Comprendre l'évolution de la résistance aux antimicrobiens chez les vibrios environnementaux – RESISTE

Au cours du projet, nous avons ajusté nos objectifs pour concilier faisabilité, pertinence biologique et originalité des résultats.

Nous avons mis de côté l’étude de la résistance aux antibiotiques chez Vibrio crassostreae, car les résultats n’étaient pas assez contrastés pour une analyse fiable. En revanche, nous avons confirmé que les huîtres favorisent le transfert de gènes entre bactéries : les plasmides aident les bactéries à coloniser les huîtres, tandis que les phages et leurs satellites les protègent contre d’autres virus.

Nous avons ensuite concentré nos efforts sur l’étude des interactions entre phages et bactéries, en élargissant considérablement nos collections (plus de 1 200 phages et 600 bactéries séquencés). Ces données, désormais accessibles à tous, ouvrent la voie à de nouvelles recherches sur l’évolution et l’écologie microbienne. En particulier, nous avons identifié des contraintes évolutives importantes liées à la résistance des bactéries aux phages.

Malgré les difficultés post-pandémie, ce projet a permis de rassembler une collection exceptionnelle de données sur Vibrio crassostreae et ses phages dans les milieux marins. Cinq études majeures – dont quatre déjà publiées dans des revues prestigieuses (Nature Microbiology, Nature Communications, etc.) et une en cours d’évaluation – révèlent comment l’écologie, la génétique et les éléments génétiques mobiles (plasmides, phages) influencent les interactions entre virus et bactéries.

Principales découvertes :

- Les phages et leurs hôtes bactériens évoluent ensemble, adaptés à leur environnement local.

- Les huîtres abritent des bactéries très proches génétiquement, favorisant des épidémies virales massives, tandis que l’eau de mer abrite une grande diversité de virus.

- Plusieurs types de virus (et leurs satellites) coexistent : en particulier nous avons découvert les satellites (PICMIs), très spécialisés, et les phages généralistes (Schizotequatroviruses), qui évoluent différemment.

- Contrairement aux idées reçues, certains virus peuvent rester stables pendant des années dans l'environnement.

- Les huîtres agissent comme des "points chauds" pour le transfert de gènes, abritant des plasmides, des phages et autres éléments génétiques mobiles qui structurent la coexistence entre bactéries et virus.

Au-delà des publications, ce projet a ouvert de nouvelles pistes de recherche, aujourd'hui explorées par des étudiants et post-doctorants à l'Université de Montréal et à l'Institut Pasteur de Paris. Cela montre l'impact durable de ce financement.

Notre collaboration de longue date se poursuit avec succès, grâce à un programme philanthropique conjoint (1,5 million d'euros) entre l'Université de Montréal et l'Institut Pasteur. Ce soutien garantit la poursuite et l'élargissement de nos travaux bien après la fin du projet initial.