Transfert par conjugaison bactérienne de gènes d’antibiorésistance portés par des plasmides à des bactéries de l’environnement dans des systèmes de production agricoles irrigués par des eaux usées – CONTRA

Le changement climatique limite la disponibilité de l’eau pour irriguer les cultures, menaçant ainsi la sécurité alimentaire mondiale. En réponse, l’utilisation des effluents d’eaux usées pour l’irrigation devient une nécessité. Les eaux usées contiennent des résidus d’antibiotiques et d’autres micropolluants, des bactéries résistantes aux antibiotiques excrétées par l’homme, ainsi que les gènes de résistance aux antibiotiques et les éléments génétiques mobiles qu’elles transportent. On ne connait pas bien l’impact des eaux usées sur le réservoir de résistance aux antibiotiques dans les agrosystèmes irrigués. De même, le risque de transmission de gènes de résistance du microbiome des effluents au microbiome du sol ou des cultures reste inconnu. Ces connaissances sont nécessaires pour déterminer le risque de cette pratique pour la transmission de la résistance aux antimicrobiens. Si tel était le cas, les informations obtenues seraient utilisées pour éclairer les politiques et les pratiques régissant la qualité acceptable de l’eau utilisée dans divers scénarios d’irrigation. La recherche proposée caractérisera les plasmides (plasmidome) des effluents municipaux. Le séquençage métagénomique à lecture longue sera utilisé pour étudier les plasmides et les gènes de résistance aux antibiotiques qu’ils portent. Les associations plasmide-hôte seront établies en utilisant l'approche Hi-C. Les associations entre la composition des plasmides et la structure de la communauté seront recherchées à l'aide de l’intelligence automatique. In vitro, la présence de concentrations d'antibiotiques assez faibles peut augmenter la fréquence de conjugaison. Cela sera exploré dans les communautés du sol et de la phyllosphère. Le groupe de Hong Kong apportera sa vaste expérience des outils bioinformatiques déployés sur le séquençage à lecture longue et métagénomique. Le groupe français entreprendra des expériences d'irrigation des cultures et possède une vaste expérience en bactériologie.