Combiner des algorithmes combinatoires d'inférence de réseaux et des méthodes d'inférence phylogénétique basées sur les séquences génétiques pour reconstruire des réseaux phylogénétiques explicites significatifs – CoCoAlSeq

Reconstruire l'histoire évolutive des organismes est une étape cruciale vers la résolution des
grandes problématiques biologiques. Les relations entre espèces sont traditionnellement
représentées sous la forme d'arbres phylogénétiques. Cependant, ces arbres ne peuvent pas
représenter des évènements d'évolution réticulée tels que l'hybridation et le transfert latéral
de gènes. Par conséquent, les réseaux phylogénétiques ont été récemment introduits pour décrire
les scénarios évolutifs comprenant de tels évènements. Même si plusieurs méthodes existent pour
inférer ces réseaux, les biologistes continuent le plus souvent à utiliser des arbres
phylogénétiques, même quand un réseau serait plus approprié. Ceci est surtout dû au fait que les
méthodes actuelles ne modélisent que partiellement la complexité biologique du problème. Nous
cherchons donc ici à concevoir des algorithmes permettant de reconstruire des réseaux
phylogénétiques plus significatifs.