Etudes génétiques et translationnelles du syndrome néphrotique corticosensible – Genetransnephrose

Le syndrome néphrotique corticosensible (SNCS) est une maladie rare de l'enfance, plus rarement de l’adulte, définie par une protéinurie sélective, une hypoalbuminémie, et des lésions glomérulaires minimes sans dépôt d'Ig. Sa pathogénie est inconnue mais on suspecte une une dysrégulation des cellules T et une association à des allèles du locus HLA-D.
Dans la suite de notre GWAS dans les glomérulopathies extramembraneuses (GEM), (Stanescu NEJM 2011, 364: 616), et de nos premiers résultats de GWAS et NGS chez 425 et 96 patients avec un SNCS, respectivement, nos objectifs sont d'identifier de nouveaux variants géniques par GWAS, de séquencer les variants d'intérêt par NGS, et d'investiguer la fonctionnalité de ces variants. Ce projet est très innovant car il combine une approche multi-ethnique et familiale, le séquençage complet et l'étude fonctionnelle des variants, qui seront comparés aux variants identifiés dans la GEM, ainsi que des corrélations cliniques dans des cohortes soigneusement phénotypées.

L'étude comporte 5 workpackages définis par les étapes successives du programme.
WP1: Découverte de nouveaux variants associés au SNCS
Nous avons triplé le nombre de patients inclus (non Chinois, 375; Chinois, 500 ; nombre total, 1400 patients incluant ceux déjà étudiés), pour découvrir de nouveaux SNPs, particulièrement en dehors du locus HLA-D.
WP2: Génotypage des loci d'intérêt par NGS: HLA-D et autres loci
Notre premier objectif est de cartographier les loci repérés par GWAS dans HLA-D et en dehors. Les études comporteront une analyse en régression logistique des top SNPs, et l'identification de SNPs spécifiques d'ethnie pouvant expliquer une partie de l'hétérogénéité géographique, et de SNPs trans-ethniques conservés, pointant des voies de signalisation importantes du système immunitaire et des podocytes,
Un second objectif est de comparer ces données à celles de la GEM (220 patients séquencés, résultats non publiés) en raison de caractéristiques communes avec le SNCS.
WP3: Etudes de familles
Notre objectif est d'identifier des variants associés au SNCS dans 22 familles, en faisant l'hypothèse d'un effet fort d'un variant rare d'un gène impliqué comme variant commun dans les formes sporadiques.
Nous rechercherons des variants codants (mutations) par une étude de "whole exome" et d'autres variants par séquençage ciblé de gènes candidats et des loci identifiés.
WP4: Etudes fonctionnelles des variants pertinents
Ces études dépendent des résultats des études génétiques qui pourront orienter vers des facteurs de perméabilité ou des voies de signalisation. Deux lignes de recherche peuvent être déjà envisagées.
• Caractérisation des SNPs régulateurs et codants. La réalisation de tests fonctionnels sera guidée par l'analyse bioinformatique. Nous utiliserons les transcriptomes glomérulaires de 41 patients avec un SNCS pour établir des corrélations entre les SNPs identifiés en GWAS et les changements transcriptionnels observés dans le glomérule.
• Identification des molécules HLA de classe2: vers l'identification d'épitopes T: Nous caractériserons les allélotypes, haplotypes et acides aminés à risque et protecteurs, et nous utiliserons les anticorps anti-allélotypes pour précipiter les complexes circulants formés avec les molécules HLA et les peptides correspondants.
WP5: Corrélations cliniques
Des corrélations seront établies entre la présentation clinique (démographie) et l'évolution, et le génotype (allèles des top SNPs, allélotypes et acides aminés à risque).
Grâce à nos cohortes multi-ethniques soigneusement phénotypées, incluant aussi des patients adultes (30% des Espagnols et 60% des Chinois), nous avons l'opportunité d'établir des corrélations avec la réponse au traitement en fonction de l'âge et de l'ethnicité.

Ces études contribueront à l'analyse de la pathogénie et pourront fournir de nouveaux biomarqueurs et des cibles thérapeutiques.