SYstème de Normalisation et d'Organisation de Données médicales textuelles pour l'Observation en Santé – SYNODOS

Nous proposons l’approche suivante :
• Identifier les enrichissements et les adaptations nécessaires des outils linguistiques et des ressources terminologiques et ontologiques nécessaires à la réalisation des deux cas d’usage (repérage des infections associées aux soins et prise en charge diagnostique du cancer du colon).
• Concevoir un outil permettant aux utilisateurs du monde médical d’écrire des règles « métier ». IL s’agit de règles qui permettent d’inférer de nouveaux faits à partir de ceux issus des documents (faits certains) et de ceux définis de façon probabiliste ou de façon heuristique par des experts médicaux,
• Implémenter ces différents modules sous forme de services web
• Intégrer les différents modules dans un système SYNODOS général comprenant une interface utilisateur permettant d’accéder aux documents, d’écrire les règles « métier », d’analyser les documents et d’interroger la base de connaissance à des fins de recherche épidémiologique
• Evaluer les approches choisies et les outils implémentés sur la base de deux cas d’usage afin d’en mesurer les performances.

En cours

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Le dossier patient informatisé constitue une source potentielle très importante de données pour la recherche biomédicale. Les dernières années ont vu une augmentation exponentielle des publications scientifiques traitant de l’utilisation du traitement textuel de données médicales dans des domaines aussi variés que l’aide à la décision médicale, la médecine factuelle, la surveillance épidémiologique ou le data et semantic mining. Dans le cadre du projet ANR TecSan ALADIN (n° ANR-08-TECS-001), le développement d’un outil d’analyse sémantique visant à détecter les infections associées aux soins, a démontré la faisabilité et les bonnes performances de ce type d’approche. Ce projet a aussi mis en évidence certains verrous technologiques que ce nouveau projet SYNODOS s’appliquera à résoudre.

L’objet de notre projet consiste à développer une solution générique d’extraction sémantique des données médicales et de les organiser afin de les rendre exploitable à des fins épidémiologiques ou d’aide à la décision médicale. Le caractère générique du domaine d’application médicale de la solution sera assuré en permettant à l’utilisateur d’écrire lui-même ses règles métier. Le projet permettra également d’évaluer la qualité des données extraites par la solution à des fins d’utilisation épidémiologique. Les performances du système seront évaluées dans 2 domaines d’application : les infections associées aux soins et le cancer.
D’un point de vue technologique, les objectifs du projet seront : le développement de règles de détection fine d’expressions temporelles, l’interfaçage entre l’analyseur sémantique et le serveur multi-terminologique en amont pendant la phase d’extraction, l’interfaçage entre l’analyseur sémantique et la représentation des connaissances. Au niveau de la génération des règles expert, SYNODOS proposera un système qui fait une claire distinction entre règles linguistiques et règles de systèmes experts rendant les deux modules indépendants, permettant à l’utilisateur de générer ses règles métier et d’interroger les données produites. Les résultats attendus du projet sont la mise à disposition pour commercialisation d’un système opérationnel en environnement de production, interfaçant les différents outils technologiques précédemment décrits.