Altérations épigénétiques et génétiques associées aux étapes précoces de la transformation maligne : étude d’un système modèle sur cellules primaires hMEC – ESCATMO

Ce projet vise à caractériser les événements génétiques et épigénétiques aberrants qui accompagnent les premières étapes de la transformation tumorale. En effet, on sait que les génomes des cellules cancéreuses subissent de profonds changements tant au niveau de leur structure (nombres de copies, intégrité des chromosomes), qu?au niveau épigénétique (déméthylation globale du génome et méthylation ciblée de certains promoteurs). A ces modifications du génome s?ajoutent la dérégulation du programme d?expression génétique. Beaucoup de données ont été et sont produites concernant ces changements dans des tumeurs primitives ou lignées cancéreuses établies, mais il existe peu d?information sur la séquences des événements accompagnant le passage de l?état normal à cancéreux. Nous nous intéresserons donc ici aux étapes précoces de la cancérogénèse mammaire et avons pour objectif de mettre en place des modèles cellulaires basés sur la transformation progressive de cellules hMEC. Ces cellules seront obtenues par mise en culture primaire d?explants de glandes mammaires humaines provenant de femmes ayant procédé à une chirurgie plastique. Ces cellules seront transduites à l?aide de constructions rétrovirales portant des ARNsh et différentes combinaisons d?oncogènes et les variants cellulaires seront caractérisés au niveau cellulaire et moléculaire à chaque étape. En particulier nous établirons les profils génétiques (CGH-array et transcriptome), les profils de méthylation pangénome (MeDIP IP d?ADN méthylé et hybridation sur puces oligos haute résolution) et les profils d?expression miRNA. Les questions suivantes seront posées : (1) existe-t-il une « coordination » entre modifications épigénétiques et structurales ; (2) les profils anomalies génétiques et épigénétiques sont-ils modulées en fonction de la voie oncogénique initialement activée dans la tumeur; (3) identifier de nouvelles cascades génétiques qui coopèrent à l?établissement du phénotype tumoral. Pour cela nous établirons des variants hMEC transformés avec des combinaisons de shARN et d?oncogènes activant des voies distinctes. Nous établirons les profils CGH-array et d?expression et de méthylation dans ces différents variants et les comparerons entre eux afin de déterminer s?il existe des profils d?anomalies qui spécifient une voie oncogénique par rapport à une autre. Nous procéderons aussi à des analyses combinées des données de CGH-array et des profils de méthylation. Nous nous intéresserons à l?ordre d?apparition des différentes modifications affectant la méthylation du génome, le nombre de copies et l?intégrité chomosomique, l?expression mARN et miARN afin de déterminer s?il existe une séquence d?évenements préférentielle. Enfin, nous chercherons à identifier des gènes cibles et procéderons à des études fonctionnelles.