"What's up, Noc ?" : Apport du séquençage pour l'évaluation rapide de la sensibilité aux antibiotiques chez Nocardia, une étude de preuve de concept – WhatsUpNoc

La nocardiose est une infection opportuniste sévère causée par des bactéries du genre Nocardia. Le traitement de la nocardiose est difficile car le genre Nocardia comprend plus de 100 espèces, chacune ayant un profil spécifique de sensibilité aux antibiotiques. Certains antibiotiques sont actifs contre un large panel d'espèces de Nocardia, mais leur utilisation est associée à des effets secondaires parfois graves. De plus, les résultats des tests de sensibilité aux antibiotiques sont obtenus après plusieurs semaines. Il existe donc un besoin urgent de développer une approche microbiologique rapide permettant i) d’obtenir une identification fiable d’un isolat de Nocardia au niveau de l’espèce et ii) d’identifier la présence de mécanismes de résistance par la détection de gènes bactériens.
Notre objectif est d'évaluer la faisabilité d’obtenir un « antibiogramme moléculaire » pour guider le traitement antibiotique initial de la nocardiose, à travers une approche transrationnelle :
A-Approche microbiologique fondamentale comparant les données génomiques (séquençage de génomes complets, WGS) et phénotypiques (antibiogrammes et mesures de CMI in vitro) de 500 isolats de Nocardia représentant les espèces les plus fréquemment impliquées dans les infections humaines. L'étape A comprend la détermination de la sensibilité aux antibiotiques, le séquençage, et l’annotation des génomes (WP1), la corrélation des données phénotypiques et génotypiques (WP2). Une validation expérimentale des gènes candidats de résistance identifiés sera réalisée par manipulation génétique chez Nocardia (WP3).
B-Évaluer la faisabilité de l'utilisation du WGS dans la prise en charge des patients infectés (WP4), en utilisant une méthode de séquençage en une journée ("one shot", Nanopore). Cette étape impose d’élaborer un outil d'analyse bioinformatique puis de l’appliquer à une cohorte prospective multicentrique (30 patients).