Projets financés
MitoMetaTis : mitoXplorer 3.0 pour l'analyse de la diversité des tissus mitochondriaux par l'intégration de données multi-omiques systématiques – MitoMetaTis
Les mitochondries sont des organites qui présentent une plasticité remarquable leur permettant d'adapter de façon tissue-spécifique leur morphologie, composition protéique et fonction métabolique. Les mécanismes contrôlant cette flexibilité structurelle et fonctionnelle restent peu connus. En combin
Modélisation multiphysique de la migration confinée – MultiPhysC2M
La mécanobiologie étudie la réponse des cellules et des tissus à l’environnement mécanique au cours de différents processus biologiques. Bien que des avancées majeures aient permis d'observer in vitro le comportement des cellules dans l’espace, les observations sont souvent qualitatives car il est t
Identifier la réponse du répertoire chez les souris sauvages – WILDTYPES
La prédiction quantitative de la réponse des répertoires immunitaires des vertébrés aux infections virales est essentielle pour la conception éclairée de vaccins, de thérapies et d'outils de diagnostic. L'échantillonnage des lymphocytes T présents chez un individu donné nous donne un enregistrement
Incompatibilité de croissance et régulation de la taille lors du développement – GROWSIZE
Ce projet étudie comment les organismes atteignent une taille spécifique, se concentrant sur les contraintes mécaniques résiduelles qui demeurent dans les tissus après l'élimination des forces externes. Le rôle des processus mécaniques et biochimiques dans la taille des organes est mal connu, et on
Méthode de corps simulés pour l'étude du contrôle moteur dans un corps biologique hautement déformable – STRETCH
Ce projet vise la compréhension du contrôle moteur des corps biologiques déformables, tout particulièrement la larve de Drosophile. Il est motivé par l'importance des propriétés physiques du corps, des contraintes biologiques et des interactions avec l'environnement dans l'organisation du système ne
Mesure de la perfusion micro-vasculaire par photopléthysmographie sans contact : application au suivi des plaies – Wound-rPPG
Les plaies chroniques constituent un problème de santé important, affectant des millions de patients en Europe et engendrant des coûts substantiels aux systèmes de santé. Les méthodes traditionnelles de surveillance des plaies, qui reposent sur des observations visuelles subjectives et des mesures m
Modèle du développement cortical – MoCoDev
L'objectif du projet MoCoDev est de mettre en œuvre un nouveau modèle du développement cortical chez l’Homme. Ce modèle permettra une caractérisation quantitative des changements complexes observés dans la forme du cortex, depuis une surface simple et lisse dans les premiers stades du développement
Estimation sécurisée des signes vitaux et de la localisation : Une vision intelligente de la santé via la détection RF – SecLoc
Avec la prolifération à grande échelle des communications sans fil et de l'informatique omniprésente, la détection par radiofréquence (RF) est devenue un outil clé pour une myriade d'applications de pointe dans le domaine de la santé numérique. Le projet SecLoc se positionne à l'avant-garde technolo
Solutions de monitorage augmenté par l'IA pour les patients anesthésiés – Anesth-IA
L'anesthésie générale, bien que courante avec 12 millions de cas par an en France représente des défis socioéconomiques majeurs. En effet, 15 à 25% des patients développent des complications postopératoires, augmentant la mortalité, les troubles neurocognitifs et pesant sur nos systèmes de santé. L'
Dynamique des fluides guidée par les données et la simulation numérique pour comprendre la mécanique de la morphogenèse des tissus – FluidEmbryo
Au cours du développement embryonnaire, les cellules doivent développer des mouvements coordonnés à grande échelle pour former des tissus et des organes fonctionnels. Le développement de modèles numériques pour ces écoulements tissulaires pourrait changer radicalement la façon dont nous comprenons e
Apprentissage Automatique pour l'Imagerie Moléculaire et la MEdecine du futur – AAIMME
La Tomographie par Émission de Positons (TEP) est une modalité d'imagerie fonctionnelle. Un radiotraceur, injecté au patient, cible un processus biochimique et crée des paires de rayons gamma. Leur détection permet de reconstruire une image pour quantifier le processus fonctionnel en question. La qu
Role computationel de la structure multi-aires du cortex cérébral – CRoCoS
Les modèles de réseaux neuronaux constituent un outil essentiel pour appréhender comment des millions de neurones coopèrent pour effectuer des calculs pertinents. L'analyse et l'interprétation de réseaux capables des mêmes tâches cognitives que celles étudiées en neurosciences ont permis de comprend
Cytométrie Augmentée par Apprentissage Automatique – CAML
La cytométrie en flux (CF) est une technique répandue pour l'étude de populations cellulaires ciblées dans des conditions physiologiques et pathologiques. Elle est cependant limitée dans le nombre de protéines profilées ce qui empêche son application pour l'établissement "d'atlas cellulaires" de tis
Commotion cérébrale chez le jeune enfant : altération cérébrale aiguë et neurodéveloppement – CoYoKi
Les commotions cérébrales (ou traumatismes crâniens légers) chez les enfants sont un problème de santé publique majeur. Avant 6 ans, elles touchent environ 2% des enfants (le double que chez les 6-15 ans), soit plus de 300 enfants de 0-5 ans chaque jour en France. A ce jeune âge, une commotion affec
IA Hybride pour la modélisation du pronostic de la réponse inflammatoire au cours du vieillissement – HAPI-AGING
Le vieillissement est associé à un déclin progressif des fonctions physiologiques conduisant potentiellement aux maladies liées à l'âge (MLA), à la fragilité et finalement à la dépendance. Ce projet est basé sur l'hypothèse selon laquelle le vieillissement des tissus est lié à une série de challen
Détecter la zone épileptogène par apprentissage statistique combinant de données multimodales hétérogènes structurelles, fonctionelles et cliniques – SEIZURE
L'épilepsie est résistante aux traitements médicamenteux chez 30 % des patients, pour lesquels un enjeu majeur est d’identifier la zone épileptogène (ZE) permettant d'envisager sa possible résection chirurgicale. Il n'existe aucun marqueur parfait de la ZE et le succès chirurgical reste très diffici
Equipe de recherche et de modélisation sur les fractales, avec application aux sciences de la vie – FRACTALS
Dans le contexte actuel du changement climatique, comprendre les différentes stratégies d’adaptation des organismes aux changements externes, comme les hausses de température, est d’une importance cruciale. La robustesse face aux variations environnementales est souvent liée à la plasticité phénotyp
Approches numériques innovantes en peptidomique : le pari des stratégies OMS. – PeptidOMS
La "peptidomique" fait référence à l'identification exploratoire, à grande échelle, du pool de peptides présents dans un fluide ou un tissu biologique. Ce domaine est en plein essor dans plusieurs secteurs des sciences du vivant, car les peptides endogènes se sont révélés des acteurs essentiels des
Exploration de l'établissement de la connectivité dans les circuits sensoriel de la souris – ConnExp
Le développement du cerveau implique l'établissement d'un grand nombre de synapses entre 10^10 neurones. Les progrès récents en matière de marquage des tissus, de microscopie 3D et d'analyse d'images ouvrent la voie à un traçage des neurones hautement multiplexé dans des cerveaux individuels, condit
Rendre le neurofeedback bimodal efficace pour une rééducation cérébrale dynamique et non-invasive – NIRVANA
Le neurofeedback (NF) renvoie au patient une information en temps réel de son activité cérébrale afin d'apprendre à autoréguler les zones cérébrales ciblés par la rééducation neurale. Le NF est une technique très prometteuse pour diverses pathologies neurologiques et psychiatriques. Il utilise des m
Anisotropie tissulaire clinique assistée par apprentissage profond : preuve de concept de la signature dynamique des lésions d'infarctus par échographie 3D – DELTA
L’imagerie ultrasonore 3D ultrarapide est actuellement en plein développement dans les laboratoires de recherche. Cependant, son application clinique est limitée par une qualité d'image insuffisante. Ce projet vise à s’affranchir de cette limitation en proposant diverses méthodes de traitement du si
Classification de séries temporelles pour la détection et la prédiction d'évènements critiques liés à l'anesthésie – Clinical
Les systèmes d'aide à la décision clinique sont généralement limités à la détection de seuils et de variances dans le cas de la surveillance de l'anesthésie. Ce projet vise à exploiter les potentialités des méthodes d'automatique, d'optimisation et d'apprentissage afin de proposer des approches géné
Analyse et modélisation multicapteurs du comportement d'un superorganisme d’abeilles – BeeBehaviours
Notre projet vise à caractériser la réaction des colonies d'abeilles aux perturbations environnementales. Pour ce faire, nous utiliserons des ruches instrumentées permettant la collecte en temps réel de données physiques et physiologiques. Ce système non intrusif nous permettra de modéliser la répon
Arthroplastie Personnalisée de l'Epaule Inversée : intégration des caractéristiques fonctionnelles et biomécaniques du patient dans le Planning chirurgical – PeRSAPlan
L’arthroplastie totale d’épaule inversée (ATEI) est un traitement de choix pour l’arthrose de l’épaule, les fracture complexes de l’humérus proximal et la rupture de la coiffe des rotateurs. Bien que son utilisation ait significativement augmenté ces dernières décennies, l’ATEI est toujours sujette
Thérapie d'Échange et de Développement pour l'autisme assistée par Intelligence Artificielle – TEDIA
Le trouble du spectre de l’autisme (TSA) est un ensemble hétérogène de troubles du neurodéveloppement, touchant un enfant sur 100 à travers le monde, et se traduisant par des difficultés de communication et d’interaction sociale. La thérapie d'échange et de développement (TED) a été mise au point po
Un nouveau formalisme de modélisation pour la morphogenèse des tissus végétaux – PlantCPM
Le développement morphogénétique des organes végétaux est un processus complexe qui résulte de l’intégration combinatoire de processus cellulaires, mécaniques et de signalisation opérant à différentes échelles, des tissus jusqu’au niveau subcellulaire. Des études expérimentales ont mis en évidence l
Apprendre des modèles de liaison dans les interactions dynamiques des protéines pour prédire le repliement lors de la liaison – IDPFold
Les protéines intrinsèquement désordonnées (IDP) sont un vaste sous-ensemble de protéines sans structure 3D stable lors de l'isolement. Elles sont impliquées dans divers processus cellulaires et dans les interactions protéine-protéine (IPP). L’un des aspects clés des IDP est leur capacité à passer d
FUSIONES : Modèle Digi-Life pour l'Adaptation du Maïs – FUSIONES
L'adaptation des espèces cultivées au changement climatique et la transformation des systèmes agricoles figurent parmi les principaux défis du XXIe siècle. Cette évolution coïncide aujourd'hui avec une meilleure compréhension scientifique et modélisation des processus végétaux et de leur intégration
À la recherche d’ensembles fonctionnels en imagerie calcique de l’activité neuronale de l'Hydre pour décoder le répertoire de ses comportements – DECODE
L’objectif global de ce projet est de développer un cadre mathématique pour comprendre, à partir de l'imagerie calcique de l’activité neuronale in vivo, les propriétés émergentes des ensembles neuronaux qui encodent les comportements des animaux. Nous nous concentrerons sur Hydra vulgaris, un cnidai
REALL: Alignement des lectures sur tous génomes bactériens en temps réel et sur ordinateurs portables – ReAll
La recherche rapide de données de séquences d'ADN est cruciale pour notre capacité à contrôler la propagation des maladies infectieuses. Cependant, cela pose un défi complexe en sciences des données : l'accroissement exponentiel des données de séquençage surpasse les capacités de calcul, et l'hétéro
Évaluation et prédiction des interactions et conformations protéiques basées sur les signaux évolutifs – SPPICES
AlphaFold2 a révolutionné le domaine de la bioinformatique structurale et de la biologie en général, prédisant avec précision les structures protéiniques à partir des séquences. Toutefois, il ne dévoile pas toutes les complexités des mouvements et interactions protéiniques essentiels à la compréhens
Apprentissage profond pour la classification fonctionnelle des enzymes à activité glucidique – DEFINE
Une myriade de séquences d'enzymes à activité sur les glucides (CAZyme) s'accumulant dans nos bases de données et provenant de différents écosystèmes n'ont pas de fonction identifiée. Leur classification fonctionnelle est le goulot d'étranglement critique pour leur compréhension, pour notre surveill