Concomitant Identification, AntiBIOtic ResIstance and Virulence evaluation of bacterial pathogens with targeted mass spectrometry

Les septicémies sont responsables de 200 à 350 000 décès par an en Europe et en Amérique du Nord. 

Le délai d'identification (ID) et des tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) du/des agents responsables de la bactériémie a une incidence sur le délai d'administration du traitement antibiotique approprié et donc sur l’efficacité de la prise en charge des patients. Si l’arrivée de la spectrométrie de masse MALDI-TOF a raccourci le délai de l’ID, l’AST repose encore sur les tests de croissance en présence d’antibiotiques et n’est accessible qu’après 24 à 48h post positivité des hémocultures. Malgré leur rapidité, les panels limités des tests moléculaires et leur coût élevé restent un frein pour une utilisation en routine. 

IDBIORIV vise à développer une méthode de diagnostic rapide du sepsis en fournissant en 90 min post-positivité l’ID et la prédiction de l’AST d'un agent pathogène. 

Cette méthode repose sur une analyse protéomique par spectrométrie de masse ciblée qui échantillonne un large panel de peptides marqueurs issus de la lyse des protéines ID et des effecteurs de la résistance (AMR) des micro-organismes. La méthode IDBIORIV combine robustesse et des capacités de multiplexage élevées.

Le panel IDBIORIV comprend 113 espèces associés aux bactériémies et fongémies dont Candida, ainsi que les principaux mécanismes d’AMR cliniquement pertinents.

L’année 6 du projet IDBIORIV s’est principalement focalisée sur 4 axes :

1/ Les inclusions de patients au sein de la cohorte clinique (WP3): Les inclusions des 1ers patients ont démarrées fin Mars 2024. Après recommandations du SAB, un amendement a été validé par le CPP afin d’ajouter 4 services d’Accueil des Urgences des Hospices Civils de Lyon pour inclure des patients dans la cohorte clinique. Ces services ont permis d’augmenter de 50% le taux de recrutement des patients au sein de la cohorte. 740 patients sont inclus dans la cohorte (au 16/03/2026)

2/ L’intégration dans les méthodes de suivi de la résistance (WP2) des mécanismes de perméabilité (porines + pompes d’efflux) impliqués dans la résistance aux Carbapèmes chez les Enterobactéries ainsi que la détection de la résistance aux Fluro-Quinolones. Ces 2 méthodes sont actuellement évaluées chez les patients de la cohorte. 

3/ L’optimisation de la méthode de Virulence chez S. aureus (WP2 et WP4).

4/ Le démarrage de l’évaluation de l’instrument robotisé de préparation d’échantillon protéomique (WP7) depuis Novembre 2025 aux HCL et 1er tests de consommables.