Explorer le protéome caché régulé par le TGF-beta et codé par les ARN circulaires dans les cellules épithéliales du foie – HIDECIRC

Le Transforming Growth Factor beta (TGFb) est une cytokine pléiotropique régulant de nombreux aspects du comportement cellulaire et de l'homéostasie tissulaire. En particulier, le TGFb est un orchestrateur clé de la plasticité cellulaire, notamment en agissant comme un puissant inducteur de la transition épithélialio-mésenchymateuse (EMT). Pour remplir ces fonctions, la voie de signalisation du TGFb intègre de nombreux signaux perçus par la cellule et génère une réponse phénotypique coordonnée médiées par des cibles moléculaires spécifiques, notamment des ARN codants et non codants (ARNnc), qui ne sont pas tous identifiés. Le projet HIDECIRC se concentre sur les ARN circulaires (ARNcirc) comme effecteurs innovants de la voie de signalisation du TGFb. Deux questions principales restent largement inexplorées dans ce contexte, à savoir i) l'identification des séquences complètes des ARNcirc régulés par le TGFb et ii) les mécanismes par lesquels ils peuvent contribuer à propager l'action du TGFb.
Pour répondre à ces questions, le projet fait appel à l’expertise de 2 équipes qui combinent des approches de biologie expérimentale et des approches de bioanalyses, spécifiquement dans le domaine des ARNnc et de la signalisation TGFb. Premièrement, un séquençage ARN à lecture longue déterminera les séquences complètes des ARNcirc régulés par le TGFb. Deuxièmement, la capacité de traduction des ARNcirc sera abordée en combinant des algorithmes de prédiction du potentiel codant avec des approches expérimentales basées sur le fractionnement des polysomes pour identifier les ARNcirc associés aux ribosomes. Étant donné que les ARNcirc sont enrichis en N6-méthyladénosine (m6A), qui peut servir d'éléments de type IRES pour piloter leur traduction, nous effectuerons une immunoprécipitation pour profiler de manière exhaustive les ARNcirc méthylés (m6A) régulés par le TGFb. Une analyse conjointe des données de séquençage des ARNcirc, de la prédiction de leur potentiel codant, du translatome et de la méthylation des ARNcirc permettra d’identifier les ARNcirc activement traduits. L'analyse fonctionnelle des candidats (raisonnablement 1 candidat) impliquera des expériences de gain et de perte de fonction et des tests fonctionnels en lien avec la signalisation TGFb (e.g., prolifération, apoptose, EMT).
Le projet pourra identifier des versions tronquées de protéines canoniques, agissant comme dominants négatifs, leurres ou des complexes protéiques alternatifs. Nous espérons révéler ainsi un niveau inexploré d’activité génique dans les cellules épithéliales et de nouveaux mécanismes sous-jacents induits par le TGFb, notamment dans le contexte de l’EMT.