Les îles australes, des sentinelles pour mieux comprendre les panzooties

Par Anne-Sophie Boutaud

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Mis à jour le 26/03/2026

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26/03/2026

Les îles australes, des sentinelles pour mieux comprendre les panzooties

Partie d’Asie à la fin 2020, l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) du virus H5N1¹ s’est rapidement propagée à l’échelle mondiale. Menace croissante pour les populations de vertébrés sauvages, cette panzootie² a atteint des territoires particulièrement reculés du globe, jusqu’aux Terres australes et antarctiques françaises (TAAF) en octobre 2024³. Dans ce laboratoire naturel, refuge d’une biodiversité endémique unique, Thierry Boulinier, écologue et directeur de recherche CNRS au Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive⁴ étudie les oiseaux marins, leurs parasites et les circulations d’agents pathogènes à travers plusieurs projets soutenus par l’ANR.

Qu’est-ce qu’une zoonose et qu’entend-on par maladie vectorielle ?

Thierry Boulinier : Une zoonose est une maladie infectieuse pouvant se transmettre entre animaux et humains, dans un sens ou dans l’autre. La majorité des maladies infectieuses humaines sont d’origine animale : certaines se transmettent aujourd’hui exclusivement entre humains ; d’autres conservent des passages possibles depuis des réservoirs animaux. Les maladies vectorielles, quant à elles, impliquent un arthropode – moustique, tique – qui assure la transmission de l’agent infectieux. Plusieurs facteurs favorisent l’émergence et la diffusion de ces maladies : la destruction des habitats naturels et l’intensification des contacts avec la faune sauvage, la mondialisation des échanges, le développement des élevages industriels, le réchauffement climatique. Et ces dynamiques interagissent à l’échelle planétaire.

Pourquoi avoir choisi les oiseaux marins polaires comme modèles d’étude ?

T. B. : Je travaille depuis longtemps sur les oiseaux marins, leurs parasites et leurs pathogènes. Ces espèces se reproduisent en colonies parfois immenses, sur des îles dispersées à l’échelle du globe. En zone polaire, la reproduction est fortement synchronisée sur de courtes périodes estivales. Ces conditions créent des opportunités uniques pour étudier la transmission des agents infectieux : de fortes densités favorisant les contacts directs, des parasites – comme les tiques – capables de persister sur les sites et d’attendre le retour des hôtes, et une faible diversité spécifique simplifiant l’analyse des réseaux de transmission. Ces oiseaux vivent longtemps (plus de 50 ans pour certains albatros) et présentent une grande fidélité à leur site de reproduction. Cela permet d’étudier la dispersion des pathogènes de l’échelle individuelle à l’échelle océanique, mais aussi les interactions répétées entre un hôte et un agent infectieux au fil du temps.

Certaines espèces sauvages transmettent-elles plus facilement des virus aux animaux domestiques ?

T. B. : La question est complexe. Les espèces diffèrent par leur sensibilité ou leur tolérance à l’infection, leur capacité à excréter le virus, leurs comportements migratoires ou grégaires, et leurs interactions avec les élevages. Comprendre ces différences nécessite une connaissance fine de l’écologie des espèces en relation avec celle des pathogènes, ce qui fait encore défaut pour de nombreux taxons sauvages. Nos travaux sur les flavivirus d’oiseaux marins, transmis par des tiques spécifiques, montrent par exemple que ces virus circulent largement indépendamment des systèmes continentaux. En les étudiant dans les TAAF, mais aussi en Méditerranée, en Bretagne ou dans l’Arctique, nous cherchons à comprendre leur maintien et leur dispersion à l’échelle globale. En parallèle, nous travaillons comparativement avec des collègues sur la circulation de tels agents dans des systèmes terrestres en France hexagonale, impliquant notamment la tique ubiquiste Ixodes ricinus5.

Comment l’approche One Health s’intègre dans vos travaux ?

T. B. : Cette approche repose sur l’idée que la santé animale, la santé humaine et la santé des écosystèmes sont étroitement liées. Scientifiquement, elle exige des approches interdisciplinaires. Longtemps, l’attention s’est portée sur les systèmes étroitement liés aux activités humaines, comme les animaux d’élevage ou les espèces chassées. Mais la panzootie actuelle d’IAHP, qui a entraîné une mortalité sans précédent chez les mammifères et les oiseaux marins, souligne l’importance d’intégrer aussi des espèces sauvages éloignées des activités humaines directes. L’évolution des systèmes immunitaires, les comportements et les déplacements d’espèces aux écologies variées doivent être pleinement intégrés dans cette approche.

Quels sont les principaux résultats de vos recherches ? La vaccination des animaux sauvages, par exemple, devrait-elle être envisagée comme une mesure préventive pour certaines espèces ?

T. B. : Les financements de l’ANR nous ont permis de développer des suivis à long terme et des projets, dans la continuité, combinant approches fondamentales et appliquées comme REMOVE_DISEASE6, ECOPATHS7 ou WILDFLU8. REMOVE_DISEASE vise à évaluer les effets de la restauration d’écosystèmes insulaires par l’éradication de mammifères introduits (rats, chats) sur les dynamiques épidémiologiques menaçant les espèces natives, notamment sur l’île Amsterdam ; ECOPATHS a pour ambition d’explorer la circulation des agents infectieux dans les TAAF en intégrant explicitement les questions de gestion, dont l’optimisation de la surveillance et l’intérêt potentiel de la vaccination en populations sauvages ; et WILDFLU cherche à analyser la diffusion et les impacts de l’IAHP chez la faune sauvage, en particulier les oiseaux marins, leur rôle dans la dispersion du virus, leur résistance différentielle et leurs spécificités immunitaires.

Nous avons récemment montré que le manchot royal vacciné avec un vaccin à ARN messager utilisé chez les canards développe une réponse immunitaire forte et persistante, observée sur plus de 250 jours, couvrant la période d’élevage des poussins9. Nos travaux avaient mis en évidence que chez une espèce de puffin, des anticorps maternels transmis via le jaune d’œuf persistent plusieurs semaines chez le poussin. Cette découverte ouvrait la possibilité de vacciner des femelles d’albatros afin de protéger indirectement leurs jeunes contre d’autres pathogènes fortement létaux, comme le choléra aviaire sur l’île Amsterdam.

Ces recherches, menées également dans les archipels de Crozet et de Kerguelen avec le soutien de l’Institut polaire français (IPEV), visent à mieux comprendre les dynamiques éco-épidémiologiques à long terme et à inscrire pleinement la faune sauvage dans une approche One Health capable d’anticiper les crises sanitaires globales. La vaccination des espèces sauvages soulève aussi des questions éthiques : jusqu’où intervenir ? Quels risques accepter ? Comment arbitrer entre conservation de la biodiversité, protection des écosystèmes et prévention sanitaire ? Ces décisions doivent s’appuyer sur des données scientifiques fiables, reposer sur des approches interdisciplinaires et faire l’objet d’un débat collectif.

En quoi vos recherches peuvent-elles éclairer l’action publique ?

T. B. : Certaines ont des implications directes pour la santé animale ou humaine, comme les recherches sur les tiques vectrices de la bactérie responsable de la maladie de Lyme ou sur l’IAHP. D’autres concernent d’abord la conservation. L’albatros d’Amsterdam, par exemple, ne se reproduit que sur l’île Amsterdam. Or, des épizooties de choléra aviaire tuent chaque année une grande proportion des poussins d’autres albatros de la même île. Faut-il envisager des moyens de protéger ces espèces ? Ces enjeux ne concernent pas directement la santé humaine, mais ils participent à la prévention d’extinctions dans des systèmes déjà fragilisés par la surexploitation marine, le changement climatique ou l’introduction d’espèces invasives. Il s’agit aussi de mieux intégrer la faune sauvage dans les dispositifs de surveillance et de gestion, afin d’anticiper les crises plutôt que d’y répondre dans l’urgence.

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En savoir plus

Projet ECOPATHS

Soutenu dans le cadre de l’Appel à projets générique 2021 de l’ANR

Partenariat

  • CEFE – Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CNRS, EPHE - PSL, IRD, Université de Montpellier)
  • LSAn Anses – Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
  • LAS – Laboratoire d'anthropologie sociale (Collège de France, CNRS, EHESS)

https://anr.fr/Projet-ANR-21-CE35-0016

Projet Remove_Disease

Soutenu dans le cadre de l’appel BiodivRestore – Conservation et restauration des écosystèmes dégradés et de leur biodiversité, y compris les systèmes aquatiques

Partenariat

  • CEFE – Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CNRS, EPHE - PSL, IRD, Université de Montpellier)
  • MARE – Marine and Environmental Sciences Center
  • ISPA – Instituto Universitário
  • FitzPatrick Institute of African Ornithology – University of Cape Town
  • Nelson Mandela University
  • BirdLife South Africa
  • Réserve naturelle nationale des Terres australes
  • Falklands Conservation
  • BirdLife International

https://anr.fr/Projet-ANR-21-BIRE-0006

Projet WILDFLU

Soutenu dans le cadre de l’Appel à projets générique 2025 de l’ANR

Partenariat

  • CEFE Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CNRS, EPHE - PSL, IRD, Université de Montpellier)
  • Institut Pasteur
  • Anses

https://anr.fr/Projet-ANR-25-CE35-0691

1 Du clade 2.3.4.4b.
2 Une épizootie est la propagation rapide d’une maladie infectieuse chez un grand nombre d’animaux d’une même espèce ou de plusieurs espèces dans une région donnée. Une panzootie est une épizootie qui s’étend à l’échelle mondiale ou intercontinentale.
3 Clessin A. et al. (2025) Circumpolar spread of avian influenza H5N1 to southern Indian Ocean islands, Nature Communications, 16(8463). https://www.nature.com/articles/s41467-025-64297-y
4 Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE, CNRS/EPHE - PSL/IRD/Université de Montpellier)
5 Par exemple, via le projet ANR JCJC MoZArt de Raphaëlle Métras, épidémiologiste à l’Inserm https://anr.fr/Projet-ANR-22-CE35-0003
6 Le projet REMOVE_DISEASE est déployé au niveau international avec une équipe portugaise (ISPA, MARE), des équipes sud-africaines (Nelson Mandela University, UCT) et une équipe américaine (Cornell University). https://anr.fr/Projet-ANR-21-BIRE-0006
7 Le projet ECOPATHS implique comme partenaires l’Anses (Unité des zoonoses bactérienne, Maisons-Alfort) et le Laboratoire d’anthropologie sociale (LAS, Collège de France/CNRS/EHESS). https://anr.fr/Projet-ANR-21-CE35-0016
8 Le projet WILDFLU implique comme partenaires l’Anses (Unité de virologie immunologie parasitologie aviaires et cunicoles du Laboratoire national de référence sur l’influenza aviaire de Ploufragan), et le LAS. Ces projets sont aussi soutenus par une convention avec le Ceva Wildlife Research Fund, les initiatives du CNRS sur la grippe H5N1 et les suivis à long terme en écologie et évolution SEE-Life. https://anr.fr/Projet-ANR-25-CE35-0691
9 Lejeune M. et al. (2026) Vaccination against H5HP avian influenza virus leads to persistent immune response in wild king penguins, Nature Communications, 17(1395). https://www.nature.com/articles/s41467-026-69094-9

Illustration : Test rapide de détection d’antigènes de la grippe A sur le terrain à partir de la carcasse d’un éléphant de mer. Combinées à l’analyse des séquences de virus et aux connaissances acquises sur l’écologie des hôtes, ces approches ont permis une réponse scientifique rapide face à l’émergence de l’IAHP dans des territoires isolés riches en biodiversité. © Jérémy Tornos/Mathilde Lejeune/CEFE-CNRS/IPEV

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