Antigènes issus d'éléments transposables dans le cancer – TEA-CA

Les éléments transposables (ETs) sont des séquences d’ADN capables de se déplacer dans le génome et représentent près de 50% du génome humain contre seulement 3 à 4 % pour les gènes codant pour des protéines. Dans le cancer, les ETs sont hypométhylés et il a été montré que certains peuvent coder pour des peptides qui sont présentés par les molécules HLA de classe I. Dans ce projet, nous souhaitons identifier, à l’aide d’une approche protéo-génomique, les ETs codant pour des peptides antigéniques dans différents types de tumeurs sélectionnées en fonction de leur taux de mutation et d’identifier si les peptides sont partagés ou spécifiques à un type tumoral. Ainsi, nous proposons d’analyser (i) l’expression des ETs à l’échelle transcriptomique en utilisant des données séquencées en masse ou à l’échelle de la cellule unique, (ii) d’identifier par immunopeptidomique les peptides dérivés d’ETs, (iii) de détecter des clones de lymphocytes T spécifiques chez des patients d'un peptide donné par utilisation de tétramères en cytométrie de flux et (iv) de développer un algorithme de prédiction de l’immunogénicité des peptides dérivés d’ETs. Nos résultats contribueront à une meilleure compréhension du rôle des ETs dans le cancer et à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques en immunothérapie.