Identification des principaux mécanismes de contrôle de la réponse immunitaire adaptative au niveau du foie – PLAIR

Le foie est connu pour ses capacités à réguler la réponse immunitaire. Cependant, l’existence de maladies auto-immunes du foie démontre que la tolérance hépatique a des limites. Bien que le rôle de la réponse immunitaire adaptative soit impliquée, il est encore difficile de définir le rôle exact des lymphocytes T CD4 dans ce processus auto-immun. Nos résultats préliminaires ont permis de définir la signature transcriptomique et phénotypique des lymphocytes T CD4 auto-réactifs dérivés du foie chez les patients ayant une maladie auto-immune hépatique. Chez la souris nous démontrons que cette signature est une empreinte de l’environnement hépatique. Nous émettons l'hypothèse que les voies moléculaires associées à ces cellules sont impliquées dans le processus d'auto-immunité dans le foie, qui est probablement dépendent d’une réponse immunitaire adaptative complète au niveau du tissue. Notre objectif est de démontrer l’implication de la réponse adaptative humoral au niveau du tissue atteint, et de valider fonctionnellement le rôle des voies moléculaires des lymphocytes T CD4 auto-réactifs dans le processus d’auto-immunité hépatique. Ceci permettra de mieux comprendre comment les cellules auto-réactives peuvent échapper à la tolérance locale dans le foie. Ce projet comprend trois axes. Axe 1 : Caractérisation de la réponse humorale auto-réactive dépendante des lymphocytes T dans le foie. Cet axe est basé sur une analyse des lymphocytes circulants et infiltrant le foie par une approche en cellule unique et en transcriptomique spatiale, et par un croisement des répertoires des récepteurs de la réponse immune adaptative (TCR et BCR). Les séquences complètes des BCR et TCR présents dans les structures lymphoïdes tertiaires dans le tissue seront recherchées dans le sang pour une reconstruction in vitro. Ces BCR et TCR seront étudiés pour leurs réactivités antigéniques. Axe 2 : Etude de la fonction des lymphocytes T CD4 auto-réactifs dérivés du foie. Nos résultats préliminaires ont permis de définir le phénotype précis de ces cellules en circulation. Elles représentent moins de 1% des lymphocytes T CD4. Grâce à une approche optimisée du séquençage de l’ARN en mini-bulk pour faible nombre de cellules (500 à 1000 cellules par conditions), les lymphocytes T CD4 auto-réactifs dérivés du foie seront caractérisées pour leur profil fonctionnel par des tests en culture in vitro (production en cytokines, fonction B helper, sensibilité aux mécanismes régulateurs …). Axe 3 : Identification des voies qui contrôlent les cellules T auto-réactives localement dans le foie. Pour répondre à cet axe, la stratégie de blocage, l'invalidation ou l’induction de gènes (notamment par l’utilisation de vecteur associé aux adénovirus (AAV)), la déplétion et le transfert cellulaire seront utilisés dans notre modèle préclinique murin dédié à l’étude de la réactivité vis-à-vis d’un antigène hépatocytaire au niveau du foie. Plus précisément, cet axe visera à identifier les signaux qui contrôlent la réponse immune localement et qui participent à la chronicité des dommages hépatique. Notre capacité à analyser finement les biopsies hépatiques, à détecter les rares lymphocytes T CD4 auto-réactifs dérivés du foie recirculant et étudier les prémisses de la réponse adaptative vis-à-vis d’un antigène hépatique, dans notre modèle préclinique, font de ce projet un projet qui a l’ambition d’identifier de nouvelles voies moléculaires contrôlant l’immunité adaptative dans le foie. Ces nouvelles découvertes pourront être mobilisées par des approches thérapeutiques futures