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02/27/2023

Ce que les recherches sur la Covid-19 nous ont appris

Crise sanitaire mais aussi économique et sociale : la pandémie liée à la Covid-19 a entraîné, en réponse à l’urgence, une mobilisation exceptionnelle de la recherche, soutenue par la mutualisation inédite de moyens financiers et humains. Mettant en résonance les résultats scientifiques et les pistes de réflexion, le colloque « Covid-19 : Bilan et perspectives de recherche », qui s’est tenu le 2 février dernier à Paris et organisé par l’ANR en partenariat avec l’ANRS Maladies infectieuses émergentes, a été l’occasion de faire un bilan trois ans après le début de la pandémie et de tirer des enseignements pour l’avenir.

Il y a trois ans, le premier patient atteint de Covid-19 était déclaré en France. La communauté scientifique mondiale s’est mobilisée face à la gravité et à l’urgence de cette situation, confrontée à un triple défi : produire de nouvelles connaissances en urgence ; prendre en compte les évolutions et les incertitudes de la situation sanitaire ; et favoriser la diffusion des connaissances.

Le colloque « Covid-19 : Bilan et perspectives de recherche » a donné un aperçu de la diversité des projets qui ont été soutenus par l’ANR : 279 projets de recherche rassemblant près de 600 partenaires pour un montant total de 35,6 millions d’euros. Les différentes interventions ont également permis de faire le point sur ce que la pandémie de la Covid-19 nous a appris et d’ouvrir des perspectives de recherche pour affronter les futures pandémies.

La recherche française mobilisée sur tous les fronts

François Braun, ministre de la Santé et de la prévention, a ouvert la journée avec une référence aux deux idéogrammes chinois du mot « crise », l’un représentant le “danger”, l’autre l’“opportunité” : « la Covid-19 a ainsi été, dans un certain sens, un catalyseur, comme toutes les crises, pour notre recherche scientifique et médicale », « Notre pays a été parmi les premiers à mettre en place des actions de recherche ciblées pour mieux comprendre et mieux lutter contre le virus » a-t-il ajouté. « La France a compris qu'il fallait miser sur la recherche ». Le ministre a insisté sur « le caractère holistique de la recherche française sur la Covid-19 qui s’est intéressée à toutes les différentes facettes de la pandémie, dans une approche décloisonnée, One Health, une seule santé, qui doit maintenant s’appliquer à toutes nos actions ». Il a également salué un « progrès de la crise sanitaire, celui qui rapproche les sciences et la décision publique ». La mise en place du Comité de veille et d’anticipation des risques sanitaires (COVARS) « acte également cette volonté de coopération renforcée entre le savant et le politique ».

Thierry Damerval, PDG de l’ANR, a souligné les avancées de la recherche française et ses retombées en termes d’expertise. Il a également rappelé les grands objectifs qui ont guidé l’action de l’ANR afin de « couvrir largement les différentes et très nombreuses questions scientifiques et leur renouvellement régulier, touchant la biologie du virus et la physiopathologie de la maladie ; les mesures de protection, modélisation, épidémiologie ; les questions liées aux perceptions, comportements, croyances, confiance ; et les questions liées aux inégalités, à la cohésion sociale, à l'action publique ». Il a précisé que l’ANR avait continué, durant cette période, à soutenir tous les autres domaines de recherche « sur une base libre, non prescriptive » et que les financements mis en œuvre dans le cadre des appels à projets spécifiques pour soutenir d’urgence les recherches sur la Covid-19, n’ont pas conduit à écarter la recherche de plus long terme. L'ouverture et le partage des données scientifiques a été aussi l’un des engagements majeurs de l’Agence à travers la signature de l’appel du Wellcome trust « Sharing research date and findings relevant to the Covid-19 outbreak ».

« Les scientifiques ont œuvré sans relâche pour comprendre et lutter contre le SARS-CoV-2, dans l’urgence et sous tension » a renchéri Yazdan Yazdanpanah, directeur de l’ANRS l Maladies infectieuses émergentes, partenaire du colloque. Il a également souligné combien il était important que cette agence, dont le périmètre s’est étendu aux maladies infectieuses émergentes depuis 2021, travaille en coopération avec les autres financeurs de la recherche en France et au niveau international pour le bénéfice des chercheurs et de l’ensemble de la société. Il a salué la coopération déjà mise en place avec l’ANR qui permet une coordination des appels.

Une approche interdisciplinaire et holistique

Cette journée a montré que les projets financés par l’ANR couvrent un vaste champ, alliant les recherches fondamentales, la production de recommandations et les perspectives d’innovation* tout en mobilisant les différentes disciplines : sciences humaines et sociales, biologiques et médicales, physiques et chimiques, mathématiques et informatique. L’ANR a annoncé dès la fin février 2020 l’ouverture de sa première initiative en faveur du soutien à la recherche grâce à l’appel à projets Flash Covid**. De mars 2020 à avril 2021, une diversité d’outils de financement ont été mobilisés : fonds d’amorçage, financement rapide, projets de courte et de moyenne durées, appel à projets ouvert en continu, recherche-action ; ils ont permis une adaptation aux besoins des équipes de recherche. En proposant à la fois des questions précises et des thèmes plus génériques, les appels ont pu accompagner les dynamiques scientifiques dans leur diversité disciplinaire ou thématique, ainsi que l’émergence des questions (Covid long, apparition de variants, santé mentale…) au fur et à mesure du développement de l’épidémie.

Les interventions et les échanges lors des différentes sessions de cette journée se sont articulés autour de cinq grands thèmes (voir encadré). Ils ont ainsi mis en perspective des avancées significatives dans les sciences biologiques et médicales : sur le développement de modèles cellulaires et animaux permettant désormais de mieux appréhender les mécanismes de l’infection et son évolution, sur les facteurs de risques, mais aussi sur les mécanismes de réplication du virus dans la cellule, et les mécanismes de la réponse immunitaire. Des travaux sur l’élaboration de tests diagnostiques, sur la recherche de molécules antivirales s’appuyant sur le repositionnement de molécules, et sur l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques ont aussi été présentés. De plus, des résultats sur la modélisation de la dissémination du virus dans l’air à partir d’approches expérimentales et théoriques ont fait l’objet de présentations et de discussions. Plus largement, des échanges ont porté sur l’élaboration de modèle prédictifs ou de simulation de la propagation de l’épidémie, et de l’effet des mesures de préventions.

Ce colloque a aussi mis en évidence que la pandémie a été bien plus qu’une crise sanitaire, comme en témoignent le nombre et la diversité des projets soutenus en sciences humaines et sociales (23% des projets financés dans les appels à projets Covid-19) : l’étude des déterminants des représentations et des comportements face à l‘épidémie et aux mesures mises en place, l’impact des controverses sur la confiance et le rapport à la science, les effets en terme de renforcement des inégalités, de bien-être et de cohésion sociale, ou encore l’adaptation des pratiques mortuaires.

Sciences humaines et sociales

Une journée d’échanges axée autour de cinq grandes thématiques

La première session, Perceptions, comportements, croyances, confiance a abordé les dimensions humaines et sociales de la crise sanitaire et de sa gestion, et plus particulièrement les impacts sur les relations interpersonnelles, les rituels collectifs ou encore le sentiment de bien-être, sur le fonctionnement des institutions, la confiance dans les autorités politiques et sanitaires ou vis-à-vis des scientifiques, sur le rapport au risque, à la contagion, à la mort, l’évolution des croyances...

Une deuxième session, Biologie du virus et physiopathologie de la maladie, a permis de mettre en avant des projets de recherche ayant étudié la biologie du virus SARS-CoV-2, sa dissémination dans l’organisme, les réactions du système immunitaire et les organes cibles à travers les perspectives ouvertes par la mise au point de modèles primates non humains, les effets de la Covid-19 sur le système vasculaire, ou les bases génétiques et immunologiques des formes sévères de la maladie.

Une troisième session était dédiée aux traitements ou protocoles thérapeutiques dans la lutte contre le virus, Thérapeutiques, vaccins et mesures de protection. Parmi les projets présentés, la modélisation in silico du scanner thoracique ou tomodensitométrie (TDM) et les séquelles de la Covid-19, le développement de peptides inhibiteurs de fusion contre l’infection à SARS-CoV-2, ou encore les perspectives d’un vaccin nasal.

La session Modélisation et épidémiologie portait sur les données pertinentes et les perspectives ouvertes par la modélisation en temps réel des contaminations, s’agissant notamment de la transmission nosocomiale du virus et les interventions pour limiter son ampleur, ou de l’usage de la modélisation pour déterminer les modes de contamination par aérosols.

La dernière session Cohésion sociale, inégalités, action publique, a abordé les impacts de la crise du point de vue de la cohésion sociale et des inégalités, des conditions d’adaptation des organisations et des formes de l’action collective.

Une table ronde finale sur le thème « Produire des connaissances scientifiques en temps de crise ou la recherche au défi de l’urgence ! » a abordé les modes de soutien à la recherche et les conditions de production de connaissances pour l’action sanitaire en période d’urgence et l’articulation entre la recherche de long terme et la prise en compte des thèmes émergents. 

Au total, ce sont quelques 1000 inscrits, en ligne et en présentiel, qui ont pu suivre tout au long de la journée les prises de paroles et les présentations d’une partie des projets financés.

La journée s’est clôturée par les interventions et les remerciements de Philippe Bouvet, responsable du département Biologie-Santé de l’ANR, de Catherine Courtet, responsable scientifique au département Sciences humaines et sociales de l’ANR et de Dominique Dunon-Bluteau, directeur des opérations scientifiques de l’Agence tous trois membres de l’équipe en charge de la mise en œuvre des appels à projets Covid et initiateurs de ce colloque.

Un bilan plutôt positif de la recherche française...

Jean-François Delfraissy, ancien président du Conseil scientifique Covid-19 et président du Comité consultatif national d’éthique, a rappelé la nécessité de s’appuyer sur la science pour élaborer un certain nombre de connaissances, « qu’elles soient prises en compte ou non par les politiques ». Regrettant que la France ne soit pas parvenue à développer de vaccins, il a tenu à relativiser « les faits sont là : la France termine plutôt dans le peloton de tête des grandes démocraties, à la 6e position en termes de quantité de publications dans les grandes revues scientifiques ». La France se classe également en 2e position parmi les pays ayant la proportion de publications les plus citées sur l’ensemble des publications. Il est également revenu sur trois principales ruptures : l'accès aux données de surveillance, en temps réel, à l’image du modèle anglais « Ces données doivent être libérées pour la recherche » ; le rôle-clé de la recherche clinique en ville, « un trou dans la raquette » pour cette pandémie ; et l’importance de l'interface recherche, industrie et biotechnologies qu’il faut impérativement renforcer. Pour lui la crise n’est pas finie et « la meilleure réponse à une crise sanitaire est d’investir dans la recherche fondamentale » a-t-il insisté. Jean-François Delfraissy a aussi salué la forte présence de la communauté en sciences humaines et sociales.

Laëtitia Atlani-Duault, directrice de recherche IRD, anthropologue, vice-présidente du Haut Conseil de la santé publique, souligne que les appels à projets de l’ANR ont « permis un élargissement des types de projets, des thématiques traitées » et de la communauté scientifique mobilisée, cette diversité d’approche étant nécessaire non seulement pour comprendre les crises liées aux maladies infectieuses, mais plus largement les crises sanitaires.

...et des enseignements pour l’avenir 

Les échanges de ce colloque ont été nourris par la présentation de résultats scientifiques obtenus par les projets financés dans les appels à projets Covid-19 de l’ANR, et dans les programmes de France 2030. Ils ont également été enrichis par les synthèses des réponses des coordinateurs et des coordinatrices de projet à un questionnaire portant sur les effets de l’épidémie sur l’organisation de leur travail de recherche, sur les thèmes de recherche et les problèmes apparaissant prioritaires ou susceptibles d’émerger à court et plus long termes.

Dominique Costagliola, biomathématicienne et épidémiologiste, directrice de recherche émérite à l’Inserm, a insisté sur la question de la disponibilité et de la qualité des données, indispensables à la modélisation et au suivi épidémiologique de la dynamique de l’épidémie. Elle a également évoqué la nécessité de mieux prendre en compte les questions juridiques et règlementaires, parfois incompatibles avec la production de connaissances ou d’indicateurs dans l’urgence. « Il faut désormais réfléchir à un cadre où ces données complexes, publiques comme privées, pourraient être accessibles, et mettre en place des outils opérationnels ». Elle a également appelé à une surveillance « innovante », comme par exemple l’analyse de la présence du SARS-CoV-2 dans les eaux usées donnant une indication du niveau de circulation du virus, et qui pourrait, à l’avenir, être utilisée pour d’autres agents pathogènes.

Lors de la table ronde qui a conclu cette journée, Arnaud Fontanet, médecin épidémiologiste et responsable de l’équipe Epidémiologie des maladies infectieuses à l’Institut Pasteur, est également revenu sur l’importance du développement de réseaux de surveillance intégrée qui prendraient en compte le monde animal, alertant sur l’exemple récent de contamination d’élevage de visons par la grippe aviaire (virus H5N1) en Espagne.  Il a également insisté sur le rôle des aérosols dans la transmission des maladies respiratoires qui appelle des travaux pluridisciplinaires entre physiciens, virologues et épidémiologistes.

Christine Musselin, directrice de recherche CNRS au Centre de sociologie des organisations (CSO) a rappelé l’importance d’étudier la pandémie au prisme des sciences humaines et sociales, celle-ci ayant touché l’ensemble de la vie sociale. Si ce colloque permet un premier bilan des connaissances acquises sur le virus, sur les multiples dimensions de la pandémie, sur les inégalités qu’elle a creusées mais aussi sur l’organisation de la recherche elle-même et les réponses qu’elle a permis d’apporter, il est fondamental de mener une réflexion en deux temps : celui de la pandémie, et une fois la crise pandémique passée a-t-elle précisé. « Une étape est aujourd’hui franchie mais il reste encore beaucoup de choses à découvrir, notamment s’agissant des effets à plus long terme sur les populations les plus précaires, sur l’accès aux soins, sur la santé mentale, sur la résilience, individuelle et collective, ou encore sur l’éthique de la santé ».

Antoine Flahault, professeur et directeur de l’Institut de santé globale à l’Université de Genève, a fait valoir les « extraordinaires atouts de la recherche en France ». « Mais on peut et on doit se poser la question : quels sont les vrais problèmes face auxquels nous ne sommes pas encore prêts si une nouvelle pandémie survient ? ». Il a également mis l'accent sur le caractère essentiel de la veille sanitaire - sans laquelle nous risquons la « myopie » -, et de la recherche dans ce domaine. 

Jean-François Delfraissy a rappelé à quel point la production de connaissances sur les maladies infectieuses s’inscrit dans le temps long des différentes crises (Chikungunyai, H1N1…) et dans celui de la recherche fondamentale : « la meilleure réponse aux crises sanitaires est d’investir dans le fondamental ». La création de capacités pérennes d’analyse, de plateformes est nécessaire pour « être capable de travailler plus vite et de constituer une capacité de réaction dans l’urgence », comme le précise Simon Cauchemez, responsable de l’unité Modélisation mathématique des maladies infectieuses, de l’Institut Pasteur.

Bruno Canard, directeur de recherche CNRS au laboratoire Architecture et fonctions des macromolécules biologiques (AFMB) de Marseille a souligné la réactivité de la mise à disposition de moyens dans l’urgence, mais a déploré que la recherche française sur les virus émergents ait été peu soutenue dans le passé. Il a indiqué combien il est nécessaire d’appuyer à la fois la production de connaissances fondamentales « qui balaye extrêmement large », y compris sur les virus émergents, et de développer une recherche fondamentale anticipatrice pour constituer le socle de partenariats publics/privés sur la conception de médicaments et de vaccins.

Bruno Lina, professeur et directeur du laboratoire Virologie et pathologie humaine - Virpath, a rappelé « à quel point ce peut être difficile d’être pris à la fois dans le temps de la prise en charge et celui de la recherche du traitement ».

« La Covid n’est pas terminée » a alerté Brigitte Autran, présidente du Comité de veille et d’anticipation des risques sanitaires (COVARS), en concluant ainsi cette journée. « Nous avons besoin d’une veille, d’une surveillance scientifique. Il y a un vrai besoin d’anticipation de la prise en charge des risques sanitaires par le financement de projets à hauts risques, probablement au niveau européen. Par ailleurs, dans notre feuille de route, les SHS sont le commun dénominateur des réflexions du COVARS. Et aujourd’hui, la composante One Health, celle du changement climatique, et la nécessité de recruter de jeunes chercheurs sont très importantes pour nous aider à mieux anticiper les risques sanitaires à venir. »

En clôture de ce colloque, la ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, Sylvie Retailleau, a salué « l’engagement de tous les acteurs scientifiques de la recherche dans la lutte contre le Covid-19 » qui a été majeur et a conduit parfois à modifier les façons de travailler, et « une démarche, celle du bilan analytique » du retour d’expérience « pour mieux construire une stratégie d’anticipation et de réponse aux crises sanitaires ». La ministre est également revenue sur « ce que nous avons fait de moins bien » pour en tirer les enseignements, notamment en terme de coordination entre les acteurs de la recherche en situations de crise.  Elle a insisté sur l’importance de prendre en compte le temps long et la recherche amont, que ce soit sur la Covid-19 ou plus généralement sur les maladies infectieuses émergentes et sur la complémentarité de l’ANR et de l’ANRS l Maladies infectieuses émergentes. Elle a également évoqué « l’ambition très forte pour la recherche biomédicale » d’assurer la transformation en produit de soin au service de nos concitoyens, « c’est dans cette optique que le gouvernement se mobilise aussi fortement pour assurer le transfert des résultats de la recherche vers ces produits de santé ».

En résonance avec le caractère systémique de la crise sanitaire et avec la diversité des disciplines mobilisées dans les projets financés, ce colloque a permis le dialogue entre différentes disciplines scientifiques. La qualité de ce dialogue, comme celle des résultats obtenus dans les projets, a reflété la grande mobilisation de la communauté scientifique face à l’ampleur de cette crise sanitaire et son souci de préparer les réponses au crises futures. Face à l’accélération des crises sanitaires et l’étendue de leurs impacts, les défis posés aujourd’hui à la communauté scientifique sont multiples et capitaux : entre pluridisciplinarité et coopération, entre recherche de long terme et production de connaissances fiables dans l’urgence pour l’action, entre analyse rétrospective et prise en compte des thèmes émergents.

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Covid-19 premier rapport d’étape des actions et des projets financés

Covid-19 : le panorama des 279 projets de recherche financés entre mars 2020 et avril 2021

 

*Les projets financés ont donné lieu à 21 brevets (dont 19 sont déjà déposés et 2 en cours de dépôt), la création d’un algorithme en accès libre et d’une start-up BrightSens Diagnostics. De nombreux travaux ont débouché sur la transmission de données, de résultats, de notes, de recommandations ou ont fait l’objet d’audition auprès de différentes instances.

**Les trois appels à projets – Flash, RA (recherche-action) et Résilience – lancés en urgence par l’ANR en 2020 et 2021 pour répondre à l’épidémie de Covid-19, ont conduit à ce jour à 795 publications, dont 93 dans des journaux de premier plan. Plus de 95 % des publications sont en accès libre, résultat conjoint de la politique de l’ANR en matière de science ouverte et de l’action des éditeurs en faveur de l’accès libre aux publications Covid-19 afin de favoriser une diffusion rapide des résultats de recherche.

Last updated on 27 February 2023
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