REALL: Alignement des lectures sur tous génomes bactériens en temps réel et sur ordinateurs portables – ReAll

La recherche rapide de données de séquences d'ADN est cruciale pour notre capacité à contrôler la propagation des maladies infectieuses. Cependant, cela pose un défi complexe en sciences des données : l'accroissement exponentiel des données de séquençage surpasse les capacités de calcul, et l'hétérogénéité croissante des données biaise la recherche. L'objectif principal de ce projet est de proposer de nouvelles méthodes innovantes permettant une recherche rapide et sans biais dans l'ensemble des génomes bactériens sur des appareils portables, dans le but final d'obtenir un alignement en temps réel de lectures de nanopores sur tous génomes bactériens avec des ordinateurs portables standards pendant le séquençage. Cela sera réalisé grâce aux avancées en matière de compression phylogénétique, d’algorithmes passant à l’échelle de l’entropie de données, et de nouvelles représentations du génome par des graphes agnostiques de la technologie de séquençage. La technologie développée pourra être déployée dans le monde entier, depuis les laboratoires de recherche jusqu’aux établissements de soins, et pourra significativement accélérer des applications telles que le diagnostic de la résistance aux antibiotiques.