Rôle de l’organisation tridimensionnelle et de la dynamique de la chromatine au cours de la différenciation plasmocytaire – PLASMADIFF-3D

Bien que le rôle des réseaux de facteurs de transcription impliqués dans la différenciation plasmocytaire normale ont été étudiés, les mécanismes régulant ces réseaux transcriptionnels demeurent mal connus. Dans ce projet, nous recherchons à caractériser et comprendre le rôle des modifications épigénétiques, conformationnelles et structurelles qui affectent la chromatine durant la différenciation plasmocytaire en utilisant des approches de Hi-C, ERRBS, RNA-seq, ATAC-seq et ChIP-seq. Nous souhaitons caractériser les voies impliquées dans ce remodelage et leur impact transcriptionnel.

Les analyses de ChIP-seq sur les différentes étapes de la différenciation plasmocytaires normale sont actuellement en cours: H3K9ac, H3K36me3, H3K27me1, H3K4me3, H3K4me1, H3K27ac, H3K9me3, H3K27me3et H3K27me2.
Nous avons obtenu les données de Hi-C haute résolution sur les différentes étapes de la différenciation plasmocytaire. Ces analyses nous ont permis d'identifier des remaniements de la conformation de la chromatine au cours d cela différenciation plasmocytaire en association avec des changements transcriptionnels. Pour compléter cette caractérisation, des analyses transcriptomiques du modèle de différentiation plasmocytaire à l'échelle de la cellule unique ont aussi été réalisés.

Nous avons obtenu les premières cartes Hi-C de haute résolution des différents stades impliqués dans la différenciation plasmocytaire normale. Les données de Hi-C ont été analysées conjointement avec les données de RNA-seq. Ces analyses nous ont permis d'identifier de nouveaux réseaux de régulation dépendant des étapes de la différenciation plasmocytaire. Une publication sera soumise une fois que ces données seront analysées à la lumière d'autres données épigénomiques actuellement en cours d'obtention (ERRBS et ChIP-seq).

Brevets:
1/ Iron-score and in vitro method for identifying high risk B-cell lymphoma subjects and therapeutic uses and methods. Nov 2019. EP19306436.
2/ Prognosis method of acute myeloid leukemia. April 2020. BR 107049.

Le projet “PLASMADIFF-3D” (36 mois, 2 groupes) va adresser des questions relatives à l’immunologie avec une spécificité particulière pour les cellules plasmocytaires. Les plasmocytes sont des cellules effectrices critiques et les sentinelles à longue durée de vie de la mémoire immunitaire. La maturation des cellules B doit être finement régulée pour assurer une réponse immunitaire efficace. Sur le plan transcriptionnel, la différenciation des cellules B en plasmocytes est associée à des remaniements coordonnés des profils d’expression géniques qui vont réprimer les gènes B et activer le programme d’expression plasmocytaire. Ces modifications sont guidées par des facteurs de transcription B et plasmocytaires qui présentent des boucles de rétro-contrôle entre eux. Bien que le rôle complexe des facteurs de transcription impliqués dans la différenciation plasmocytaire ai été analysé, les mécanismes contrôlant ces remaniement transcriptionnels restent mal connus. La dynamique de l’architecture nucléaire et sa fonction au cours de la différenciation plasmocytaire demeure non étudiée. Dans ce projet, nous recherchons à caractériser et comprendre les modifications épigénétiques, structurales, architecturales et le remodelage de la chromatine au cours de la différenciation plasmocytaire. Nous nous attarderons à identifier les voies impliquées dans ce remodelage de la chromatine et les impacts transcriptionnels sous-jacents. Le rationnel de notre projet est en ligne avec l’identification, par nos laboratoires, de modifications significatives de la taille et de la structure du noyau des cellules B au cours de la différenciation plasmocytaire. Ce projet s’appuie sur une combinaison unique de modèles cellulaires et de nouvelles technologies qui sont entièrement maîtrisés par les deux partenaires.