Identification d'Affitines neutralisant SARS-Cov-2 – COVAFFIT

L'émergence en 2019 d'un nouveau coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a entraîné une pandémie mondiale avec près de 31 millions de personnes infectées dont près d'un million sont décédées. Ce virus est particulièrement contagieux et utilise la protéine S (ou protéine de pointe) par son domaine RBD pour reconnaître et infecter les cellules via une interaction avec l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2). Leur interaction conduit à la fusion des membranes du virus et de la cellule hôte. La protéine S est connue pour induire des anticorps neutralisants et de nombreux efforts de recherche se concentrent sur le développement de ce type de molécules à des fins thérapeutiques. Pour maximiser nos chances de combattre efficacement le virus, il est important d'élargir autant que possible le panel de thérapies potentielles disponibles en utilisant des protéines d'affinité structuralement non liées aux anticorps afin de cibler différents épitopes et qui pourraient éventuellement avoir des effets biologiques différents ou complémentaires.
Le but du projet COVAFFIT est de générer, d'identifier et de caractériser de petites protéines d'affinité artificielles (Affitins) capables d'empêcher l'entrée du virus dans les cellules. Les Affitines sont des protéines d'affinité générées à façon, 20 fois plus petites que les anticorps, robustes, non immunogènes, peu coûteuses à produire et brevetées que nous avons développées à partir d'une protéine extrêmophile. Nous avons également montré que les Affitines peuvent inhiber des processus biologiques et représentent donc un substitut ou un complément intéressant aux anticorps.
À cette fin, nous allons générer des Affitines in vitro à partir de bibliothèques synthétiques de 10^12 variants en utilisant comme cibles le domaine RBD, la protéine S et des particules pseudo-typées. En utilisant un test in vitro à haut débit que nous avons développé pour identifier les molécules de neutralisation, nous allons cribler et identifier les Affitines capables de neutraliser l'infection par le SRAS-Cov-2. Les meilleurs candidats Affitines seront ensuite caractérisés in vitro pour leur affinité, leur spécificité et leur capacité à empêcher l'entrée du virus dans les cellules. Nous pensons que ces Affitines identifiées fourniront de nouvelles molécules antivirales capables de neutraliser le SRAS-Cov-2.