Predire la transmission de la résistance au sein et entre les hôtes en combinant modélisation mathématique, génomique et épidémiologie – PARTHAGE

La dissémination et les épidémies de bactéries Gram-négatives multi-résistantes (BMR) n'ont cessé de s’intensifier dans les hôpitaux, devenant une priorité internationale de santé publique. En exploitant des collections uniques de données reposant sur le suivi longitudinal de patients dans trois hôpitaux différents pour surveiller l'acquisition de bactéries résistantes et les facteurs de risque potentiels, notre objectif est de caractériser et modéliser les facteurs qui façonnent l'acquisition et la transmission des BMR en milieu hospitalier. Les données consisteront en des échantillons rectaux hebdomadaires pour lesquels une analyse génomique des souches BMR colonisatrices et du microbiote sera effectuée, et des informations sur la dynamique des proximités entre les individus, recueillies par des capteurs. En combinant l'épidémiologie, la génomique, l'écologie et la modélisation mathématique, nous évaluerons le rôle de la dynamique bactérienne intra-hôte – notamment le transfert de plasmides et l'interaction entre BMR et le microbiome intestinal –, l'exposition aux antibiotiques et la transmission interhumaine, dans la propagation des BMR. Nous prévoyons (1) d'analyser l'acquisition de BMR dans les hôpitaux à l'aide de la génomique et de la métagénomique, (2) de développer des outils avancés de modélisation mécaniste multi-échelle et d'inférence statistique formalisant spécifiquement les phénomènes et intégrant les données à l'échelle génétique, écologique (intra-hôte) et épidémiologique (population) pour caractériser les transmissions, et (3) d'exploiter les simulations du modèle développé pour suggérer de nouvelles stratégies de contrôle optimisées. Ce projet multidisciplinaire impliquant des épidémiologistes, des microbiologistes, des cliniciens, des hygiénistes, des généticiens des populations et des modélisateurs contribuera à la compréhension de la dissémination de la résistance aux antibiotiques dans les hôpitaux, un milieu à haut risque pour un tel phénomène.