Concomitant Identification, AntiBIOtic ResIstance and Virulence evaluation of bacterial pathogens with targeted mass spectrometry

Les septicémies sont responsables de 200 à 350 000 décès par an en Europe et en Amérique du Nord.

Le délai d'identification (ID) et des tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) du/des agents responsables de la bactériémie a une incidence sur le délai d'administration du traitement antibiotique approprié et donc sur l’efficacité de la prise en charge. Si l’arrivée de la spectrométrie de masse MALDI-TOF a raccourci le délai de l’ID, l’AST repose encore sur les tests de croissance en présence d’antibiotiques et n’est accessible qu’après 24 à 48h post positivité des hémocultures. Malgré leur rapidité, les panels limités des tests moléculaires et leur coût restent un frein pour une utilisation en routine.

IDBIORIV vise à développer une méthode de diagnostic rapide en fournissant en 90 min post-positivité l’ID et la prédiction de l’AST d'un pathogène.

La méthode repose sur une analyse protéomique par spectrométrie de masse ciblée qui échantillonne un large panel de peptides marqueurs issus de la lyse des protéines ID et des effecteurs de la résistance (AMR) des micro-organismes. La méthode IDBIORIV combine robustesse et capacité de multiplexage élevée.

Le panel IDBIORIV comprend 113 espèces dont Candida, ainsi que les principaux mécanismes d’AMR cliniquement pertinents.

L’année 5 du projet IDBIORIV a permis de finaliser le traitement des données de la validation analytique notamment du groupe des Entérobactéries (WP2.1) et de consolider le traitement logiciel du signal à la fois sur l’identification et de prédiction de résistance (module CMI predict WP3).

Les développements de la méthode (WP2) se sont poursuivis tel que l’intégration des mécanismes de perméabilité impliqués dans la résistance aux Carbapèmes chez les Enterobactéries et la détection de la résistance aux FQuinolones – en cours d’évaluation.

Une vingtaine de services cliniques des Hospices Civils de Lyon participent à la cohorte clinique (WP3). Les inclusions des 1ers patients ont démarrées fin Mars 2024