Dynamique des prophages intestinaux – DynaProGIT

Les microbes du tractus gastro-intestinal (TGI), parmi lesquels les bactéries et leurs virus (phages) sont les plus abondants, sont associés à la santé humaine. Cependant, on sait peu de choses sur les causes et les conséquences de l'induction de prophages dans le TGI sain et inflammé, ce dernier ayant un fort impact sur le métabolisme des acides biliaires. Le projet DynaProGIT vise à caractériser la dynamique des prophages dans le TIG sain et inflammé, y compris le rôle des acides biliaires secondaires, et à évaluer l'impact des prophages induits sur les pathogènes opportunistes. DynaProGIT utilisera une lignée murine isobiotique (OMM12), dans laquelle les bactéries et les prophages sont connus et peuvent être suivis de manière spécifique. Ce modèle murin est également permissif à des bactéries supplémentaires qui fournissent des voies métaboliques spécifiques (modifications des acides biliaires), ce qui le rend aussi flexible que possible pour ces études. Ayant montré que le pathogène Clostridiodes difficile colonise le tube digestif des souris OMM12 et induit une inflammation rapide, nous étudierons le rôle des prophages dans ce processus. Puis nous l’étudierons dans les souris OMM12 auxquelles ont été ajoutées les bactéries capables de produire des acides biliaires secondaires spécifiques. Nous avons déjà montré qu’in vitro de tels acides biliaires influencent l’induction des prophages, il est donc attendu qu’in vivo les acides biliaires modifient l'induction des prophages et éventuellement la colonisation du TGI par C. difficile. Nos données préliminaires montrent aussi que que chez le souris OMM12, C. difficile déclenche une inflammation rapide et intense mais qui est progressivement contrôlée permettant à C. difficile de se maintenir dans le TGI pendant plusieurs semaines. Cette étape de transition de l'infection au portage asymptomatique est encore mal comprise pour C. difficile. Enfin, nous évaluerons aussi le potentiel de la transplantation virale pour réduire l’inflammation du TGI et la colonisation de C. difficile. A l’aide de cette étude mécanistique sur la dynamique des prophages intestinaux, le projet DynaProGIT permettra de découvrir le rôle joué par ces virus résidents dans le microbiote intestinal.