Identification de l'histoire tumorale à l'échelle du clone – IdenTHiC

denTHic développera un cadre statistique pour construire l'historique de l'évolution de la tumeur à partir de données de séquençage par panel et des marqueurs utilisés pour monitorer les patients, afin d'identifier les caractéristiques génétiques clefs dans l'évolution de la maladie.
Le projet développera des méthodes de déconvolution tumorale basées sur des modèles statistiques spécifiques au séquençage par panel à partir desquelles la composition clonale pourra être déduite. Il construira ensuite les scenarios d'évolution tumorale plausibles à l'échelle des clones grâce à des approches phylogénétiques intégrant des informations sur la taille de la population à partir de données de marqueurs, et développera un modèle d'expression différentielle basé sur des arbres phylogénétiques où les échantillons sont des mélanges de sous-populations comparés à différents instants de la phylogénie. Ce modèle permettra de sélectionner le scenario d'évolution tumorale le plus probable grâce à des approches de sélection de modèles. Tous les aspects du projet partageront l'objectif global d'identifier les événements moteurs dans l'évolution de la tumeur qui peuvent influencer le pronostic et la résistance au traitement du patient, étant ainsi d'une utilité directe pour aider le praticien à décider de l'attribution du traitement. Les modèles seront testés et appliqués sur les données de cohortes de patients atteints de myélome multiple, et implémentés dans un package R shiny destinés à une vaste communauté.