– OVO-Mining

L?oeuf est un modèle original puisqu?il renferme dans une chambre close l?ensemble des constituants nécessaires au développement d?un embryon dans un milieu hostile. La poule doit anticiper les besoins de l?embryon pour son développement et sa protection et, par conséquent, « exporte » dans l??uf l?ensemble des nutriments et molécules bioactives essentiels à la croissance de l?embryon. Les activités antimicrobiennes de proteines du blanc de l?oeuf telle que le lysozyme ou l?ovotransferrine sont démontrées depuis de très nombreuses années mais depuis une quinzaine d?années ont été révélées de nouvelles activités biologiques notamment les propriétés antivirales, ,antioxidantes, immunomodulatrices ou anti-inflammatoires de ces proteins ou de peptides dédivés de celle-ci. Aussi, pour l?homme, l??uf représente un aliment exceptionnel de par son équilibre et la diversité de ses constituants mais aussi une source abondante de molécules à forte activité biologique pouvant intéresser l?industrie alimentaire ou pharmacologique. Jusqu?en 2005, seule une centaine de constituants de l??uf était identifiée dans les trois compartiments majeurs de l?oeuf, jaune, blanc et coquille. Le séquençage génomique de la poule et le développement concomitant de techniques à haut débit, protéomique et transcriptomique, ont révélé l?existence de plus de 1000 molécules dans l??uf dont l?activité biologique reste méconnue. Ce projet a donc pour objectif de caractériser sur un plan biochimique et fonctionnel des protéines de l??uf impliquées dans sa défense antimicrobienne. Dans une première étape, nous compléterons l?identification de candidats par deux approches à haut débit : une approche transcriptomique (Tache 1) utilisant la séquence spatiale et temporelle de la formation de l??uf révélera les gènes surexprimés dans le foie et l?oviducte supérieur codant respectivement pour les protéines du jaune d??uf et de sa membrane vitelline. Un criblage à haut débit de l?activité antimicrobienne d?une banque cDNA du magnum (Tache 2) permettra l?identification de nouvelles protéines antimicrobiennes du blanc d?oeuf. Les protéines et peptides candidats seront purifiés par chromatographies d?affinité (Tache 3) pour purifier des protéases et des antiprotéases ou des protéines capables de lier la paroi bactérienne, pour s?affranchir des protéines majeures de l??uf et cibler les molécules antibactériennes. La caractérisation du spectre d?activité antimicrobienne de fractions purifiées de l??uf ou de nouvelles molécules isolées sera évaluée sur un large panel de souches bactériennes du fait de l?implication du Centre International de Ressources Microbiennes dédié aux bactéries pathogènes (Tache 4). Des dosages miniaturisés ou en micro-plaques seront développés afin de tester des molécules purifiées disponibles en faible quantité. L?interaction entre ces molécules et le ligand membranaire de Salmonella (LPS) sera explorée en développant des mutants LPS et par utilisation du Biacore. La dernière tache 5 se propose d?explorer la structure 3D de quelques molécules à haute activité antimicrobienne afin d?identifier des domaines particuliers permettant d?expliquer cette activité et de disposer d?informations pour l?élaboration de nouveaux principes actifs.