Ecosystèmes d'excellence Recherches Hospitalo-universitaires en santé

Concomitant Identification, AntiBIOtic ResIstance and Virulence evaluation of bacterial pathogens with targeted mass spectrometry

IDBIORIV

Mots-clés : Shortened infection diagnosis, sepsis, targeted mass spectrometry, antibiotic resistance, bacterial virulence

Résumé

L’OMS a placé la lutte contre les maladies infectieuses comme une priorité sanitaire mondiale. Les septicémies sont responsables de 200 à 350 000 décès par an en Europe et en Amérique du Nord. 

Le délai d'identification (ID) et des tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) du/des agents responsables de la bactériémie a une incidence sur le délai d'administration du traitement antibiotique approprié et donc sur l’efficacité de la prise en charge. Si l’arrivée de la spectrométrie de masse MALDI-TOF a raccourci le délai de l’ID, l’AST repose encore sur les tests de croissance et n’est accessible qu’après 24 à 48h post positivité. Malgré leur rapidité, les panels limités des tests moléculaires et leur coût élevé restent un frein pour une utilisation en routine. 

IDBIORIV vise à développer une méthode de diagnostic rapide du sepsis en fournissant en 90 min post-positivité, l’ID et la prédiction de l’AST de pathogène via une analyse protéomique par spectrométrie de masse ciblée présentant des capacités de multiplexage élevées.

Le panel comprend 113 espèces dont Candida, ainsi que les principaux mécanismes d’AMR cliniquement pertinents.

2023 a permis de finaliser l’étape de validation analytique WP2, d’optimiser le volet logiciel et le module CMI predict, de démarrer les étapes administratives de la cohorte clinique WP3 et de poursuivre l’étude des bases moléculaires de la variation d’expression des protéines (WP4).

Plus 4000 hémocultures artificielles (2000 souches CNR) ont été analysées (T2.3.1) afin de valider la sélection des meilleurs peptides signatures d’ID et d’AST.

Un 4ème filtre de sélection de peptide a été développé dans le logiciel prototype IDBIORIV. Le flux acquisition/traitement du signal a été optimisé avec la mise à jour du logiciel SCIEX OS.

CMI predict (T3.2) a intégré les données protéomiques réelles pour Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa permettant d’obtenir les premiers résultats.

Cohorte clinique (WP3): Avis favorable du CPP 7/11/ 2023.

 

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Informations générales

Acronyme projet : IDBIORIV
Référence projet : 18-RHUS-0013
Région du projet : Auvergne-Rhône-Alpes
Discipline : 5 - Bio Med
Aide PIA : 5 719 814 €
Début projet : novembre 2019
Fin projet : mai 2026

Coordination du projet : François VANDENESCH
Email : francois.vandenesch@univ-lyon1.fr

Consortium du projet

Etablissement coordinateur : Hospices Civils de Lyon
Partenaire(s) : AB SCIEX LP, Université de Lyon I (Claude Bernard)

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