et la recherche. L’apprentissage machine pour l’imagerie multimodale (AMM) vise à développer des méthodes capables de traiter les informations d’images multimodales, permettant ainsi « d’apprendre

Les progrès récents des méthodes de super-résolution ont amélioré de façon spectaculaire la résolution en microscopie de fluorescence. Il est désormais possible d’observer des structures de protéines dans des assemblages macromoléculaires auparavant observables uniquement en microscopie électronique